找到约 15 条结果

文章 SRA Toolkit 工具首次使用提示“This sra toolkit installation has not been configured”

SRA Toolkit 是一套由 NCBI (National Center for Biotechnology Information) 开发的软件工具,用于从 SRA (Sequence Read Archive) 数据库下载和处理生物序列数据。 在首次使用该工具包中的fasterq-dump将srr转换成fastq格式的文件时,出现了如下提示信息...

问题 我的Conda 根本安装不成功软件,比如UMI tools ,怎么办

File "/disk2/user/yizhsu/biosoft/anaconda3/bin/umi_tools", line 5, in <module>     from pkg_resources import load_entry_point   File "/disk2/user/yizhsu/biosoft/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 3260, in <module>     def _initialize_master_wor...

问题 泛基因集构建中JCVI做共线性分析构建完一半数据报错 core dumped

for i in `cat stepmap_ID.txt`;do   # JCVI做共线性分析,--cpus 5 限制计算资源使用,如果不加默认--cpus 56   python3 -m jcvi.compara.catalog ortholog \    pangene ${i} --cpus 5  --no_strip_names --cscore 0.8;   # 以提升后的anchors作为基因对的结果,把比对...

文章 FGF21突变让你吃多甜食也不发胖?

...N, Jones S E, et al. A Common Allele in FGF21 Associated with Sugar Intake Is Associated with Body Shape, Lower Total Body-Fat Percentage, and Higher Blood Pressure[J]. Cell Reports, 2018, 23(2): 327-336.

问题 请教用gtf文件获取基因与mRNA的对应关系的问题

...。分析时显示 Use of uninitialized value $pid in concatenation (.) or string at mRNAid_to_geneid.pl line 38, <IN> line 3.等错误信息。生成的文件将gene ID或mRNA ID显示在一行内。 于是我尝试将gtf文件中的内容进行了替换,手动改成gff格式,主要...

文章 IF=11.8| 钟花樱的端粒到端粒基因组揭示了樱花亚属的基因组进化

...2. 基因组注释 (1)重复序列注释 方法: LTR_Finder和 LTR_retriever  识别非冗余的长末端重复序列; RepeatModeler 全局预测。以上软件的结果作为数据库,和Repbase合并,利用RepeatMasker 使用该库来预测整个基因组中的重复序列。此外...

文章 BaiduPCS-Go 使用小技巧

...天来分享一些好用的小功能。 使用教程见:百度网盘 for Linux ——BaiduPCS-Go用法 - 组学大讲堂问答社区 (omicsclass.com) 1. 分享文件 # 仅分享三十天BaiduPCS-Go share s --period 30 文件路径 2. 生成树形图 #指定目录:从根目录开...

问题 老师,求助,转录组差异表达基因分析报错-只有pfd文件没有PNG文件,且PDF打不开

..._vs_J10.DEG.final.tsv -p S10_vs_J10.deg_gene_heatmap -o ./ --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index Error in hclust(d, method = method) :   NA/NaN/Inf...

文章 安装gdal报错

...tadata expiration check: 3:25:35 ago on Tue 13 Jun 2023 07:28:50 AM CST.Error: Problem 1: package gdal-libs-3.4.0-2.el9.x86_64 requires libarmadillo.so.10()(64bit), but none of the providers can be installed  - package gdal-3.4.0-2.el9.x86_64 requires libgdal.so.30()(64bit), but none of the provid...

文章 ggplot2图例位置legend.position调整

...positionthe position of legends ("none", "left", "right", "bottom", "top", or two-element numeric vector) 其中none 表示隐藏图例,可参考 https://www.omicsclass.com/article/383 其他类型表示控制具体位置,包括 "left" 左, "right" 右,  "bottom" 下, "top" 上,以绘图...

文章 python数据可视化-matplotlib之inshow

... import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np # Fixing random state for reproducibility np.random.seed(19680801) plt.subplot(211) #绘制一个两行一列的图,并对第一个图进行绘制 # 参考链接https://www.jianshu.com/p/de223a79217a plt.imshow(np.random.random((100, 100)), cm...

文章 用AI写代码批量整理GEO数据库中的单细胞数据

...令: #!/bin/bash# 遍历当前目录下所有以 GSM 开头的文件for file in GSM*; do # 提取 _ 到最后一个数字的内容 identifier=$(echo "$file" | sed 's/.*_\([^_]*[0-9]\).*/\1/') if [ -n "$identifier" ]; then # 创建对应的文件夹,若文件夹已存在则不...

文章 Bedtools的简单使用—文件格式转换

...细的了解Bedtools可参考官方教程:bedtools: a powerful toolset for genome arithmetic — bedtools 2.30.0 documentation。 基因组特征可以是功能元件(如基因),基因多态性(SNP、INDEL、SV)等,最基本的基因组特征是其所在的染色体、起始位置...

问题 泛基因家族分析的数据准备的里面有一个加载全局变量env.sh,请问这个有什么作用?里面改没改这个Ref=B73为自己的物种有什么区别呢,修改了要不要加这个基因组的具体路径?

...接,但是在后面运行命令的时候依然会报错,找不到fa.gz or gff3.gz  请帮忙解答一下

问题 R脚本画相关性散点图时报错

...,                    help = "Input contains two columns of data for calculating the correlation[required]",metavar = "meta") test5$add_argument("-n","--name",type = "character",default = "IRPS",                    help = "Specifies the column name of the column[optional,defaul...