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文章 R语言基础入门—数据结构(1)

...complex)和原始型(raw)。 创建向量 即使在R中只写入一值,它也会被认为是一长度为1的向量,以下我们创建单元素的向量,可以是以上 6 中类型中的任意一种: # 字符型原子向量print("runoob");# 双精度型原子向量print(12...

文章 bedtools求交集

Bedtools是处理基因组信息分析的强大工具集合,其中 intersect 函数可以求区域之间的交集。 其用法: bedtools intersect [OPTIONS] [-a|-abam]-b BED 输入文件是bed格式,至少三列,分别是染色体,起始位置(0-based,  包括),终止位置  (1-b...

文章 deepseek绘图之--系统发育树

...、单倍型网络构建,还是群体分化研究,研究者常面临一挑战:如何将复杂的群体遗传关系(如分支拓扑结构、节点支持率、遗传距离)以专业且直观的方式呈现?群体系统发育树凭借其"遗传关系可视化"的优势,成为群体遗...

问题 蛋白三级结构分析时,用PSI-blast和SWISS-MODEL自带的模板同时做了,发现SWISS-MODEL自带的模板做出来的相似度更高、GMQE和QMEAN值也更好,同时,两方法也有重复的模板,想问问老师应该选择相似度更高的,还是选择两种方法都有的模板?

文章 组学大讲堂征稿通知

...,着实让我批了一顿,好好学习,将来动下笔杆子也比这赚的多!是呀,有知识还不好赚钱吗?21世纪什么最贵?知识!尤其在这飞速发展的信息时代,知识变现越来越简单!苦逼的科研人,你准备好了吗?你读过的文献,...

文章 蛋白质纯化方法及注意事项有哪些?

...化学研究应用中使用广泛,是一项重要的操作技术。 一典型的真核细胞可以包含数以千计的不同蛋白质,一些含量十分丰富,一些仅含有几拷贝。为了研究某一蛋白质,必须首先将该蛋白质从其他蛋白质和非蛋白质分子...

文章 awk批量输出不同分类内容至不同文件

...基于这些分类将数据拆分  写入不同文件。 Sme2.5_00225.1_g00009.1 5       4.9101421148427 4.70706424227   4.47761327337Sme2.5_00013.1_g00022.1 2       21.1187 23.221  29.6611Sme2.5_12110.1_g00002.1 1       1.433897        1.548173362585  0.90...

文章 Oncomine数据库介绍

...ine数据库介绍 Oncomine是大型肿瘤基因芯片数据库,涵盖65基因芯片数据集、4700芯片及4亿8千万基因表达数据,可用于分析基因表达差异、寻找离群值、预测共表达基因等,并可根据肿瘤分期、分级、组织类型等临床信息进...

文章 Mfuzz做时间聚类分析

...的包 # 1.安装CRAN来源常用包 #设置镜像, local({r <- getOption("repos") r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" options(repos=r)}) # 依赖包列表:自动加载并安装 package_list <- c("ggplot2","Mfuzz","dplyr","devtools") # 判断R包加载是否成...

问题 猪单细胞测序数据拟时序分析时已知细胞分化起源,怎么修改代码?

...道分化的起源,想请教老师这代码应该怎么修改?Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle2.r -g mycelltype \   -i subset.T.rds -p monocle2 \   --order.gene.select.method monocle  --heatmap.gene 20 \   --heatmap.clusters 4

问题 老师您好,我有问题想请教您,就是以您看的文献来说,您觉得有转录因子调控CDPK激酶的文献,就是说转录因子可以和CDPK激酶的启动子结合的例子吗?因为我用某CDPK酵母双杂交筛到了一转录因子,现在不确定到底是这转录因子结合了CDPK的启动子,还是这CDPK激酶对这转录因子磷酸化,对于它们的上下游关系我还不是太明白,是不是用CDPK筛到的转录因子就说明了什么关系呢它们之间

文章 R语言数据筛选整理包dplyr 分类汇总

...效的方式编写的。 它们在语法上也更稳定,并且比向量更好地支持数据帧。以下是该包中的方法与用途: dplyr Function Description Equivalent SQL select() Selecting columns (variables) SELECT filter() Filter (subset) rows. WHERE group_by() Gr...

文章 tensorQTL :最高效的QTL 分析工具

...出文件采用 parquet 格式,这是一种二进制格式,它提供了更好的 I/O 性能, 但是没法直接读取 我提供一强性能的py代码用于转换,当然你们可以用pandas处理,只是稍微慢一点(这一步不涉及过滤,你们可以在得到结果以后过滤,也可...

文章 基因家族进化分析 发10分文章

...总结:17种植物中鉴定分析了参与植物逆境胁迫调控的两互作蛋白家族:CBL (Calcineurin B-Like, CBL) 和CIPK (CBL-Interacting Protein Kinase) 家族。通过分析CBL和CIPK 两基因家族从苔藓植物到被子植物的演化历史,阐明CBL和CIPK基因重复的...

文章 git 取消修改,恢复版本 命令大全 回退命令

...交文件等情况。 git commit --amend #回退所有内容到上一版本 git reset HEAD^ #回退a.py这文件的版本到上一版本   git reset HEAD^ a.py   #向前回退到第3版本   git reset –soft HEAD~3   #将本地的状态回退到和远程的一样...