文章 利用qiime2对微生物扩增子测序数据文库根据barcode信息拆分数据

...d.fastq.gz   reverse.fastq.gz 数据导入： qiime tools import   --type MultiplexedPairedEndBarcodeInSequence   \ --input-path muxed-pe-barcode-in-seq   \ --output-path multiplexed-seqs.qza 利用qiime cutadapt 插件拆分数据： qiime cutadapt demux-paired --i-seqs mul...

问题 Linux中FOR循环做BWA比对报错[main_samview] fail to read the header from "-".

按照重测序课程中的命令 for i in CB2 CB3; do echo  "RUN CMD: bwa mem  Prunus_dulcis.T2T.assembly.fa ${i}_1.fq.gz \ ${i}_2.fq.gz -t 10 -M \ -R '@RG\tID:${i}\tLB:${i}\tPL:ILLUMINA\tSM:${i}' \ |samtools view -bS -h - > ${i}.bam" nohup bwa mem  Prunus_dulcis.T2T.assembly.fa ${i}_...

问题 老师我在构建泛基因列表，合成last.txt文件，结果只有两列

...lue = float(row[2]) # 假设第三列是数值 IndexError: list index out of rang 我的结果是这样 老师是这样

问题 麻烦求助，在使用ncbi_gff_2_Ensembl_gff.pl这个脚本的时出现报错显示：cant find the string terminator "Usage end"...in line 10

问题 您好iqtree2运行的时候报错，“You should increase checkpoint interval from the default 60 seconds”，请问可能是什么问题呢？docker虚拟机CPU：16 core，Memory：64 GB。谢谢！

文章 perl中的列表与数组

...： (17, $var, "a string")(17, 26 << 2)(17, $var1 + $var2)($value, "The answer is $value") 二、数组--列表的存贮 列表存贮于数组变量中，与简单变量不同，数组变量以字符"@"打头，如： @array = (1, 2, 3); 注：  (1)数组变量创建时初始值为...

问题 我下载了vbox之后按照教程安装了biolinux，但是却卡在了共享文件夹的步骤，报错是/sbin/mount.vboxsf: mounting failed with the error: No such file or directory

问题 基因组注释进行deepTE 分类时报错，The TensorFlow library was compiled to use SSE4.1 instructions, but these aren't available on your machine. Aborted (core dumped)

文章 使用MCscan进行多物种共线性分析与绘图

...共线性分析要用到的bed格式： python3 -m jcvi.formats.gff bed --type=gene --key=ID Oryza_sativa.gff -o Oryza_sativa.bed python3 -m jcvi.formats.gff bed --type=gene --key=ID Arabidopsis_thaliana.gff -o Arabidopsis_thaliana.bed python3 -m jcvi.formats.gff bed --type=gene --key=ID Solanum_tu...

文章 中国学者揭示:不运动不吃药也能瘦！

...》上发表了题为“Very-low-protein diets lead to reduced food intake and weight loss， linked to inhibition of hypothalamic mTOR signaling， in mice”的文章，为我们找到了一条不经运动、不吃药就能减肥的科学线索：1％蛋白质饮食可通过部分依赖下丘脑mT...

问题 转录组自主分析的差异基因分析和KEGG富集分析时发生错误，求老师解答。

...omType = opt$idtype, toType = opt$totype, OrgDb = opt$ann.db) :   26.02% of input gene IDs are fail to map... --> No gene can be mapped.... --> Expected input gene ID: --> return NULL... NULL Error in (function (classes, fdef, mtable)  :   unable to find an inherited method for fu...

文章 qiime自带的alpha_diversity.py脚本报错

....egg/skbio/diversity/alpha/_ace.py", line 70, in ace raise ValueError("The only rare OTUs are singletons, so the ACE " ValueError: The only rare OTUs are singletons, so the ACE metric is undefined. EstimateS suggests using bias-corrected Chao1 instead. 这是因为ace指数通过那些稀有otu...

文章 ssGSEA.r 单样本基因集富集分析

...基因集  两列数据，第一列细胞类型，第二列为基因 CellType Symbol B cells MS4A1 B cells TCL1A B cells MS4A1 B cells TCL1A B cells HLA-DOB B cells PNOC B cells KIAA0125 B cells CD19 B cells CR2 B cells IGHG1 B cells FCRL2 B cells BLK B cells...

问题 请问，有些文献中，给出的KME值，在WGCNA教程中，生成的"10_GS_and_MM.xls"文件中，哪个和它是对应的？比如下图所示。文献链接如下：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5429000/

文章 箱线图与分面--ggplot2

...c("sample1","sample2"),len=4)dat = data.frame(A,B,C,D,E)names(dat)[1] = c("type")names(dat)[2:5]=Fdat = melt(dat,variable.name="Sample",value.name = "Num")head(dat) 绘制基本的箱线图 ##################按照类型进行统计 P_box=ggplot(data=dat,aes(x=type,y=Num)) + geom_boxplot(fill="gr...