找到约 15 条结果

文章 基于R实现统计中的检验方法---T检验

..., p-value = 0.3738alternative hypothesis: true mean is not equal to 4.595 percent confidence interval: 4.230016 4.611984sample estimates:mean of x     4.421 p=0.3738>0.05,认为所抽样水体的含氧量与多年平均值无显著差异—————————#独立...

文章 git 取消修改，恢复版本 命令大全 回退命令

...原到最近的版本，废弃本地做的修改。 git checkout -- <file> #取消已经暂存的文件。即，撤销先前"git add"的操作 git reset HEAD <file>... #修改最后一次提交。用于修改上一次的提交信息，或漏提交文件等情况。 git commit --...

问题 下载甲基化数据时找不到样本类型，

...eckBarcodeDefinition(sample.type) :   Primary solid Tumor was not found. Please select a difinition from the table above 

文章 轻松搞定fasta索引文件、序列提取

...命令tar -jxvf samtools-1.6.tar.bz2解压下载的压缩包，最后使用make命令就可以了。

问题 rnaseq分析中片段inner size出现问题

...regions from /work/zhaoran_rnaseq/125PS_125NS/ref/gene.bed ...  Load BAM file ...  Done Total read pairs  used 0 Cannot find paired reads RUN CMD: inner_distance.py -i /work/zhaoran_rnaseq/125PS_125NS/3.map/hisat2/DL125NS2.bam  -r /work/zhaoran_rnaseq/125PS_125NS/ref/gene.bed  -o DL125NS2_i...

文章 linux下替换文件中的换行符

之前在linux系统执行以下命令： ls file |xargs sed -i 's/\n//g' 然而却发现没有任何效果，百度之后发现 sed是按行处理文本数据的，每次处理一行数据后，都会在行尾自动添加trailing newline。 如果非要使用sed命令，实现替换file文本...

文章 linux处理fasta和fastq序列

...print > f}' input.fasta （3）fastq转换成fasta序列 zcat input_file.fastq.gz | awk 'NR%4==1{printf ">%s\n", substr($0,2)}NR%4==2{print}' > output_file.fa（4）fastq统计条数zcat reads.fq.gz | echo $((`wc -l`/4))（5）fasta序列的数量grep -c "^>" reads.fa（6）某个短...

问题 edger差异分析，如何查询分组差异的结果

...ata_test.txt", header=T, sep="\t", row.names=1, comment.char="", check.names=F) head(counts) # 设置样本分组 groups <- factor(c("Un_Responder", "Responder", "Un_Responder", "Responder", "Un_Responder", "Un_Responder", "Responder"))# 构建edgeR中的对象 y <- DGEList(counts=co...

文章 contig or scaffold GFF 文件通过AGP文件转换成 染色体 gff文件

注释基因组文件 contig.gff  或者 scaffold.gff  to  chromosome gff python3  -m jcvi.formats.chain fromagp genome.final.agp contig.fa  genome.fa 得到：genome.final.chain  再用 liftover转换：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver liftOver -gff con...

文章 使用perl来判断文件是否存在

使用perl判断某文件是否存在：#!/usr/bin/perl -w my $file = "/home/zl/study/perl/fileexist/t.txt";if(-e $file){ print "t.txt exist. \n";}else{ print "do not exist. \n";} 判断成功后，可以在继续对文件做其他处理。如果判断目录是否存在，需使用 -d. 此...

文章 Upset图绘制

...域。 读入文件 mydata<-read.table("Venn1.txt",header=T,fill=T,check.names=FALSE,row.names = 1,na.strings="")mydata <- mydata[rowSums(mydata) != 0, ]tail(mydata) 文件格式 all_deg_id    CK_vs_A    CK_vs_B    CK_vs_C    CK_vs_D    CK_vs_EENSRNA049471043    1...

问题 做有参转录组分析，在进行基因表达定量的时候，出现如下问题，请问老师这是什么原因呀

...nes processed.500000 GFF lines processed.Error occured when processing GFF file (line 546354 of file /bioData/run_data/lixp/work/GZ_yangtao2/2.alignment/stringtie/stringtie_merged.gtf):  Feature Yangtao2000001 does not contain a 'gene_id' attribute  [Exception type: ValueError, raised in count.py:...

问题 重测序分析

... -R $REF --batch-size 5  \ #   --reader-threads 5 --max-num-intervals-to-import-in-parallel 5 \ #   --genomicsdb-workspace-path db -V p1.g.vcf.gz -V p2.g.vcf.gz -V pool1.g.vcf.gz -V pool2.g.vcf.gz #样本太多,可以输入列表 cd $workdir/4.snp_indel/GATK #生成列表 ls *g.vcf.gz |wh...

文章 linux使用ossutil下载阿里云数据

...径。 如果设置为其他路径，在使用命令时需要将--config-file选项设置为该路径） 这里我们输入.ossutilconfig 2.设置语言 之后会提示设置语言CH或EN。工具使用的语言默认与操作系统保持一致。 此处点击回车即可 3.输入endpoi...

文章 单拷贝直系同源基因构建系统发育树以及分歧时间

...参考： Species tree construction and gene family expansion analysis Together with L.edodes, 26 fungal species assigned to Basidiomycota or Ascomycota were used in the phylogenetic analysis. The protein sequences of these 26 fungi were compared by BLASTP with e-value < 1e-5 and hit number &...