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问题 R语言,KNN补值函数impute.knn函数

...         rng.seed = 362436069)  {   rng.state <- NULL   if (exists(".Random.seed")) {     rng.state <- .Random.seed   }   set.seed(rng.seed)   x <- data   p <- nrow(x)   col.nas <- drop(rep(1, p) %*% is.na(x))  #matrix multiplication   #count NA number in eac...

问题 重测序中SNP分析

...生成了pdf文件,没有jpg文件,报错提示如下:--> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index  SNP-Density Plotting. Error in seq.default(0, chor...

问题 重测序中SNP分析

...生成了pdf文件,没有jpg文件,报错提示如下:--> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index  SNP-Density Plotting. Error in seq.default(0, chor...

文章 docker 工具高级用法

... OFFICIAL AUTOMATED biocontainers/samtools Tools for manipulating next-generation seque… 11 [OK] mgibio/samtools-cwl Image containing samtools, for use in cwl wo… 3 [OK] pegi3...

文章 eggNOG 注注释报near "WITHOUT": syntax error

..., in initcurs.execute("PRAGMA synchronous=OFF;")sqlite3.DatabaseError: malformed database schema (prots) - near "WITHOUT": syntax error""" 解决办法,是centos7 系统中的sqlite 版本太低,需要单独安装sqlite3,并添加到环境变量中 I found solution for CentOS7 users.Bec...

文章 awk统计文件某列中某关键词出现次数

...计文件test.txt中第2列不同值出现的次数 awk '{sum[$2]+=1}END{for(i in sum)print i"\t"sum[i]}' test.txt 运行结果: 00 201 102 1 2、只统计文件test.txt中第2列"00"或"01"出现的次数 如只统计文件test.txt中第2列"00"或"01"出现的次数,命令可写为 awk...

文章 TWAS分析的原理和工具

...dixcan Gamazon,E.,Wheeler,H.,Shah,K.et al.A gene-based association method for mapping traits using reference transcriptome data. Nat Genet 47, 1091–1098 (2015). Predixcan是于2015年由一群芝加哥学者研发的,适用于个体级别的GWAS数据的TWAS分析软件,作者认为基因表...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-UM葡萄膜黑色素瘤(GSE139829)

...​ wget -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE139829&format=file" -O GSE139829_RAW.tar #解包 tar xvf GSE139829_RAW.tar #不同批量重命名文件,并连接到不同文件夹 ​for i in BSSR0022 UMM041L UMM059 UMM061 UMM062 UMM063 UMM064 UMM065 UMM066 UMM067L UMM069;do ...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(GSE161529)

...载 wget -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE161529&format=file" -O GSE161529_RAW.tar wget -c "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE161nnn/GSE161529/suppl/GSE161529%5Ffeatures.tsv.gz" -O GSE161529_features.tsv.gz​ #解压 tar xvf GSE161529_RAW.tar #由于数据是...

文章 merge_tsv_files.r 根据共有ID横向合并表格文件

使用方法: $Rscript $scriptdir/merge_tsv_files.r -husage: /work/STAD_immu_demo1/scripts/merge_tsv_files.r [-h] -i input                                                       [input ...]                                                      ...

问题 老师您好,docker镜像加速后,下载你们的gwas镜像时,总是pull了一半,剩下的立刻就没反应了,尝试了几十次,这个怎么回事?

...的就突然停止了,然后自动开始pull,然后就显示错误,error pulling image configuration: download failed after attempts=6: dialing production.cloudflare.docker.com:443 with direct connection: connecting to 104.18.122.25:443: dial tcp 104.18.122.25:443: connectex: A connection attemp...

问题 《基因家族分析》get_gene_weizhi.pl和get_gene_gff.pl运行结果为空

... 在预测顺式作用元件这一步: 下载了野蔷薇(Rosa multiflora)的基因组注释gff3文件RMU_r2.0.braker1.gff3, 前期鉴定出的蛋白ID(即基因)ID的txt文件RmPMTID_gene.txt, get_gene_weizhi.pl脚本成功运行,但是结果为空,与其相近的get_gene_gff.p...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 可变剪切分析软件lr2rmats

...ab/lr2rmats.git --recursive cd lr2rmats make dependencies make lr2rmats export PATH=$PATH:$PWD/bin # To permanently modify your PATH, you need to add it to your ~/.profile or ~/.bashrc file. 2.  软件运行: 该软件的分析流程采用了snakemake开发,非常的方便,可以运行一...

问题 在用gemma进行亲缘关系矩阵计算时,已经給fam文件添加表型但还是报错

...heno.txt -o /wtmp2/user049/yushiyan/kinship/result.kinship_n21 ERROR: Enforce failed for number of analyzed individuals equals 0. in src/param.cpp at line 2075 in ProcessCvtPhen 【由于分析的个体数等于0,强制失败。在ProcessCvtPhen中第2075行的src/param.cpp中】

问题 扩增子:真菌ITS分析unite不匹配

...         There was a problem with the command:  (1/1) Invalid value for '--i-reference-seqs': Expected an artifact of at   least type FeatureData[Sequence]. An artifact of type TaxonomicClassifier   was provided. 老师,这是原始脚本,ITS的 和18S的'--i-reference-seqs'  都...