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文章 Mfuzz做时间聚类分析

...达时间序列。 Mfuzz 使用模糊 C均值聚类算法,将数据点分配到多个聚类类别中,同时计算每个数据点的成员隶属度。与传统的硬聚类方法不同,模糊聚类允许数据点属于多个聚类类别,这对于基因表达数据非常有意义,因为某...

文章 蛋白信号肽预测—SignalP使用详解

...IP是目前应用最广泛信号肽在线预测软件,目前SignaIP目前经更新到5.0版本,不过小编不太喜欢最新版本的结果展示形式,仍在使用SignaIP4.1版本,结果信息展示更精准明了。 SignaIP4.1地址:http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP-4.1/ 。Sig...

文章 3月23日R语言免费直播课!

...处理数据(求和,平均值,汇总等等)对数据进行转换,筛选,方便后续分析T检验,及可视化 超强的数据可视化能力:R语言绘图能力数据可视化,一定会给你的科研论文增色。 扫描下面二维码开始您的R语言学习之旅吧!!...

文章 【前沿研究】肺癌转移机制的新靶点-- lncRNA AC026904.1

...和基因敲入(KI)。利用CRISPR-U™的技术优势,源井生物成功在超过100种细胞系上实现基因编辑。 参考文献: Yao J , Lu X , Wang Y , et al. Long noncoding RNAs AC026904.1 is essential for TGF-β-induced migration and epithelial-mesenchymal ...

文章 biolinux虚拟机安装指南

...量保持一致;   4.常见问题 可到我们组学大讲堂网站搜索答案或者提问:www.omicsclass.com      1.    biolinux 虚拟机内存不能为written怎么解决      2.    biolinux共享目录建立注意事项      3.    密码输入不了,怎么回...

文章 感兴趣的蛋白,如何研究它的结构-Phyre2工具使用介绍

...30min-2小时不等,不过此时,我们可以关闭此页面,任务在网站服务器运行了,不必一直打开网站。 Phyre2的结果展示 收到的结果反馈邮件主要结果如下,附件是pdb格式的蛋白模型文件,具体序列分析、二级结构、结构与分...

文章 质粒DNA制备基本原理及方法

...在保证细菌沉淀可以充分的扩散在试剂中的前提下,避免变性质粒DNA和染色体基因组DNA被机械剪切。 此外,在溶液Ⅲ加入之后,其中的SDS会和蛋白质结合,会产生大量的沉淀,SDS还会和醋酸钾结合,生成PDS,这一物质的溶解...

问题 老师您好,我按照课程提供的流程泡自己的数据,在fst pi tajimaD分析的过程中,发现生成的曼哈顿图没有数据,在第一步的过程中,我们确实成功的生成了染色体对应的起始位置和pi值,但在pi多样性绘图输出时却发现没有数据,这是怎么回事呢,请老师帮忙解决

...ild,我是根据自己的参考基因组中染色体的最小值来进行筛选的最小值:42350435。 但是这样生成的曼哈顿图还是没有数据,

文章 最好用的测试管理工具是什么?

...现在只需打开它一个就可以搞掂,毫不夸张的说,目前它经把市面上大部分我们常用办公软件的功能集合到了一起,打开它,相当于打开了WPS,石墨,有道云笔记,百度脑图等等…… 下面我将用自己的亲身体验来和大家谈谈C...

文章 免疫疫微环境(TIME)

...术进行基因表达谱分析可以表征肿瘤相关基因的表达谱,广泛用于在许多癌症类型的研究。RNA-seq虽能提供基因表达信息,但并不能直接表征出免疫浸润情况,需要一定的算法进一步评估。 3.1 强大的TIMER2.0 TIMER2.0 (http://ti...

文章 利用单拷贝直系同源基因蛋白序列做分歧时间树mcmctree

...models for DNA:                         *  0:JC69, 1:K80, 2:F81, 3:F84, 4:HKY85;*设置碱基替换模型;当设置usedata = 1时,model不能使用超过4的模型,所以usedata = 1时用model = 4;usedata不等于1时,用model = 7,即GTR模型;                 ...

文章 工程院院士论文造假,我国的院士到底是怎样评选出来的?

...台上,能检索到有图像异常、作者署名包括曹雪涛的论文超过40篇。 图:几组流式细胞仪检测组疑似存在相似,来源于PubPeer和原始论文 事件的最新后续是: 曹院士在同行评议网站“pubpeer”发文,回应了伊丽莎白⋅比克对...

文章 Braker 有转录组数据预测基因 多样本转录组

...sking 基因组是soft masked#–useexisting 不从头训练,而是使用有的物种参数#--UTR=on 根据RNA-Seq 比对情况训练UTR参数,必须有--softmasking 和--bam ...

文章 GEO数据与WGCNA--挖掘胶质瘤共表达网络的关键模块与通路

...掘和分析。 数据来源 GEO数据库:以“glioma”为关键词搜索GEO数据库,最终得到GSE54004数据,共144个样本。 WGCNA基本分析 剔除异常样品对144个样品进行聚类分析,以聚类高度阈值150剔除了3个离群样品,除结果中外围的两个样...

文章 还不知道,如何选择适合自己的项目管理软件?

...和网络图,资源平衡或均衡算法怎么样?系统能否排序和筛选信息、监控预算、生成定制的日程表,并协助进行跟踪和控制?它能否检查出资源配置不当并有助于解决? 5、与其他系统的兼容能力因素 在当今的数字化社会里...