找到约 15 条结果

问题 注释完绘图出现报错信息

...tion halted 检查R里已经安装了getopt，调用这个R包也是正常的，但是perl $scriptdir/vcf_stat.pl -vcf snp.unknown_multianno.vcf -type snp就会报错。

问题 MCScanX family_circle_plotter 运行错误

在运行MCScanX的时候，family_circle_plotter这个Java程序运行出现了错误。gff文件，collinearity文件都已经得到，family.ctl已经更改，基因ID.txt也写好了，但是运行出现错误如图，请问怎么解决？

问题 请问用cytoscape能计算出交互作用网络modularity的值吗

请问用cytoscape能计算出像Gephi里交互作用网络modularity的值吗，或者除了用Gephi，还有什么计算交互作用网络的modularity值。谢谢

问题 基因组重测序，排序完后进行去重复总是被Killed

这样是哪里有问题啊老师，有些可以正常的进行，有些不行。

问题 蛋白比对结果构建进化树_合并成supergene报错

明明文件大小不大，为何到了#合并成supergene seqkit concat aln_out/*.pep_aln.renamed  >  single_copy.pep_msa.fasta这一步的时候总是被Killed

问题 请问怎么从镜像里拷贝pl脚本

agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl agat_sp_keep_longest_isoform.pl 课题组服务器不让安docker，请问怎么怎么从omicsclass_gene-family镜像里下载这个几个脚本呢我下载镜像文件到本地，解压后是一堆随机码命名的文件

问题 gatk4 HaplotypeCaller报错

老师您好！在做变异组的时候有如下问题 命令：gatk --java-options -Xmx2g  HaplotypeCaller -R genome.fasta -I test.bam -O test.g.vcf.gz -ERC GVCF 报错：A USER ERROR has occurred: Bad input: We encountered a non-standard non-IUPAC base in the provided input sequence: '13' 请...

问题 atacseq测的是RNA还是DNA，和chipseq有什么区别呢？

最近看到atacseq技术好像挺热的，有人知道具体是怎么样的吗？

问题 请问个人怎么才能下载到TCGA的组学，临床和WSI影像数据？

请问个人怎么才能下载到所有的TCGA的组学，临床和WSI影像数据？

问题 原核微生物多样性扩增16sDNA还是16sRNA?

多样性原核物种做多样性分时，有人说扩增的是16sdna.也有人说是16srna,到底那种说法正确呢？

问题 做WGCNA，转录组数据必须要表达数据文件和性状数据文件吗？

问题如上，但是我的转录组只能找到表达数据文件，请问老师这样还可以做吗？

问题 基因组过大，能不能分割基因组做重复序列注释

基因组大概10G左右，按照课程的流程，repeatmodeler这步太慢了，能不能分割基因组最后把结果合并在一起呢

问题 基因组组装BUSCO多拷贝过高

物种用流式做出来是3.6G左右，用kmer估计也是3.6G左右，用HiFiasm默认参数组装也是3.6G，但是BUSCO的D数目过高，|C:99.2%[S:3.1%,D:96.1%],F:0.2%,M:0.6%,n:1614 。这个是什么原因呢？后面需要怎么操作

问题 脚本参数--minsize=0 --minspan=30

....compara.catalog ortholog Ta Hv --cscore=0.7，这个脚本结束时候的cscore=0.7是指相似性70%吗？

问题 进化树+motif+基因结构三个一起显示报错

老师好，这一步上课时老师没有演示，所以我在操作时一直出现错误。包括我用了demo里的数据也是报错。用的demo数据分别是：03文件夹.iqtree2.pep.fullLength；04文件夹meme.xml；05文件夹gene_exon_info.gff