pacbio 三代全长转录组数据分析流程 Iso-Seq 3

您好,看了您发的《pacbio 三代全长转录组数据分析流程 Iso-Seq 3》的帖子,受益很多。我自己也刚接触三代测序的数据,现在是拿到原始数据了,做得是无参物种,做到“lima ccs.bam barcoded_primers.fasta  demux.ccs.bam --isoseq --no-pbi”的时候,发现我的文件里没有barcoded,但是有一个adapter.fasta文件,我将adapter作为输入文件时,报错为“RROR: Barcode names must contain either '3p' or '5p' suffix!",修改后缀名后依旧报错,不知道您这里有没有可以解决的方案推荐,如果你能百忙之中解惑,感激不尽。刚注册进来,没有金币可以送给您,实在不好意思!

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最佳答案 2019-03-05 20:20

接头序列的文件内容应该是如下格式:

>primer_5p

AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACGGG

>primer_3p

GTACTCTGCGTTGATACCACTGCTT

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其它 1 个回答

铉渚

谢谢您的回答,我的adapter.fasta文件的内容是下面的:

>left_adapter

ATCTCTCTCAACAACAACAACGGAGGAGGAGGAAAAGAGAGAGAT

我可以把它的后缀改成_5p, 那3p端的引物序列是不是应该是这条序列的反向互补序列?我最终内容改成如下可以么?
>primer_5p
ATCTCTCTCAACAACAACAACGGAGGAGGAGGAAAAGAGAGAGAT
>primer_3p
ATCTCTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTTGTTGTTGTTGAGAGAGAT
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  • 铉渚 提出于 2019-03-01 17:49