问题 请问，在3个数据库中进行结构域确认时，为什么我出不来和老师一样的结果，是不是使用的_pep_need_to_confirm.fa文件里面基因名称一行需要修改？

结构域确认用到的序列文件： 导入Interpro后我的结果： 老师的结果: 为什么不一样呢，没有出来结构域信息

问题 老师，用GSDS２.０把基因结构和保守基序绘在同一张图里（像下面那张图一样），“Gene Features （基因位置信息）”和“Other Features to Display (保守基序)”需要以什么样的格式输入呢？

问题 动植物基因组组装课程，结构注释部分，运行braker.pl出错

...  \    --gff3 --skip_fixing_broken_genes 系统提示： Failed  to create new species with new_species.pl, check write permissions in /share/work/biosoft/augustus/latest/config//species directory!     Command was perl /share/work/biosoft/augustus/augustus-3.3.3/scripts/new_species.pl --...

问题 老师 你好，我通过Git bash利用代码 tcga_gene_exp_download下载数据提示terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc' what(): std::bad_alloc，无法分析后续数据

文章 组学大讲堂samtools工具docker镜像使用方法：

... 0 docker.io docker.io/omicsclass/samtools samtools 1.10 from omicsclass 0 2.下载镜像 docker pull docker.io/omicsclass/samtools:latest 运行镜像并使用samtools对t.fa文件建立索引 $ ll-rw-rw-r-- 1 biosoft biosoft   70 Mar 16 17:30 t.fa$ pwd/biosoft/docker/s...

问题 做有参转录组分析，在进行基因表达定量的时候，其中一个转录组出现如下错误，看不太懂，想请教一下老师问题如何解决

...ent record pairs processed.19100000 SAM alignment record pairs processed.19200000 SAM alignment record pairs processed.19300000 SAM alignment record pairs processed.19400000 SAM alignment record pairs processed.19500000 SAM alignment record pairs processed.19600000 SAM alignment record pairs process...

问题 获取基因与mRNA的对应关系，注意文件中的位置mRNA的位置； #perl script/mRNAid_to_geneid.pl Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 mRNA2geneID.txt

老师您好，我在运行这一步的时候，结果文件只有ID信息，没有后续的位置信息，请求老师帮忙解答问题出现在哪里？

文章 生物信息分析用笔记本推荐-2020年618前夕

...正式开始！ 中等性能 ①   品质之选：联想 小新Pro13 2020款，京东价格：5199 CPU Intel i5-10210U，内存16G，固态硬盘512G。京东链接：https://item.jd.com/100006859461.html 最新十代intel i5处理器，内存和硬盘都不小，虽然光看性能方面和...

问题 老师，您好，我用cytoscape conet绘制微生物网络图，用原始biom文件还是txt文件均报错，报错内容为java.lang.NumberFormatException: You did not specify the row and column number of the matrix correctly! 请问是什么原因，

文章 IF=13.8 | 柬埔寨活禽市场环境监测与传统监测在病毒检测效能上的对比研究

...为“Environmental metagenomics enhances detection of circulating viruses from live poultry markets in Cambodia ”的宏基因组分析文章。” 01 — 研究背景 鉴于亚洲活禽市场在公共卫生安全中的特殊地位，传统的家禽个体采样监测（如口咽和泄殖腔...

问题 你好 我看到你提出的问题 基因组染色体共线性分析出现 Unable to run 'false OUTFig.gp', Inappropriate ioctl for device 我在使用mummerplot也遇到了相同的问题 如果你解决了遇到的问题 是否可以分享一下你的解决方法 感谢

文章 cnv_dumbbell_plot.r 绘制哑铃图ggplot2包

...[required] -H HEIGHT, --height HEIGHT the height of dumbbell plot[optional,default 6] -W WIDTH, --width WIDTH the width of dumbbell plot[optional,default 8] -o OUTDIR, --outdir OUTDIR output file directory[optional,default...

文章 单细胞转录组-infer CNV拷贝数变异分析介绍

...上角的图例 首先关于左上角的图例：（0，0.5，1，1.5，2）分别表示相对于Normal细胞的染色体区域基因表达量的倍数，红色表示该区域基因拷贝数相对增多，蓝色表示该区域基因拷贝数相对减少。柱子的长度表示对应区域的多少...

问题 用GATK call SNP时报错

...d but some input files are not indexed. Please index all input files: samtools index SRR3274663.new.sorted.bam Set the system property GATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION (--java-options '-DGATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION=true') to print the stack trace. 这是我的命令：gatk --java-options ...

文章 《Nature》发文描述几百万年间柑橘如何从喜马拉雅山到我们的餐桌

...“高免疫力”和口感好的新品种。 参考文献：《Genomics of the origin and evolution of Citrus》 Nature原文地址：https://www.nature.com/articles/nature25447 授权转载自cnbeta.com