脚本参数--minsize=0 --minspan=30


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老师,这个红线部分对应一下脚本哪个参数呢?/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.synteny screen --minsize=0 --minspan=30 --simple Ta.Hv.anchors   Ta.Hv.anchors.new   


另外,ft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog Ta Hv --cscore=0.7,这个脚本结束时候的cscore=0.7是指相似性70%吗?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

上面 那个是分析原理,20个基因 对应这个minspan;


cscore   :C-score is defined by the ratio of LAST hit to the best BLAST hits to either the query and hit. A C-score cutoff of .99 effectively filters the LAST hit to contain reciprocal best hit (RBH).


minspan:  这个值越大  得到的结果中共线性区域的长度越大,也就是筛选掉哪些小片段的共线性区域;



参考:https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)

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  • 徐渴 提出于 2021-01-09 16:26

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