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问题老师这条代码里面INV[0-9]、DUP[0-9]， 0-9是什么意思，输出文件中INV后面跟着的数字代表什么

for query in An1 C24 Cvi Eri Kyo Ler Sha;do # 提取INS插入和DEL 的SV 大于 50bp awk '$1 ~ /#/ || ($3 ~ /^INS/ || $3 ~ /^DEL/) && (length($5)-length($4)>50 || length($4)-length($5)>50)' $query.syri.vcf | sed "/^#CHROM/s/sample/${query}/" > $query.INS_DEL.vcf # ...

文章提取合并基因家族的domain序列

...o::SeqIO;use Bio::Seq;$in = Bio::SeqIO->new(-file => "$ARGV[1]",-format => 'Fasta');$out = Bio::SeqIO->new(-file => ">$ARGV[2]",-format => 'Fasta');my %fasta;while ( my $seq = $in->next_seq() ) {my ( $id, $sequence, $desc ) = ( $seq->id, $seq->seq, $seq->desc )...

文章做微生物研究必懂的OTU table相关知识

...件实现。图注:PCR嵌合体生成用vsearch去除嵌合体： for i in `cat $fastmap |grep -v '#'|cut -f 1`; do #相同重复序列合并 vsearch --derep_fulllength $workdir/3.data_qc/${i}.clean_tags.fq.gz \ --sizeout --output ${i}.derep.fa #去嵌合体 vsearc...

文章大数据分析 Hbase Shell命令

...t 2. 获取表的描述 hbase(main):011:0> describe 'test' Table test is ENABLED test COLUMN FAMILIES DESCRIPTION ...

问题 TCGA数据生存时间怎么确定？

... "additional_studies" [3] "tissue_source_site" "patient_id" [5] "bcr_patient_uuid" "informed_consent_verified" ...

文章施一公：如何提高英文的科研写作能力

...纸， “This is the draft. Please let me know what you think. We can aim for a Science report.”（这是初稿，你看看如何，我们可以试试《科学》）我仔细一看，天啊！一共7页，四个多小时Jeremy已经把文章的整体写完了，只是缺少Method和 references。...

文章多分组venn图绘制脚本

...pdf设备dev.off()# 导出结果inter <- get.venn.partitions(venn_list)for (i in 1:nrow(inter)) inter[i, "values"] <- paste(inter[[i, "..values.."]], collapse = "|")inter <- subset(inter, select = -..values..)inter <- subset(inter, select = -..set..)write.table(inter, paste0(output_prefi...

文章 cBioPortal数据库使用教程

...于该数据库的文章： The cBio cancer genomics portal: an open platform for exploring multidimensional cancer genomics data.Integrative analysis of complex cancer genomics and clinical profiles using the cBioPortal. 大规模的癌症基因组计划，比如The cancer genome atlas(TCGA) and ...

文章 TCGA癌症数据库挖掘发表的大文章CNS级别汇总2019

... Analysis Network continues to study and mine the data. Cancers Selected for Study lists original marker publications by cancer type. Supplemental and associated data files are located in the GDC.2008Comprehensive genomic characterization defines human glioblastoma genes and core pathwaysExit Di...

文章 qiime2 分类器建立 SILVA数据库

...可以直接下载qiime2官方网站i提供的文件：https://docs.qiime2.org/2020.8/data-resources/ wget -c https://data.qiime2.org/2020.8/common/silva-138-99-seqs.qzawget -c https://data.qiime2.org/2020.8/common/silva-138-99-tax.qzaln -s silva-138-99-tax.qza silva-138-ssu-nr99-tax.qzaln -s silva...

文章外显子比对率太低，参考基因组索引建立refFlat.txt文件有问题：

... -genePredExt saccharomyces_cerevisiae.gtf refFlat.tmp.txtno exons defined for group HRA1, feature noncoding_exon (perhaps try -ignoreGroupsWithoutExons) 改进： gtfToGenePred -genePredExt -ignoreGroupsWithoutExons saccharomyces_cerevisiae.gtf refFlat.tmp.txt

文章 Monocle2|单细胞测序的拟时序分析

...LL] --downsample downsample subset cells numbers for analysis [default None] -g group, --group group the group that coloring the cells by [default seurat_clusters] -d density.group, --density.group density.group ...

问题 (ERR): "--dta" does not exist Exiting now ...为什么hisat2有这个选项却报错

...载的是clean_data所以跳过质控直接做map,修改了代码如下 for i in SRR9113321 SRR9113322 SRR9113323 SRR9113324 SRR9113325 SRR9113326 SRR9113327 SRR9113328 SRR9113329 SRR9113330 SRR9113331 SRR9113332 SRR9113333; do echo "RUN CMD: hisat2 -p 1 --rg-id=${i} --rg SM:${i} --rg LB:${i} --...

问题使用xpclr_smooth_line_plot.r绘制时，没有报错，但没有图片生成

...chr.xpclr -F $FAI -f 19226500 -n all.chr.xpclr.smoothline --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your learning R language: https://study.omicsclass.com/index Loading required package: ggplot2 chr_name = 1 chr_na...

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问题 老师这条代码里面INV[0-9]、DUP[0-9]， 0-9是什么意思，输出文件中INV后面跟着的数字代表什么

文章 提取合并基因家族的domain序列

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