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问题 关于RNAseq的docker分析中获取基因长度报错问题

..../scripts/get_gene_length_from_gtf.py -g genome.gtf -p gene_length；报错信息为： Traceback (most recent call last):  File "../scripts/get_gene_length_from_gtf.py", line 51, in <module>    if kvs['gene_id'] in geneL and kvs['transcript_id'] in geneL[kvs['gene_id']]:KeyError: 'gene_id...

文章 紧扣前沿热点--多种研究培训，总有你需要的！

...研人员处理数据的能力不足之间的矛盾。所以，谁会生物信息分析，谁能处理基因数据谁就是课题组最靓的仔！ 今年暑期（7月底开始）组学大讲堂为大家准备了丰富多样的线下和直播培训内容，早报名可享受早鸟价优惠！ ...

文章 NCBI上传高通量测序数据到SRA数据库 aspera 支持续传

...细上传视频见：《NCBI和GEO数据库上传课程》 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不...

文章 deepseek绘图之--系统发育树

...终生成可直接发表的高清矢量图——分支结构清晰，注释信息完整，配色符合领域审美标准，真正实现"专业绘图，一键生成"。 本文将带您体验如何通过AI协作，在短短5分钟内完成一幅专业的群体系统发育树，助您在群体遗传...

文章 敏捷开发——互联网时代的软件开发方式

...两者是非常重要的，因为技术在不断地革新，且人们获取信息的方式越来越容易——包括公开的客户反馈。快速响应并将客户反馈纳入产品和流程，要求自组织团队不断调整工作的内容以提高效率。团队可以进行定期调整以满足...

文章 植物转录因子调控分析

...转录因子，会对转录因子的结合位点，保守性等有详细的信息     2. 转录因子结合位点预测    选择一种物种，输入转录因子上游的Promoter 序列，即可预测那些转录因子结合于Promoter 那个区域     3.  转录因子富集分析 ...

文章 GSEA法基因功能富集分析原理详解！

...差异的基因进行富集分析，相比之下GSEA分析保留了更多信息。举个例子：这里我们找到了两个基因在细胞增值通路里有显著差异，同时呢，也找到了两个基因在细胞凋亡通路里有显著差异，这时候用传统的方法无法确认我们研...

文章 分组柱状图--ggplot2

...图技能，我们推荐：R语言绘图基础（ggplot2) 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不...

文章 组装"预实验" | 基因组调研图

...数；第二列是y，表示出现x次数的kmer数目。# -v 显示详细信息# -t 线程数# -h x的最大值，默认是10000# -o 输出文件的名字。 3. 统计k-mer jellyfish stats A.sif -o A.stats 结果有四行： Unique: 只出现过一次的k-mer数量Distinct: 特异的k-mer数目...

文章 芯片RNA降解情况

...数据挖掘、GEO芯片数据标准化、R语言画图 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解...

文章 IF=6.68| HCC肝癌单细胞数据挖掘实践

...数据重头分析。正好这个数据也提供了表达数据以及样本信息，这里我们下载counts数据即可。数据介绍：portal vein tumor thrombus (PVTT)，T primary tumor (PT)，L metastatic lymph node (MLN)，N adjacent non-tumor liver (NTL)；分别对应样本数据名称中缩...

文章 2019年转录组文章该怎么写？

...以为广大转录组的初学者提供一些文章思路。 更多详细信息请下载原文查看！ 需要文献原文的老师请关注“组学大讲堂”微信公众号，转发该文章至您的朋友圈并截图，然后在公众号对话框内发送截图证明并留言 “红豆杉”...

文章 samtools tview 可视化查看比对结果

...<<<<<<<<<,,,,,,,,t,,,c,,,,,,,,,, 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解...

问题 利用perl脚本提取基因上游的1500bp（指定位置）序列时，输出文件总是空文件。尝试过很多办法无法解决

输入文件1-基因组文件如下图: 输入文件2-位置信息文件如下图：注，没有空格并且txt文本是excl文件另存制表符分隔 输出文件以及所敲指令-如下图：指令未显示报错，但是输出文件是空文件 所用代码： 所用数据从jgi...

问题 用perl脚本提取顺势作用元件的序列是显示zsh: killed ，是因为内存不够吗？

...组太大，所以我单独提取了每条染色体上基因家族的位置信息，有单独下载了每天染色体的基因序列，但是提取时仍然出现问题。显示zsh: killed ，请老师帮我看看哪里出问题了，该怎么改？