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问题 转录组上游分析之定量比对Hisat2出现内部异常错误

...am --read-lengths 63,60,59,62,58,57,61,56,51,55,49,54,44,40,52,43,53,50,47,45,39,46,42,37,48,41,38 -1 /tmp/2597247.inpipe1 -2 /tmp/2597247.inpipe2 ?-x ?/home/vip6/database/genome/Ensembl/Homo_sapiens/GRCh38_release104/Homo_sapiens.GRCh38_release104.genome (ERR): hisat2-align exited with value 1 ...

文章 NCBI下载SRR并转换为fastq文件

...cation | Genome Biology | Full Text (biomedcentral.com) 数据可用性：The entire genome resequencing data have been deposited at GenBank under the accession PRJNA356989.  想下载该篇文献中某一样品的fastq原始数据，看了一些下载教程，方法各异，看完思路还是...

问题 samtools sort 时候报错

您好，我是用bwa 比对二代双端测序数据到draft genome.fa，得到的sam文件用samtools sort的时候报错，fail to read the header from "assembly_illumina.sam" 不知道是什么原因？SAM文件这样的，谢谢！

文章 根据fastq ID列表，输出指定ID对应的双端或单端fastq文件

...ped fastq file.')    parser.add_argument('input_fastq_gz', help='Path to the input fastq.gz file')    parser.add_argument('output_file', help='Path to the output file containing gene names')    args = parser.parse_args()    extract_gene_names(args.input_fastq_gz, args.output_file)if __name__...

问题 bioconductor source代码报错

...or in file(filename, "r", encoding = encoding) :   cannot open the connectionIn addition: Warning message:In file(filename, "r", encoding = encoding) :  InternetOpenUrl failed: '操作超时'。请问怎么解决？ 

文章 癌细胞的十大特征

在2011年3月出版的Cell杂志上，《Hallmarks of Cancer: The Next Generation》这篇论文总结了癌细胞的10大特征。 1.自给自足生长信号（Self-Sufficiency in Growth Signals） 2.抗生长信号的不敏感（Insensitivity to Antigrowth Signals） 3.抵抗细胞死亡(Res...

文章 TukeyHSD报错

Error in TukeyHSD.aov(., ...) : no factors in the fitted model Calls: %>% ... is.data.frame -> <Anonymous> -> TukeyHSD -> TukeyHSD.aov In addition: Warning message: In replications(paste("~", xx), data = mf) : non-factors ignored: group1 Execution halted 数据框组代表...

文章 16S多样性分析docker镜像发布及使用

...ccd  3.data_qc#利用fastp工具去除adapter#--qualified_quality_phred the quality value that a base is qualified. #            Default 15 means phred quality >=Q15 is qualified. (int [=15])#--unqualified_percent_limit how many percents of bases are allowed...

问题 biolinux报错，不能打开一个新任务

The virtual machine 'Bio-Linux-8.0.7' has terminated unexpectedly during startup with exit code 1 (0x1). More details may be available in 'D:\VirtualBox VMs\Bio-Linux-8.0.7\Logs\VBoxHardening.log'.

问题 运行DESeq2出错

各位老师，可以帮我看一下吗 Error in h(simpleError(msg, call)) :   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': could not find function "cpm"Calls: std_two_condition_comp_deseq2 -> new_DGE_list -> rowSums -> .handleSimpleError -> h

文章 IF=3.47|非肿瘤-眼部老年黄斑变性ceRNA文章思路

...ed macular degeneration: From construction to identification. Exp Eye Res. 2021 Feb;203:108427. doi: 10.1016/j.exer.2020.108427. Epub 2020 Dec 29. PMID: 33383027. 延伸阅读 GEO数据库挖掘—WGCNA鉴定骨肉瘤转移相关基因GEO、TCGA多数据库联合挖掘胰腺导管腺癌预后关...

文章 FGF21突变让你吃多甜食也不发胖？

...糖和酒精摄入的激素。 Frayling等人研究了UK Biobank里约45万人的健康信息（包含血样指标、饮食偏好调查等信息），经过统计发现具有特定FGF21基因突变（rs838133）的人在生活中摄入了更多的糖类、酒精，而在脂肪、蛋白质等营...

文章 错误：perl: warning: Please check that your locale settings: LANGUAGE = (unset), LC_ALL = (unset), LC_CTYPE = "UTF-8", LANG = "en_US.UTF-8"

...ashrc 或 ~/.bash_profile 文件加上下面的参数， # Setting for the new UTF-8 terminal support in Lion export LC_CTYPE=en_US.UTF-8 export LC_ALL=en_US.UTF-8 如果是使用zsh的mac，则是修改~/.zshrc文件 # Setting for the new UTF-8 terminal support in Lion LC_CTYPE=en_US.UTF-8...

文章 clusterProfiler非模式物种 KEGG与GO富集分析

...释结果，直接使用就可以，比如人里面可以直接用clusterProfiler进行基因集的富集分析；但是，对于非模式动物与植物的研究对象往往没有现成的注释结果，就没法直接进行富集分析； 因此学会基因功能批量注释非常重要；这里...

问题 用gffread将gtf转化为fasta报错

命令行： gffread -w classcode.fa -g Genome.fa classcode.gtf 报错：Error: sequence lines in a FASTA record must have the same length! 输入的参考基因组：