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文章 TCGA数据发表5分文章

...章“A 15-long non-coding RNA signature to improve prognosis prediction of cervical squamous cell carcinoma”。 研究思路 该文章的研究目的是找到宫颈鳞癌生存相关的biomarker,构建生存分析相关模型,为疾病的治疗和预后进行指导。首先来看一下文...

问题 单细胞测序FindAllmarkers

执行此代码后Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds subset.Epithelial.cells.0.2.rds \ >  -p subset.Epithelial.cells.0.2.FindAllMarkers --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25,报错,FindAllMarkers Calculating cluster 0 converting counts to integer mode Calculating clu...

文章 2区SCI赏析—木麻黄中MYB基因家族鉴定及其在盐胁迫中的响应

...,IF=3.497)题为“Genome-wide analysis of MYB transcription factors and their responses to salt stress in Casuarina equisetifolia.”的基因家族分析文章,看看它是如何发到2区期刊的。 文章简介 MYB是植物中最大的转录因子家族之一,是一类能与真核基...

文章 低成本转录组跨种遗传进化分析

...hum)包含三个种:A. danaeifolium Langsd. & Fisch., A. aureum L. and A. speciosum Willd2 。这三种蕨类又具有不同环境的适应性,且金蕨属是唯一生长在潮汐带上的蕨类,在蕨类植物中占用特殊的地位。作者通过重建该属的系统发育和估计分...

文章 基因家族docker 镜像使用方法

...要的ID删除,最终确认的ID存成新文件:WRKY_removed_redundant_and_confirmed_IDlist.txt#手动确认结构域,CDD,SMART,PFAM#确定分子量大小:http://web.expasy.org/protparam/#perl script/stat_protein_fa.pl WRKY_pep_need_to_confirm.fa WRKY_pep_need_to_confirm.MW.txt#三大数...

问题 TCGAbiolinks下载“Copy Number Variation”在提取矩阵时报错(在下载miRNA和甲基化数据时也遇到这个问题), expdat变量不是SummarizedExperiment这个类型,导致assay(expdat)不能提取,请问怎么解决

...ta.category = "Copy Number Variation",                     data.type = "Copy Number Segment")    GDCdownload(query, method = "api", files.per.chunk = 50)  expdat <- GDCprepare(query = query)    count_matrix=assay(expdat)  write.csv(count_matrix,file = paste(cancer_type,"Copy-Nu...

文章 分组柱状图添加误差线(位置)--ggplot2

...一列标准差SD,进行演示: 1、案例数据: > dat   type  Sample Num  SD1     A sample1  90 1.02     B sample1  34 2.03     C sample1  56 1.24     D sample1  99 2.05     E sample1  15 2.46     A sample2  50 1.07    ...

文章 seqkit序列处理神器的常用命令

...单行fastq文件scat            real time recursive concatenation and streaming of fastx filesseq             转换序列(反向,补充,提取ID…)shuffle         随机序列sliding         序列滑窗提取,支持环形基因组sort            按id/名称/...

文章 cmplot调整四周空白区域的大小

...域的大小 用法类似 mar <- c(2, 2, 2, 8)CMplot( snp, plot.type = "d", bin.size = opt$binsize, chr.den.col = color, main = opt$main, file.name = opt$name, file = "jpg", file.output = TRUE, verbose = TRUE, mar = mar)

文章 绘制HIC热图

...,bed文件路径(绝对路径) config-hicpro.txt # Please change the variable settings below if necessary########################################################################### Paths and Settings  - Do not edit !#########################################################################...

文章 MCscan报错——kpsewhich命令缺失

...cess32.py", line 1393, in _execute_child    raise child_exception_type(errno_num, err_msg)OSError: [Errno 2] No such file or directory: 'kpsewhich' 搜索查询后知道是linux中缺少kpsewhich命令导致的,于是安装该命令,方法如下: sudo yum install tetex-la...

文章 6个转录组发了BMC genomics,人家是怎么写的?

...12日见刊的题为“Transcriptomes analysis reveals novel insight into the molecular mechanisms of somatic embryogenesis in Hevea brasiliensis”转录组文章,内容难易适中,很有代表性,那就让我们一起看一看,6个转录组样本,每个重复3次,是如何发到BMC Ge...

文章 教你画多物种基因家族局部共线性分析图

... #将gff压缩文件转换成bed格式python -m jcvi.formats.gff bed --type=gene Sc.longest_isoform.gff3 -o Sc.bedpython -m jcvi.formats.gff bed --type=gene Aet.longest_isoform.gff3 -o Aet.bedpython -m jcvi.formats.gff bed --type=gene damai.longest_isoform.gff3 -o Damai.bedpytho...

问题 注释完绘图出现报错信息

...常的,但是perl $scriptdir/vcf_stat.pl -vcf snp.unknown_multianno.vcf -type snp就会报错。

文章 蛋白互作网络分析可视化文件修改升级 支持 PDF导出

... 1, full: true, bg: '#ffffff'});    var blob = new Blob([svgContent], {type:"image/svg+xml;charset=utf-8"});    saveAs(blob, "ppi.svg");   }; 4.原文件225-227行删除,替换为右边文件224-225行内容。注意行号变化,不要粘错位置。  代码如下: <button ty...