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文章 Maxquant报错

在使用最新版本Maxquant(MaxQuant 2.4.3.0)进行蛋白质搜库的时候,点击开始之后,会弹出一个弹窗,如下: 提示.NET Core SDK需要更新。 .net core 3.1更新教程: 进入下网址:https://dotnet.microsoft.com/zh-cn/download/dotnet/3.1 选择所需版...

文章 鉴定domain同时分析蛋白互作

...蛋白质注释的数据库,它集成了很多蛋白结构预测和功能分析的工具,比如可以预测蛋白的一些二级结构:跨膜区(Transmembrane segments)、复合螺旋区(coiled coil regions)、信号肽(Signal peptides)、蛋白结构域(PFAM domains)等。而...

问题 蛋白序列ID和cds序列ID一致

老师,我做基因家族分析 下面是蛋白ID 下面是cds序列 下面是gff文件 获取基因与mRNA的对应关系perl script/mRNAid_to_geneid.pl Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 mRNA2geneID.txt,提取到的ID=Zm00001d027240_T001,而在hmm搜索的结果ID=Zm00001d027240_P001,...

问题 基因外显子结构分析

获得gene_exon_info.gff文件如下图 但GSDS分析时出现错误,如下图,line1怎么符合格式?怎么修改?谢谢! 根据老师的建议删除行末尾的;并改为UTF-8格式,仍然没有解决问题

问题 老师您好,我线下上过您的基因家族培训课程,目前在尝试用大豆基因组进行分析,但我发现从ENSEMBLEPLANT下的基因组序列格式跟拟南芥的注释格式一样,我已经尝试着进行了 一些编辑,但还是无法统一ID,麻烦您帮我解决一下这种基因组注释格式修改问题

下面这几个文件是从ensembleplant 网站下的,Glycine_max.Glycine_max_v2.1.43.chr.gff3 ,  Glycine_max.Glycine_max_v2.1.cds.all.fa , Glycine_max.Glycine_max_v2.1.pep.all.fa ,格式信息如截图所示(我在基因家族培训QQ群里发布的那张图是我自己尝试编辑修...

文章 菠萝WRKY基因家族分析

最近有很多人问到基因家族分析当中的基因加倍和复制现象,也就是:tandem duplication和segmental duplication的区别与联系,关于这个问题的解答,我已经在我们组学大讲堂问答网站上进行了详细回答,感兴趣的可以到 www.omicsclass.com ...

文章 相关系数小结

...一下:1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结...

文章 Vennerable绘图组别名称(标签)位置调整

...程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学...

文章 avereps相同ID取均值(limma包函数)

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文章 基因别名alias转换成官方symbol

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文章 快速解读:3-5分的蛋白质组学文章思路

随着测序成本的断下降,转录组测序分析已然成为生物学及医学研究可或缺的技术手段。 但是,对于大多数初学者来说,会遇到各种各样的问题。这里,小编就给大家重点介绍一下转录组测序分析的相关知识。 Question and A...

文章 快速解读:3-5分的蛋白质组学文章思路

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文章 饼图中添加文字的位置控制-ggplot2(非公式)

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文章 IT项目管理经验分享, 如何做好IT项目管理

...天聊一些实战经验,略偏重 IT 开发项目,也是我们基于在线和远程办公的一点思考。 远程办公改变了组织和团队的形式,因此对项目管理的能力要求也大大提高了。 1. 同时管理多个项目的能力 像多核CPU 一样,同时开...

问题 共线性分析

我想做基因共线性分析,课程示例中的生成文件,我的数据库全,我想要自己补全, 这是示例文件,我想问一下第二行gene_symbol:LON3 description:Lon protease homolog 3,mitochondrial [Source:UniprotKB/Swiss-Prot;Acc:Q9M9L8 ] 是必须有么?因为我这...