问题 Error correction and assembling warnings: * 0:12:28.935 6768M / 13G WARN General (kmer_coverage_model.cpp : 327) Valley value was estimated improperly, reset to 16

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这问题有什么解决办法吗

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请问您这个谷值问题怎么解决的

文章 混合线性模型中BLUE值 VS BLUP值 计算育种值与GWAS表型性状数据整合

... 0.3015  ##  Residual             3.48151  1.8659  ## Number of obs: 575, groups:  lines, 209; env, 3## ## Fixed effects:##             Estimate Std. Error t value## (Intercept)  60.8465     0.2511   242.3我们可以得到遗传方差（即lines的方差）和残差方...

文章 r绘图0不在原点的问题

...在0之前会有一小段多出来的范围 例如：plot(runif(10,0,10),type="l",xlim=c(0,10),ylim=c(0,10)) 使用：xaxs/yaxs="i" 代码即可解决 例如：plot(runif(10,0,10),type="l",xlim=c(0,10),ylim=c(0,10),yaxs="i",xaxs="i") 同样，ggplot也会有这个问题，处理方式为在图...

问题 RNA-seq的转录水平表达分析HISAT, StringTie and Ballgown 中R语言的疑问。

你好。关于这篇文章https://www.jianshu.com/p/0e48facb3786，我试着用自己的数据去跑这个流程，前面都很顺利，就是在比较男女之间基因表达差异那里出了错误，因为我的数据是从小米的根，茎，叶三个不同组织里得到的，所以我想比...

问题 利用getGEO函数下载GSE数据时提示“Error in open.connection(x, "rb") : cannot open the connection”下载GDS，GPL和GSM都是正常的。

我就觉得奇怪了，下载GDS.GPL和GSM的时候都是正常的，就是这个GSE下载不了，就这样提示，谢谢！

问题 单细胞测序数据FindAllMaker查找不同Cluster的Marker基因时报错

...ker基因 Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \  -p FindAllMarkers --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25 ，执行此代码后报错：Warning: When testing 20 versus all: every gene contains at least one zero, cannot compute ...

问题 kneaddata做质控的时候，服务器卡死了，用trimmomatic+bowtie2分开跑是可以的吧

... "$datafile"/{}_1.fq.gz "$datafile"/{}_2.fq.gz \   "$workdir"/1.host_del_and_qc/kneaddata/{}_forward_paired.fq.gz "$workdir"/1.host_del_and_qc/kneaddata/{}_forward_unpaired.fq.gz \   "$workdir"/1.host_del_and_qc/kneaddata/{}_reverse_paired.fq.gz "$workdir"/1.host_del_and_qc/kneaddata/{}_reverse_...

文章 flowCore R包安装报错

...  from pairVectorRcppWrap.h:10,                  from flowCore_types.h:12,                  from RcppExports.cpp:4: /share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/include/c++/6.4.0/bits/unique_ptr.h:49:28: note: declared here    template<typename> class auto_ptr;           ...

文章 TCGA数据库挖掘-肾细胞癌相关biomiarker筛选案例解析

...考文献：Yin, X. , Wang, J. , & Zhang, J. . (2018). Identification of biomarkers of chromophobe renal cell carcinoma by weighted gene co-expression network analysis. Cancer Cell International,18(1). 相关课程： TCGA-基因差异表达分析、 TCGA-生存分析 、 GEO芯片...

问题 老师，使用plantcare网站时，提交后老是显示the reference contains illegal characters, please revise (only alpha-numeric allowed)这句话，仔细看了看没发现符号错误啊

问题 Linux中FOR循环做BWA比对报错[main_samview] fail to read the header from "-".

按照重测序课程中的命令 for i in CB2 CB3; do echo  "RUN CMD: bwa mem  Prunus_dulcis.T2T.assembly.fa ${i}_1.fq.gz \ ${i}_2.fq.gz -t 10 -M \ -R '@RG\tID:${i}\tLB:${i}\tPL:ILLUMINA\tSM:${i}' \ |samtools view -bS -h - > ${i}.bam" nohup bwa mem  Prunus_dulcis.T2T.assembly.fa ${i}_...

文章 利用qiime2对微生物扩增子测序数据文库根据barcode信息拆分数据

...d.fastq.gz   reverse.fastq.gz 数据导入： qiime tools import   --type MultiplexedPairedEndBarcodeInSequence   \ --input-path muxed-pe-barcode-in-seq   \ --output-path multiplexed-seqs.qza 利用qiime cutadapt 插件拆分数据： qiime cutadapt demux-paired --i-seqs mul...

问题 老师我在构建泛基因列表，合成last.txt文件，结果只有两列

...lue = float(row[2]) # 假设第三列是数值 IndexError: list index out of rang 我的结果是这样 老师是这样