...行整合，melt()的使用方法如下：加载R包以及案例数据 library('reshape2') dat type sample1 sample2 sample1 sample21 A 6.332968 5.367671 5.171107 5.5337542 A 9.368328 7.286253 6.232718 6.1523933 B 6.674348 5.217053 5.320568 6.1136184...
...分，筛选基因也可以参照另一篇文章，而不一定是选取200个变化最大的基因，R筛选基因： myfpkm<-read.table("All_gene_fpkm.xls",header=TRUE,comment.char="",sep = "\t",check.names=FALSE,row.names=1)probesetvar = apply(myfpkm, 1, var) #表达变化大的基因ord =...
PBS 是公开源代码的作业管理系统，在此环境下运行，用户不需要指定程序在哪些节点上运行，程序所需的硬件资源由PBS 管理和分配。 PBS 命令 PBS 提供4 条命令用于作业管理。 (1) qsub 命令—用于提交作业脚本 命令格...
复盘RNAseq自主分析课程内容，在生成gene length文件时，产生上述报错。 代码：RUN CMD: python /work/rnaseq_demo/my_rnaseq/scripts/get_gene_length_from_gtf.py -g Homo_sapiens.GRCh38.101.chromosome.22.gtf -p gene_length 报错：bash: RUN: command not found
...又称文氏图，是科研文章中最常见的图，可以用来表示多个数据集之间的关系。当然也可以进行集合运算。绘制韦恩图的工具有很多，在此，小编简单介绍几种在线绘制韦恩图的工具。 1. Venny 2.1 软件地址：http://bioinfogp.cnb.csic....
java: symbol lookup error: /usr/lib64/gio/modules/libgsettingsgconfbackend.so: undefined symbol: g_settings_backend_get_type glib 版本报错： 解决办法，重新安装glib 首先获取glib源码http://ftp.gnome.org/pub/gnome/sources/glib/ export LD_LIBRARY_PATH=/share/work/biosoft/gl...
...结果文件中是没有表头的，这里来写一下。 GRMZM2G356204_P01 Zm00008a018958_P01 98.23 620 0 1 121 740 31 639 0.0 1176GRMZM2G356204_P01 Zm00008a000413_P01 99.15 355 3 0 ...
...仪系统通过显示RNA片段大小分布的详细画面（下图），能更好的评估RNA完整性。 注：总RNA样品经过不同时间降解，并且在Agilent 2100生物分析仪系统上使用真核细胞总RNA Nano分析法分析所得的样品；随着降解推进，可以观察到向...
想请教老师一下。我搜出来的motif中，第6个开始，E值0.74，已经高于0.05了。这是不是意味着这些motif（6-15的）在我的基因家族里不存在？ 所以我需要调整参数，将motif设置成5才对。是吧。 我在分析时可以说：根据预测结果，...
...选择anr即可 nmotifs 15 ：在搜素的序列当中一共搜素的motif个数 -minw 6：搜素motif长度范围，最小有6个氨基酸 -maxw 200 ：搜素motif长度范围，最大有200个氨基酸 更改的参数： -nmotifs 10 →20 -maxw 200 →300 meme的各项参数:
多样本并行运行怎么运行？是多开几个窗口还是多用线程数？
我想知道你们在山羊 数据进行call snp 的时候都是设置多大的内存和几个并行任务？
老师我有个蛋白 通过ncbi结构域搜索之后没有目标蛋白domain 但在注释文件中注释为我需要的目标蛋白 该怎么办