问题 使用SummarizedExperiment包的assay提取miRNA数据的表达矩阵时报错是什么原因？

...ata.category = "Transcriptome Profiling",                   data.type = "miRNA Expression Quantification",                    workflow.type = "BCGSC miRNA Profiling" barcode = TNBC_barcode) GDCdownload(query,method='api',files.per.chunk = 50) BRC_DATA1 <- GDCprepare(query)...

文章 IF=5.7 | 转录组数据揭示类风湿关节炎的临床诊断模型

...题为Integrated analysis of single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, Mendelian randomization, and eQTL reveals T cell-related nomogram model and subtype classification in rheumatoid arthritis 的转录组分析文章 ” 文章借助单细胞转录组数据、芯片转录组数据以及eQTL遗传变异...

文章 采用traceback 进行R语言报错信息的调试

...gdcCEAnalysis 这个函数时，报错“names' attribute [11055] must be the same length as the vector [2777]” ，你根本不知道是什么原因导致这个错误。采用traceback函数之后，就会显示函数运行时具体到哪一步存在问题。 > ceOutput <- gdcCEAnalysis(l...

问题 单细胞测序使用subset脚本提出子集，再进行拟时分析报错plot_genes_by_group

Error in plot genes by group(cds, top specific marker ids, group cells by = "partition", Only one type in group_cells by. To use plot genes by group, please specify a group with more than one type

问题 我买了转录组分析的课程，在运行fpkm_and_plot.R脚本时提示Error in library("getopt") : there is no package called ‘getopt’ Execution halted， 我打开R语言安装getopt后仍然显示报错，请教各位大神和组学讲堂的老师

问题 进行16S分析时，对样品按照分组进行分类汇总出现问题。

...samples.py，对样本进行组间差异比较，具体的组别为group和type，现在出现的问题是代码无法读取我的 metadata的head line，试过很多方法无法解决。###代码如下： mkdir taxa_summary_group for i in  type group;do   #这里的type group  来自metadat...

问题 老师，请问做Conet 构建的时候只有两个样本，但是有多个环境因子能做图吗？我导入数据报错了“After filtering, less than 3 columns remain in the input matrix!”请问该如何解决呢？

...g.IllegalArgumentException: After filtering, less than 3 columns remain in the input matrix! at be.ac.vub.bsb.cooccurrence.conversion.MatrixFilterer.filter(MatrixFilterer.java:376) at be.ac.vub.bsb.cooccurrence.conversion.Preprocessor.processMatrix(Preprocessor.java:211 at be.ac.vub.bsb.cooccur...

问题 老师您好，我在文件共享时出现不能共享的问题，具体操作如下： biolinux sudo mount -t vboxsf windows-share /home/manager/share 结果为：/sbin/mount.vboxsf: mounting failed with the error: No such device，该怎么解决，谢谢

问题 老师好，我在运行比较基因组学11.time_tree_BV脚本的时候，报错Error: Only bounds for the root age are implemented，修改了几次化石时间节点也没有成功，请问这个是我的化石节点选的有问题么？

问题 构建进化树报错

构建进化树时报错：Oops! MEGA has encountered an error and cannot continue with this analysis:Some pairwise distances could not be estimated. For example, between sequences 25 and 12.这是为什么啊？

文章 circos改变某两条染色体之间的距离

...。在etc/image.generic.conf文件中，定义了参照的radius radius of inscribed circle in imageradius         = 1500p 所以我们在配置文件中定义的radius  = 0.80r， 实际等于0.8 * 1500 = 1200 像素。 染色体之间的间距通过spacing 这个block 进行定义，defau...

文章 进化树构建的方法及原理详解

...的设置推荐使用缺省的参数。 参考：Hall BG. Comparison of the accuracies of several phylogenetic methods using protein and DNA sequences. Mol Biol Evol. 2005 Mar;22(3):792-802. doi: 10.1093/molbev/msi066. Epub 2004 Dec 8. Erratum in: Mol Biol Evol. 2005 Apr;22(4):1160. PMID: 15590907....

文章 Biopython之序列输入

...ANAC011 description:NAC011 [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:A0A178WL27] Number of features: 0 Seq('ATGGTAGGATCATTTTTACCACCTGGTTTCAGATTTTATCCAACAGATGAAGAA...TAA', SingleLetterAlphabet()) 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越...

文章 PASA 记录

...oading.output12. PASApipeline/PASApipeline-v2.5.2/scripts/PASA_transcripts_and_assemblies_to_GFF3.dbi -M pasa.sqlite' -v -A -P blat > pasa.sqlite.valid_blat_alignments.gff313. PASApipeline/PASApipeline-v2.5.2/scripts/PASA_transcripts_and_assemblies_to_GFF3.dbi -M 'pasa.sqlite' -v -A -P blat -B  ...

文章 人工智能（AI）在微生物组中的应用-随机森林分类与回归预测

...南昌大学徐振江） mSystems——[IF:6.519]   Human Skin, Oral, and Gut Microbiomes Predict Chronological Age 02-12, doi: 10.1128/mSystems.00630-19 作者结合公开数据，用随机森林建立预测模型，评价粪便、唾液及皮肤（手和前额）样本微生物组预测成...