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文章 IF=4.2 | 杏黄李关键耐寒代谢途径的转录组代谢组联合分析

“ 2025年8月，Scientia Horticulturae 杂志发表了一篇题为“Integrative transcriptome and metabolome analysis reveals mechanisms underlying cold tolerance in Prunus salicina × armeniaca”的转录组-代谢组联合分析文章。” 01 — 研究背景 杏黄李（Prunus salici...

文章 linux生物信息软件安装管理工具conda使用

想做生物信息分析，在linux系统中分析，很多时候我们要分析一个内容会用到一个分析软件，那么开展这个分析的第一步就是要把这个软件安装到我们的linux系统中才可以分析，对于linux初学者而言，安装软件也不是那么容易的，...

文章 R was not built as a library python 中 rpy2 报错

...安装到个人路径下，记得添加环境变量： export R_HOME=path-to-R export R_LIBS=$R_HOME/lib64/R/library export LD_LIBRARY_PATH=$R_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH export PATH=$R_HOME/bin:$PATH 这时，再安装rpy2就可以成功安装了：pip3 install rpy2

文章 空间转录组细胞分割

https://www.bilibili.com/video/BV1Ct421H7ST/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click&vd_source=6cc688872dbaeabe125ff35d0ca9e710

问题 基因家族分析之基因结构分析

利用你们的脚本，demo文件，genefamily镜像，运行get_gene_exon_from_gff.pl脚本没有报错，但是结果文件是空的，奇怪了，请老师回答下，谢谢！

问题 BWA比对报错

[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG

问题 TCGAbiolinks包

你好，我遇到了跟你一样的问题Downloading genome information (try:0) Using: Human genes (GRCh38.p13) 错误: $ operator is invalid for atomic vectors 请问怎么更新R包解决呢？

文章 叶绿体/线粒体散在重复序列注释——REPuter

...的网站， 详情可参考文献  REPuter: the manifold applications of repeat analysis on a genomic scale 一、操作 REPuter网站 https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/reputer 1.进入网站后，点击Submission，之后上传自己的序列（fasta文件），上传成功之后...

问题 非模式物种建立注释库问题

报错信息：ℹ Use `spec()` to retrieve the full column specification for this data. ℹ Specify the column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message. Error in file(file, "rt") : cannot open the connection Calls: read.table -> file In addition: Warning message: In file(...

文章 GenePred格式

...e Predictions table genePred "A gene prediction." ( string name: "Name of gene" //基因名称 string chrom: "Chromosome name" //染色体名称 char[1] strand: "+ or - for strand" //正负链信息 uint txStart: "Transcription start position" //转录起始位点 uint txEnd: "Trans...

问题 putty 跑一半显示磁盘不够用

...|while read ind;do /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl --gff3 ./${ind}.longest_isoform.gff3 --fasta ./${ind}.fa.gz --seqType CDS >./${ind}.cds.fa /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl --gff3 ./${ind}.longest_isoform.gff3 --fasta ...

问题 老师您好，我正在做泛基因家族分析中，家族成员存在缺失分析，需要准备泛基因组列表，前面通过学习咱们得泛基因集构建课程，生成了 final.last.gene.pair.txt 文件，整理格式之后不正确

...在需要整理成需要的格式，参考教程awk -F"\t|-|_" '{print $1$2"\t"$3"_"$6}' 26Pan-genes.list > 26mazi.pan-genes.list，生成的文件为 但是，第一列泛基因ID，丢掉了泛基因序号，第二列的基因组编号好像是也丢了，请问怎么修改

问题 TCGA下载数据保存

下载FPKM的时候，保存结果时出现Error in read_connection_(con) : Evaluation error: error reading from the connection. In addition: Warning message: In (function (con, what, n = 1L, size = NA_integer_, signed = TRUE,  :   invalid or incomplete compressed data

问题 da

...ovar库 gtfToGenePred -genePredExt $gtf unknown_refGene.txt retrieve_seq_from_fasta.pl --format refGene --seqfile $fa --outfile unknown_refGeneMrna.fa unknown_refGene.txt table_annovar.pl $data/goat.recode.vcf ./ -buildver unknown -out snp -remove -protocol refGene -operation g -nastring . -vcfin...

问题 老师我一个一个步骤进行，一个基因一个基因分析，是这个命令有问题才出现domain_final.bed只有一个基因，代码有问题么:grep -v '#' ZS11.v10.FAE1_hmmerOut.final.txt|awk 'BEGIN{OFS="\t"}$10==1 {print $1,$18,$19 }' >ZS11.v10.domain_final.bed,这是我刚刚使用的这步的代码，前一步产生的hmmerOut.final.txt文件还整常

如果代码没问题，只能手动筛选么，怎么保存成domain_final.bed格式呀