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文章 GGEbioplot分析种质资源在不同环境下的丰产性与稳定性

...越长，区分能力越强。 1.3 哪个品种在哪个地点表现好 which won where 这张图主要是按照品种与环境的互作来说明各地点产量最高的品种。 把各个方向上距离最远的点用直线连接起来，构成一个多边形，通过中心对每条边做垂线...

文章 monocle2 monocle2 igraph 报错

...nocle2 igraph 报错 Error:! `nei()` was deprecated in igraph 2.1.0 and is now defunct.ℹ Please use `.nei()` instead. --- Backtrace:▆ 1. ├─monocle::orderCells(cds) 2. │ └─monocle:::project2MST(cds, project_point_to_line_segment) 3. │ ├─V(dp_mst)[suppressWarnings(nei(clo...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 分析软件PRAPI

...关的文章为《PRAPI: post-transcriptional regulation analysis pipeline for Iso-Seq》,我们来看一下该软件的功能。 功能比较强大, 能分析的内容多，而且能结合二代和三代的数据一起分析： 1.  环装RNA的分析 2. 转录起始位点的分析 3. 新...

问题 在GDC数据库下载数据出错

...tory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client') Downloading data for project TCGA-CHOL 试开URL’https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.0_Windows_x64-py3.7_0.zip' Content type 'application/zip' length 16207515 bytes (15.5 MB) downloaded 440 KB Error in unzip(basen...

问题 进行bugbase运行时候老报错

..._closed_reference_otus/fastmap.txt  -c loc -o bugbase_loc --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: www.omicsclass.com --> Recommended to learn R language:  --> https://study.163.com/course/introduction/1209073807.htm?share=1&shareId=1030291076 [1] "Loading Inputs....

问题 基因家族分析时，提取cds与pep序列报错显示 no sequence

Error, no sequence for Scaffold1 at /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl line 84. 应该如何解决？代码与报错如下， 我的基因组gff文件是这样的，我看课程示例文件是ID=XX;Parent=xx,是因为这个才提取不出来吗

文章 meme安装报错

...libxml/tree.h:1124:3: note: expected ‘xmlBufferPtr’ but argument is of type ‘xmlBufPtr’   xmlBufferWriteQuotedString(xmlBufferPtr buf,   ^xsltutils.c: In function ‘xsltSaveResultToString’:xsltutils.c:1758:26: error: dereferencing pointer to incomplete type  *do...

问题 重测序

...################################## # 每个样品分开运行,生成gvcf for i in $(cat $workdir/data/data.txt); do   echo "RUN CMD: gatk --java-options '-Xmx100g' HaplotypeCaller -R $REF   \     -I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \     -O ${i}.g.vcf.gz --max-alternate-alle...

文章 R语言中读入数据时指定每一列数据类型

...类型。如下所示： data <- read.table(filename, head=FALSE, as.is=TRUE, quote="", comment.char="#", sep="\t",colClasses=c("character",rep("numeric",10))) 这里指定了第一列为字符型，其余列都为数值型。这样，第一列再读入时依然是 "01"了。 此外，我们...

文章 split_sample.r根据生存数据对样本随机分组

...potion] [-o outdir] [-n name] The complete data set is randomly divided into training set and test set optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i input, --input input input matrix data [required] -e event, --even...

文章 Argument list too long报错

...文件，这可能效率较低，但可以确保不超过参数限制。 for file in /要链接的文件路径/*; do    ln -s "$file" /目标目录路径/done

文章 SNP分析中由于基因组序列过长导致报错解决方法

...d "main" htsjdk.samtools.SAMException: Exception when processing alignment for BAM index A00253:355:H75GLDSX2:2:1334:20989:8625 1/2 150b aligned read.        at htsjdk.samtools.BAMFileWriter.writeAlignment(BAMFileWriter.java:124)        at htsjdk.samtools.SAMFileWriterImpl.addAlignment(SAMFi...

文章 遗传图绘制：

...t;- seq(0, maxpos)## put labels on ruler at every 10 cMaxlab <- vector()for (lab in 0:maxpos) {  if (!lab %% 10) {    axlab <- c(axlab, lab)  }  else {    axlab <- c(axlab, NA)  }}outfile="genetic_map.pdf"lmv.linkage.plot(carrot,outfile,denmap=TRUE, cex.axis = 1, at.axis = at.axis, ...

文章 cutree对pheatmap返回结果实现聚类cluster划分

...merge,height, and labels, of appropriate content each.kan integer scalar or vector with the desired number of groupshnumeric scalar or vector with heights where the tree should be cut. 所以将热图结果中的list$tree_row作为tree输入即可： list=pheatmap(mat,scale = "row")row_cluste...

文章 Evolview：进化树设置标签的颜色

...((mouse,rat),(chimp,human)));”。点击Annotation upload → upload data for coloring leaf labels，填写相关数据后提交。 命令格式说明 设置语句包括3列：location，color，commands，由制表符分隔。第三列可有可无。l  第一列：可以是一个叶节点...