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文章 Cytoscape如何基于点的属性快速对点和相连的线进行颜色分类

...4G33540 ath-miR156a-5p AT5G01810 ath-miR156a-5p AT5G19610 ath-miR156b-3p AT2G38440 ... ... 如涉及相关的属性信息,可以在数据中增加相应的列,来描述点或者线的特征。 基于最原始的数据可以获得如下图片(三角对应miRNA,圆点对应靶...

问题 合并g.vcf

h合并到这一步不小心被终止了,还能需要从建立DB文件夹开始重新跑吗?

文章 安装R包的几种方法

R包可以存放在不同的仓库(repository)里,最常见的repo包括CRAN, github,以及生物er必需的Bioconductor。     CRAN,官方包CRAN,通常国内选择镜像,方法自行百度。     Bioconductor,这通常只有生物信息学的人才用得到。     Github,...

问题 重测序分析

...脚本的时候出现这错误,命令为: # ############合并GVCF方法2 大量样本 ########################## reseq:v2.0镜像支持,GATK 4.4.0.0 # gatk  --java-options "-Xmx20g" GenomicsDBImport  \ #   -L 4 --tmp-dir $tmpdir  -R $REF --batch-size 5  \ #   --reader-thread...

文章 天宫一号曾为农业做出的贡献!

...人参种子、大红袍与正山小种种子、铁观音茶树种子、4茄子品种、6番茄品种、2黄瓜品种、9西瓜品种、6甜瓜品种、甘蓝型油菜种子等。 太空育种具有其周期短,变异效率高,稳定性好等优点,对于太空育种的探索...

文章 R中数据框之间的合并dplyr

1、转换与合并left_join(a, b, by = “x1”): 向数据集a中加入匹配的数据集b记录(行)。right_join(a, b, by = “x1”): 向数据集b中加入匹配的数据集a记录。inner_join(a, b, by = “x1”): 合并数据。仅保留匹配的记录。full_join(a, b, by = “x1...

文章 博士单身的多吗?调查发现:博士平均恋爱次数是6.87次

...,博士的平均恋爱次数是6.87次”, 这篇文章表示,这调查是针对不同受教育程度人群的恋爱经历,然后发现,在恋爱次数上,博士高居榜首!! 从数据上来看,博士中,女博士的恋爱次数更高,平均为7.12次, 男博士只有6.4...

文章 ggsci 的颜色可视化

...点击,可以跳转到help查看他包含的函数,其中色板共有36ggsci 颜色查看 一般来说绘图时直接使用scale_color_palname()或scale_fill_palname()就足够了,但是我们有时想要挑选部分颜色来完成自己的绘图时,怎么才能看到色...

问题 如何用BoxShade正确呈现miRNA 多序列比对的结果

...,不知道为什么? 我输入的ALN文件格式如下: ath-miR156g         ---CGACAGAAGAGAGUGAGCAC--- mdm-miR156e         ----GACAGAAGAGAGUGAGCAC--- cca-miR156k         ----GACAGAAGAGAGUGAGCAC--- ath-miR156a-5p      ---UGACAGAAGAGAGUGAGCAC--- ath-miR156b-5p      ---...

文章 perl中一次遍历多列表

...相关的列表时,往往用数组下标遍历: my @a = ( ... ); my @b = ( ... );my @c; foreach my $i ( 0 .. $#a) {     my ( $a, $b ) = ( $a[$i], $b[$i] ); push @c, $a + $b; }  其实还可以这样: use List::MoreUtils qw(pairwise);my @c = pairwise { $a + $b } @a, @bpairw...

问题 老师,请问您们一下,我有使用McScan的经验,但是McScanX的是由方法有些地方不是很懂?

$$ blastall -i query_file -d database –p blastp –e 1e-10 –b 5 –v 5 –m 8 –o xyz.blast 是什么意思呢?

文章 Scrum与OKR融合实践经验分享

...件公司的研发团队都喜欢用Scrum管理研发流程,Scrum是一诞生于20世纪90年代的敏捷方法论,CORNERSTONE内部也一直在使用这一方法。 相较于瀑布式开发的其他传统方法,Scrum最大的优点是关注持续快速迭代以及对变化的适应性...

文章 清华学生是如何度过大学4年的

...案是“求学这条路是我们通向成功的捷径” 这里我举几例子证明这观点: 我在清华电子系的一师兄,刘自鸿,他通过自己一年的钻研在去年全国大学生挑战杯科技竞赛上获得特等奖第一名,他的专利“人体生物传感芯...

文章 做进化树,到底哪种算法适合我?

...状图。是一种亲缘分支分类方法(cladogram)。在图中,每节点代表其各分支的最近共同祖先,而节点间的线段长度对应演化距离。 对于一完整的进化树分析需要以下几步骤:⑴ 对所分析的多序列进行排列(To align sequenc...

文章 轻松搞定iTOL注释文件

...,table2itol就是这条捷径。 table2itol简介 table2itol是在GitHup上公开的R语言包,其作用是专门为iTOL生成所需的注释文件,只需准备表格形式的数据,包含配色方案的注释文件就会自动生成,极大提高了准备注释文件的效率。 table2i...