老师我一个一个步骤进行，一个基因一个基因分析，是这个命令有问题才出现domain_final.bed只有一个基因，代码有问题么:grep -v '#' ZS11.v10.FAE1_hmmerOut.final.txt|awk 'BEGIN{OFS="\t"}$10==1 {print $1,$18,$19 }' >ZS11.v10.domain_final.bed,这是我刚刚使用的这步的代码，前一步产生的hmmerOut.final.txt文件还整常

如果代码没问题，只能手动筛选么，怎么保存成domain_final.bed格式呀

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rzx 1天前

你用示例数据运行这行代码用作检查，代码应该是没有问题的。

手动生成bed结果文件“xx.hmmerOut.final.txt从服务器下载到本地，删除带#的行，然后筛选第10列=1的行，最后将第1、18、19列提取出来，手动保存成${ind}.domain_final.bed”。总之就是按照domain_final.bed的文件格式去处理xx.hmmerOut.final.txt 文件

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