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文章 ggplot中用字符窜传递变量名称列名等

...column, group=column ) ) } Another option (ggplot2 > 3.0.0) is to use the tidy evaluation pronoun .data to slice the chosen variable/column from the rates.by.groups data frame. library(ggplot2) theme_set(theme_classic(base_size = 14)) # created b...

文章 Windows Terminal 安装与配置指南

... 可以复制以下内容直接配置文件profiles.json: // To view the default settings, hold "alt" while clicking on the "Settings" button. // For documentation on these settings, see: https://aka.ms/terminal-documentation { "$schema": "https://aka.ms/terminal-profiles-schema", "de...

文章 分组柱状图--ggplot2

...90,34,56,99,15)C = c(50,20,24,70,14)dat = data.frame(A,B,C)names(dat) = c("type","sample1","sample2")dat = melt(dat,variable.name="Sample",value.name = "Num")head(dat) 绘制分组柱状图 p = ggplot(dat, aes(x = type,y = Num,fill = Sample))+ #####这部分的position = "dodge",并排肩...

文章 PubMed文献按影响因子排序

...: "CA-A CANCER JOURNAL FOR CLINICIANS"[journal] or "NEW ENGLAND JOURNAL OF MEDICINE"[journal] 添加完影响因子大于30的之后,再重复上述4步把其他影响因子范围的杂志分别建立到不同的filter当中,这样自定义的过滤器就完成了;最后勾上激活过滤...

文章 At core/community/optimal_modularity.c:87 : GLPK is not available, Unimplemented function call

...lamd.o COLAMD/Source/colamd_global.o DensityGrid.o DensityGrid_3d.o NetDataTypes.o NetRoutines.o SuiteSparse_config/SuiteSparse_config.o adjlist.o arpack.o array.o atlas.o attributes.o basic_query.o bfgs.o bigint.o bignum.o bipartite.o blas.o bliss.o bliss/bliss_heap.o bliss/defs.o bliss/graph.o bli...

文章 NCBI 中如何将GI号转换成Accession version

...这里:https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2016/12/23/converting-lots-of-gi-numbers-to-accession-version/ 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家...

文章 duplicate_gene_classifier统计全基因组不同类型复制事件的数目

...基因类型对应的数量,同时在当前目录下会生成一个.gene_type的文件,里面记录了每一个基因对应的重复类型: 在.gene_type结果文件中,第一列是基因组基因,第二列为重复基因的类型: 0:singleton(非重复基因); 1:dispersed(...

文章 做基因定位?大家可能忽略了这个最熟悉的技术

...联群体 + 转录组测序 Huang Z, Peng G, Liu X, et al. Fine Mapping of a Clubroot Resistance Gene in Chinese Cabbage Using SNP Markers Identified from Bulked Segregant RNA Sequencing. Frontiers in Plant Science. 2017;8:1448. doi:10.3389/fpls.2017.01448.

问题 为什么启动不了镜像?

docker run -it -m 3G --cpus 1 --rm -v D:/reseq:/work omicsclass/reseq:v1.1 这条命令启动不了镜像这是为什么?输入进去以后就会报错invalid option type work

文章 NCBI下载的10X 空间转录组数据如何读入spaceranger

...分; spaceranger命名规则 [Sample Name]_S1_L00[Lane Number]_[Read Type]_001.fastq.gz # 其中Read Type# I1: Sample index read (optional)# R1: Read 1# R2: Read 2 NCBI下载的数据,为双端reads,不符合spaceranger mkfastq出来的命名规则,后续spaceranger count 无法读入...

文章 在使用miRDeep进行miRNA预测的时候报错

...d_vs_genome.arf none -d  -g 100000 -l 500  -m 11 -v -P -n d 报错: The debug file is called error.output.mrd_04_09_2023_t_17_09_26 查看 error.output.mrd_04_09_2023_t_17_09_26 报错文件: > The candidate has been discarded because the structure is inconsistent with Dicer processin...

文章 利用biopython将cds序列翻译成蛋白序列

...h',default = os.getcwd(),required=False)parser.add_argument('-t','--table',type=int,default=1,help=' genetic code :https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi, default table id 1',required=False)parser.add_argument('-n','--name',default ='pep',required=False,help='Please specify the out...

文章 USB挂载到KVM虚拟机

...k10 在 <devices> 标签内添加: <hostdev mode='subsystem' type='usb' managed='yes'>    <source>       <vendor id='0x1234'/>    <product id='0x5678'/> </source> </hostdev>注意:vendor 和 product ID 用 lsusb 查到的实际值替...

文章 R语言中实现方差分析及其可视化

...内置数据PlantGrowth集为例。不同地块( ‘ctrl’, ‘trt1’, and ‘trt2’)种植的植物的产量(weight)数据;解决的问题如下1.不同地块产量是否存在差异2.trt1与trt2是哪块差异更大 ##正态性检验my_data <- PlantGrowthshapiro.test(my_data$wei...

文章 Vennerable绘图组别名称(标签)位置调整

...ibrary(Vennerable)data(StemCell)w <- Venn(Sets=StemCell[1:2])plot(w, type="squares") 组别标签位置进行调整  可以基于VennGetSetLabels 和VennSetSetLabels 进行,前者获取当前绘图对象的Set标签的位置,进行修改后,利用后者整合到绘图对象中,重...