...了！ 01 “什么是Ka/Ks?” 在遗传学中，Ka/Ks表示的是两个蛋白编码基因的非同义替换率（Ka）和同义替换率（Ks）之间的比例。这个比例可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。 让我们从最基本的道理开始讲起...
...表示考虑DNA正义与反义链。如果是双端测序reads，需要这个参数。# -m k-mer长度设置为21bp.# -s 3G 存储用的hash表大小为3G，这个参数识别单位M(Mbp)和G(Gbp)。如果设置不够大，会生成多个hash文件。最好设置的值大于总的独特的(distinct)...
...) 是指等位基因间和非等位基因间效应的简单相加， 而各个基因对某性状的共同效应就是每个基因对该性状的单 独效应的总和。 基因的显性效应（Dominance effect) 用D表示 指的是各基因效应值与其加性效应值的离差(deviation)例子我...
在 Linux 中，你可以使用 diff 命令来比较两个文件的内容。diff 命令会显示文件之间的差异。下面是 diff 命令的基本用法： diff file1.txt file2.txt 这将比较 file1.txt 和 file2.txt 两个文件的内容，并显示它们之间的差异。如果文件相...
R是红色的处理组的荧光，G是绿色的对照组的荧光。这里的“对照组”是指健康人的标本吗？R/G的意义是什么，log2（R/G）就是探针表达量吗？下图有两个channel 因此是双色通道，经过log2转换过。然而下面出现了log2（G/R），完全...
...望用最少的SNP区分尽量多的样品，也就是指纹图谱DNA fingerprinting，这在实际科研生产中是非常有用的、实用的，今天我给大家分享一款软件—SNPT，它可以帮助您从万千SNP变异中筛选出您最想得到的SNP组合，用于指纹图谱的构建...
cellphoneDB是目前使用较为广泛的细胞通讯分析软件，包含配体、受体及其相互作用的数据库，可以对细胞间的通讯分子进行全面、系统的分析，以及研究不同细胞类型之间的相互交流及通讯网络。 数据库链接：https://www.cellphonedb...
...融合基因、检测和纯化标签等。 如何规避影响因素，更好的蛋白表达呢？ ①如何得到可溶的蛋白 可以考虑选用表达量不高的蛋白表达系统，或是有助于可溶性表达的融合蛋白表达系统，以及使用基本培养基等均可得...
...塑料盆内，并填充了适宜的栽培土壤。移栽 30 天后，每个处理盆中添加了 250 mL 不同浓度的亚硒酸钠溶液（硒浓度为 0、0.5、1.0、2.0、4.0 或 8.0 mmol/L）。移栽 45 天后，再次施用相同剂量的硒。移栽 90 天后，采集植株，并测定叶...
...的基因组了，但说实话真的不好用。 因此小编专门写了个perl脚本，将其改为正常命名的格式。修改后文件如下： 染色体编号、基因ID都改为正常的ID；转录本ID改为基因ID 加 ".1"，如果有多个转录本，第二个转录本改为加 ".2"...
老师，朋友们，请教个问题，tcga生存分析中，cox多因素分析后，筛选出的显著基因，用predict 功能构建显著性基因组成的风险模型。 1、是根据这个模型对样本算出的值进行高低风险评价，生存分析，以及ROC的吗? 2、predict 预测...
今年全国两会刚刚过去，“肿瘤筛查”成为一个高频词，有多名代表、委员呼吁肿瘤早筛需纳入医保范围，为何对肿瘤的关注度如此之高？全球最高影响因子期刊Ca-cancer J Clin (IF=292）在2018年的报告中显示，在中国因癌症死亡的...
...袭的垃圾网站一一揪出 ；需要注意的是：如果某网址一个月内被频繁查询，次数达上限，则需要注册成为铂金用户才能继续使用。 网址：http://www.copyscape.com/ 3. Dupli Checher 检测系统 该网站支持部分文字重复查询，每次查询的...
在使用GATK软件的时候出现报错 命令行： /share/work/biosoft/java/latest/bin/java -XX:ParallelGCThreads=5 -Xmx50g -Djava.io.tmpdir=tmp -jar /share/work/biosoft/GATK/3.6/GenomeAnalysisTK.jar -T VariantFiltration ……………… 报错： ##### ERROR ----------------------------...
...图分析，在低温胁迫下两种基因型菜豆之间共观察到 102 个 DEM（差异表达代谢物）。之后通过KEGG数据库对差异代谢物进行注释得到75个差异代谢物信息。绘制了KEGG富集通路散点图a、差异代谢物类别饼状图b、不同类别下代谢物聚...