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文章 GEO 数据介绍及在线下载

...息归纳整合为一个GDS(Datasets)，整理后的数据还会有GEO profile数据，也就是基因在这次实验中的表达数据。GDS里面的数据往往对应相同的平台具有可比性，另外，不是所有的GSE数据都能被整理，所以，有的GSE数据里面没有GDS数据也...

文章 SNP检测Massarray法怎么样？中高通量大样本适用吗？

...飞行时间质谱技术(Matrix Assisted Laser Desorption /Ionization-Time of Flight， MALDI-TOF)，该技术完美地整合了PCR技术的高灵敏度、芯片技术的高通量和质谱技术的高精确度，是目前唯一应用质谱直接检测SNP的技术平台。 massarray法的优势 ...

文章 蛋白质比对软件 blastp psi-blast phi-blast

...Positive-specific Interative Basic Local Alignment Search Tools)是基于profile搜索的方法，来寻找目标序列。PSI-BLAST先从query序列开始，获得一系列相似性序列，看作是同一蛋白家族，然后构建一个profile。这个profile的矩阵化形式，称之为position-...

问题 R 更新后报错

Error in if (grepl("^\\{|^\\[", output)) { : the condition has length > 1 Calls: <Anonymous> -> parse_args_output Execution halted 包更新了，需要更新了，需要去掉 \"

问题 bam文件排序时出错

....2676215835069172723.tmp.  Try setting TMP_DIR to a file system with lots of space.         at htsjdk.samtools.util.SortingCollection.spillToDisk(SortingCollection.java:260)         at htsjdk.samtools.util.SortingCollection.add(SortingCollection.java:182)         at htsjdk.samtools.S...

文章 pheatmap绘制热图详解

pheatmap简介: Pretty Heatmaps——Implementation of heatmaps that offers more control over dimensions and appearance. 热图是对实验数据（尤其是基因的表达量）分布情况进行分析的直观可视化方法，可以用来进行实验数据的质量控制和差异数据的具...

文章 免疫 侵润 分析 ESTIMATE分析

..." author: "Omicsgene" output:   html_document:     toc: true     theme: united date: '`r format(Sys.time(),"%d %B, %Y")`' --- ![image](https://note.youdao.com/yws/api/group/92990402/noteresource/D0C43D04435648A4A5A9B36556716345/version/421?method=get-resource&shareToken=76A1AE...

问题 xpclr 软件不能运行

...     SIZElocalhost/omicsclass/pop-evol-gwas  v2.0        efcdf45e89d0  7 months ago   8.34 GBlocalhost/omicsclass/reseq          v2.0        1d6dd5e4e859  11 months ago  14 GBlocalhost/omicsclass/bsaseq         v1.0        d9592d14c885  3 years ago ...

问题 做PCA分析时报错

Error in `geom_point()`: ! Problem while computing aesthetics. ℹ Error occurred in the 1st layer. Caused by error in `get()`: ! object 'stagestage' not found 做PCA分析时报错

问题 $python2 -m jcvi.compara.catalog ortholog ath rapa --cscore=0.7这一步报错

...ile `rapa.bed` Traceback (most recent call last):   File "/home/spider/soft/miniconda3/envs/py27/lib/python2.7/runpy.py", line 174, in _run_module_as_main     "__main__", fname, loader, pkg_name)   File "/home/spider/soft/miniconda3/envs/py27/lib/python2.7/runpy.py", line 72, in _run_code ...

问题 GATK 报错

gatk VariantFiltration : --filter-expression 显示 Input /work/my_reseq/4.snp_indel/var_qc2/BSA_no_filter.vcf   must support random access to enable queries by interval. If it's a file, please index it using the bundled tool IndexFeatureFile该怎么处理呀

文章 人免疫细胞marker基因

...细胞亚型Marker Gene 示例原始幼稚（Naïve）CD8+ T细胞CD8A、CD45RA（PTPRC）、CCR7、LEF1中间记忆（Central Memory，TCM）CD8+ T细胞CD8A、CD45RO（PTPRC）、CCR7、IL7R效应记忆（Effector Memory，TEM）CD8+ T细胞CD8A、CD45RO（PTPRC）、CCR7、CX3CR1、CD57末端效...

文章 clusterprofile 支持的物种GO和KEGG富集分析orgdb

...g.Mmu.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Rhesus45org.Bt.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Bovine46org.Ss.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Pig47org.Cf.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for ...

问题 TCGA下载数据保存

下载FPKM的时候，保存结果时出现Error in read_connection_(con) : Evaluation error: error reading from the connection. In addition: Warning message: In (function (con, what, n = 1L, size = NA_integer_, signed = TRUE,  :   invalid or incomplete compressed data

问题 R语言出现error

当R studio运行 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 出现Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open the connection In addition: Warning message: In file(filename, "r", encoding = encoding) : InternetOpenUrl failed: '操作超时'。 请问怎么解决？