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文章 awk统计某列中文本次数

统计下面文本中，第一列文本出现的次数（第2列没什么意义） gene    1cds    2gene    3gene    4rna    5cds    6 awk命令如下： awk  '{sum[$1]++}END{for(i in sum) print i "\t" sum[i]}' example.txt 结果如下： cds     2rna     1gene    3

文章 三代全长转录组鉴定红花黄酮类次代物合成相关相关基因-附原文献下载！

...7月发表在BMC Genomics上题为：Full-length transcriptome sequences and the identification of putative genes for flavonoid biosynthesis in safflower 的红花三代全长转录组文章。 背景： 红花（拉丁学名：Carthamus tinctorius L.），别名：红蓝花 、刺红花，菊科...

文章 SCTransform ,Error: useNames = NA is defunct

...ransform on layer: countsvst.flavor='v2' set. Using model with fixed slope and excluding poisson genes.Variance stabilizing transformation of count matrix of size 20445 by 2713Model formula is y ~ log_umiGet Negative Binomial regression parameters per geneUsing 2000 genes, 2713 cellsError: useNames ...

文章 错误：perl: warning: Please check that your locale settings: LANGUAGE = (unset), LC_ALL = (unset), LC_CTYPE = "UTF-8", LANG = "en_US.UTF-8"

... ~/.bashrc 或 ~/.bash_profile 文件加上下面的参数， # Setting for the new UTF-8 terminal support in Lion export LC_CTYPE=en_US.UTF-8 export LC_ALL=en_US.UTF-8 如果是使用zsh的mac，则是修改~/.zshrc文件 # Setting for the new UTF-8 terminal support in Lion LC_CTYPE=en_US...

问题 电脑内存不能升级，运行Rstudio内存一直上升，请问还有其他方法解决这个问题吗。

...AD" > data_category <- "DNA Methylation" > platform <- "Illumina Human Methylation 450" > sample_type <- "Primary solid Tumor"    > legacy <- FALSE > # 工作目录如果不存在，则创建目录 > if( !file.exists(work_dir) ){ +   if( !dir.create(work_dir,...

问题 在做叶绿体组装时，出现了如下错误，该如何解决呢

...germ/GetOrganelle/issue      69   please provide the get_org.log.txt and the assembly_graph.fastg.*.fast Waiting for data... (interrupt to abort)

文章 最全进化树构建知识点大盘点

...型对数据的拟合优度的一种统计检验方法；AIC值（Akaike Information criterion, AIC）是指Kullback-Leibler (K-L) 距离的估计值，K-L距离定义为一个模型被另一个模型替代后信息的丧失。因此，AIC值较小的模型更好；BIC（Bayesian Information Criteri...

问题 MCSCANX共线性图代码报错

您好！我也遇到了 Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException at family_circle_plotter.paint(family_circle_plotter.java:197) at family_circle_plotter.main(family_circle_plotter.java:334)  这样的问题，想向您请教一下您当时是怎么解决的呢？

问题 MCSCANX共线性图代码报错

老师，在使用MCSCANX做共线性图时，代码报错，请求老师帮助解决，谢谢（linux 64位操作系统） 报错信息： Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException at circle_plotter.paint(circle_plotter.java:142) at circle_plotter.main(circle_plotter.java:262)

问题 老师，您好！我在用-SortGenotypeFilePlugin排序vcf文件时，得出来的文件比原始文件小很多。

...Pos:40436InsertionPos:0Name:SHIC_SCAFFOLD_11_40436Variants:G/AMAF:NaNRef:G and PositionChr:HIC_SCAFFOLD_9Pos:117578893InsertionPos:0Name:SHIC_SCAFFOLD_9_117578893Variants:G/AMAF:NaNRef:G out of order.

问题 用gffread将gtf转化为fasta报错

命令行： gffread -w classcode.fa -g Genome.fa classcode.gtf 报错：Error: sequence lines in a FASTA record must have the same length! 输入的参考基因组：

问题 扩增子高级分析R语言代码

老师，在学习扩增子高级分析群落数据co-occurrence network分析，运行代码network=net_pro(igraph) 出现报错 Error in average.path.length(igraph) : At core/paths/shortest_paths.c:188 : Weight vector must be non-negative, got -0.509662. Invalid value

问题 snp密度图绘制

...生成的snp.unknown_multianno.vcf文件绘制时有报错信息，Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :    line 46 did not have 209 elements Calls: read.table -> scan，应该是生成的vcf格式有问题，但是用一开始过滤完的snp.clean.v...

文章 Python学习-利用Python对植物基因组注释文件（gff3格式）进行处理

...件一一对应才行。下面直接上代码。 3.代码信息 #!usr/bin/python import re,io from operator import itemgetter input_file = io.open('Zmays_284_Ensembl-18_2010-01-MaizeSequence.gene.gff3','r',encoding='UTF-8') # 基因的注释信息,GFF3格式的文件 out_file = open('Zm.newid.gff'...

问题 老师，我正在做泛基因家族分析中结构变异与基因结构和保守结构域分析，

...分析，前面得到的结构变异表达量差异文件demo.ID_SV_t.test_and_wilcox.tsv如下图一，只有两个基因有差异，且表达量均很低（二图）。接下来，利用其中一个做保守结构域分析由于Fam_gene.list文件（三图）中，该家族编号仅对应一条基...