找到约 15 条结果

文章 bugbase指定表型预测

...1:v1.2 2.生成指定表型的预测文件(运行默认为16S数据) make.user.table.r -i costom_pathway/ 参数说明 -i    准备好指定表型的文件目录 运行成功后,目录下会出一个过程文件intermediates(红色)和需要的指定表行预测文件Custom_BugB...

文章 绘制展示基因在样本中表达量与数量的柱状图

...exit -i exp_data, --exp_data exp_data input data file path[required] -l legend.position, --legend.position legend.position Sets the location of the legend[none,left,right,bottom,top,or two-element num...

文章 R语言基础入门—数组

...阵组成的数组,每个矩阵具有3行和3列。 # Create two vectors of different lengths.vector1 <- c(2,3,5)vector2 <- c(7,8,9,11,11,12)# Take these vectors as input to the array.result <- array(c(vector1,vector2),dim = c(3,3,2))print(result) 运行以上的...

文章 NCBI下载物种叶绿体或线粒体基因组fasta,gff3,gtf,gb文件等

...基因组序列号 CM017775.1 点击右上角”send to“,选择file,即可下载多种格式文件,如GeneBank格式的gb文件,基因组序列fasta文件,基因组gff3注释文件等 下载细胞器基因组gtf文件,获取线粒体所有基因名 以上漾濞槭例子...

问题 GATK CALL 变异后导入GenomicsDBImport 出现问题

...ir  -R $REF --batch-size 5 \   --reader-threads 5 --max-num-intervals-to-import-in-parallel 5 \   --genomicsdb-workspace-path db --sample-name-map cohort.sample_map。( intervals.list是12条染色体的列表)。运行的时候报错如下: GenomicsDBImport cannot use multiple VCF re...

文章 perl脚本批量生成反向互补序列

...})){print <<"Usage End.";UsageForced parameter:-out          outfile                        <outfile>        must be given-fa fasta file <infile> must be givenOther parameter:-h           Help documentUsage End.exit;}my $in  = Bio::SeqIO->...

问题 老师,您好,我有一个问题不知道怎么解决,想要问您一下 我在学习基因家族分析的课程中,按照课程对WRKY家族分析,最后将WRKY_pep_need_to_confirm.fa文件输入CDD检测时和老师得到的结果不一样,一个domain都没有搜到,用smart搜索结果是和老师做的一样,为什么用CDD搜不到呢?图片中是我搜到的结果,右边框框中都是零,我换了老师做出来的这个文件搜索也是这个结果,这是为什么呢?

文章 DEG_limma.R 差异基因分析limma

使用方法: $Rscript DEG_limma.R -h usage: DEG_limma.R [-h] -e filepath -m filepath -t treatname --control CONTROL --case CASE [-f fdr] [-c fc] [-s size] [-a alpha] [-X x.lab] [-Y y.lab] [-T title] [-H height] [-W width] [-o path] [-p prefi...

问题 perl求助,基因ID的对应替换perl脚本怎么写

...rl脚本该怎么写。。 #!/usr/bin/perl ;#usage:perl repalce.pl list.file fa.file out.fileopen LIST,$ARGV[0];open FAFILE,$ARGV[1];open OUT,">$ARGV[2]";undef $/;#$in=<FAFILE>;#study $in;$/="\n";#while(<LIST>){    chomp;    my($new,$old)=split;    $in=~s/$old/$new/;} 这...

问题 perl求助,基因ID的对应替换perl脚本怎么写

...rl脚本该怎么写。。 #!/usr/bin/perl ;#usage:perl repalce.pl list.file fa.file out.fileopen LIST,$ARGV[0];open FAFILE,$ARGV[1];open OUT,">$ARGV[2]";undef $/;#$in=<FAFILE>;#study $in;$/="\n";#while(<LIST>){    chomp;    my($new,$old)=split;    $in=~s/$old/$new/;} 这...

问题 tassel导入表型数据和Q文件,一直报错格式有误

ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - Problem loading file: /home/liuyunxiu/GWAS/intersection_data/sorted_shared.corrected.Q.   Error: Unrecognized format for a phenotype. [pool-2-thread-2] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - Problem loading file: /home/liuyunxiu/GWAS/...

文章 批次效应移除算法

...######################### http://genomicsclass.github.io/book/pages/intro_to_batch_effects.html One often overlooked complication with high-throughput studies is batch effects, which occur because measurements are affected by laboratory conditions, reagent lots, and personnel differences. This bec...

问题 tassel导入表型数据和Q文件,一直报错格式有误

ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - Problem loading file: /home/liuyunxiu/GWAS/intersection_data/sorted_shared.corrected.Q.   Error: Unrecognized format for a phenotype. [pool-2-thread-2] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - Problem loading file: /home/liuyunxiu/GWAS/...

文章 蛋白质等电点的计算

...nAnalysis from Bio import SeqIO # 指定蛋白序列的fasta文件 protein_file = "protein.fasta" # 遍历每一条蛋白序列,计算等电点 for seq_record in SeqIO.parse(protein_file, "fasta"): p = ProteinAnalysis(str(seq_record.seq)) # 等电点的计算函数是:isoelectric_point ...

文章 GWAS抗性性状处理,耐盐,耐寒,耐旱等

...状数据,然后计算抗性指数:  The response of the genotypes to salt stress was expressed using the stress susceptibility index (SSI) calculated according to Fischer and Maurer39 using the following formula: SSI = (1 − Ys/Yp)/D, where Ys = mean performance of a genotype under stress...