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问题 TCGA数据下载

TCGA数据下载时,像HNSC这种癌症,我只需要口腔鳞状细胞癌这个部分,数据下载的时候,不能够增加一个“primary site”这个参数进行筛选吗?不行的话要怎么改写R代码才能够完成这个目的,如果可以的话,为什么会报错呢?

文章 华大DNBC4单细胞转录组数据分析-拟南芥根愈伤组织单细胞转录组图谱

Yin 等人(2024)利用时间序列单细胞转录组技术,对拟南芥根外植体在愈伤诱导培养基(CIM)上培养 0、1、4 天的样本进行解析,构建了愈伤发生早期的高精度单细胞图谱,总细胞数达 25188 个,成功注释出 26 个细胞簇与多种...

问题 在制作基因结构图过程中gene_exon_info.gff文件为空 打开gff文件发现如下情况,请问老师应该如何处理呢

我推测因该是途中id与parent不一致导致的,但是并不确定 也不知该如何处理

文章 重组蛋白制备的基本步骤有哪些?

...蛋白的生产主要包括四大系统:原核蛋白表达,哺乳动物细胞蛋白表达,酵母蛋白表达及昆虫细胞蛋白表达。生产的蛋白在活性和应用方法方面均有所不同。根据自身的下游运用选择合适的蛋白表达系统,提高表达成功率。   ...

文章 NCBI-SRA数据下载的3种方法

...学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 6. 更多学习内容:linux、perl、R语言画图,更多免费课程请点击以下链接: htt...

问题 各位老师,想问一下关于LAI法评估基因组组装质量的问题

我想用LAI 评估基因组组装质量,软件下好了已经,但是不会用,想知道需要分几步做,每步都需要什么类型的文件格式以及命令是什么,可不可以写一个流程脚本,或者有推荐的文章么?谢谢各位大佬,万分感谢!

文章 GEO 数据介绍及在线下载

...的表达量,所有信息文件MINiMLMINiML formatted family file(s)XML格式的所有数据(同SOFT文件单格式不同)TXTSeries Matrix File(s)所有样品表达矩阵数据文件TAR (of CEL, EXP)GSE3541_RAW.tar芯片原始数据(cel)文件 4 GEO数据其他编号下载方法: 如...

文章 GSEA分析需要的文件及格式

...要大家准备的文件就是表达文件和表型文件。 表达文件格式有四种你可以根据自己的数据类型整理成相应的文件格式: 第一种是GCT:基因表达芯片数据,文本文件格式(* .gct),具体格式如下图所示: 第二种是RES:ExpRES...

文章 质粒DNA制备基本原理及方法

...取质粒DNA的基本原理:首选,在菌液中加入溶液Ⅰ,细菌细胞悬浮,同时其中的EDTA会和Ca2+以及Mg2+鳌合,起到抑制DNase活性的作用;然后,加入溶液Ⅱ,将细胞裂解,在这个过程中蛋白质和少量质粒将会变质;     再次,加入...

文章 细胞转录组数据挖掘流程记录-UM葡萄膜黑色素瘤(GSE139829)

... 个原发性样本和 3 个转移性样本的 59,915 个肿瘤和非肿瘤细胞的 scRNA-seq 以单细胞分辨率询问肿瘤微环境。肿瘤细胞的子集分析证实了从批量分析中建立的全局基因组图谱,并揭示了新描述的亚克隆基因组复杂性和与表型可塑性...

问题 细胞测序拟时分析没有“seruat”这个包报错

问题 细胞测序分析最后的差异基因表达热图生成有问题

问题 老师您好,为什么我在安装虚拟机后,用ll命令打开直接就有share文件夹,但是Windows-share与share不能建立共享呢

文章 github 打开的慢,或者打不开解决办法

GitHub 这几年国内普通用户越来越难以访问,github 作为全球最大的开源平台,里面有用的内容很多,不管是对专业用户还是普通用户,无法访问都是很严重的问题,使用频率高的直接拉到页面最下方使用自动更新 IP 方法,替换...

话题 细胞转录组降维分群完进行批次效应查看