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文章 R批量读取文件

...A 1> 把文件的名字（前缀）赋给每个读取到的数据 > for (i in 1:length(ABC)){+ assign(make.names(gsub(".txt","",tem[i])),data.frame(ABC[[i]]))+ }> A V1 V21 A 1> B V1 V21 B 2> C V1 V21 C 3

问题 SNP过滤de问题

... filtering, kept 0 out of a possible 40089272 Sites       No data left for analysis!       Run Time = 2539.00 seconds 求助一下

文章 ggalluvial 展示ceRNA调控关系

...analysis of a ceRNA network to reveal potential prognostic biomarkers for hepatocellular carcinoma.

问题 泛基因组核心基因和可变基因长度比较core_pan_gene_compare.r报错

运行core_pan_gene_compare.r ，报错Error in contrasts<-(*tmp*, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) : contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels Calls: aov ... model.matrix.terms -> model.matrix.default -> contrasts<- Execution halted。我在泛基因组分类的...

问题 dadi 分析中根据基因组创建annovar库出现报错

[root@30b37d57431e  00:02:31 /work/3.map/dadi]# gtfToGenePred -genePredExt /work/ref/Bamboo.Hic.gtf  unknown_refGene.txt conflicting frame for PH02Gene38416.t1 exon index 0, was 0, trying to assign 2

问题 无法链接到docker守护进程

...错：Cannot connect to the Docker daemon at unix:///var/run/docker.sock. Is the docker daemon running? 我检查docker运行状态显示正在运行： docker.service - Docker Application Container Engine Loaded: loaded (/lib/systemd/system/docker.service; enabled; vendor preset: enabled) A...

问题 无法链接到docker守护进程

...错：Cannot connect to the Docker daemon at unix:///var/run/docker.sock. Is the docker daemon running? 我检查docker运行状态显示正在运行： docker.service - Docker Application Container Engine Loaded: loaded (/lib/systemd/system/docker.service; enabled; vendor preset: enabled) A...

文章 MEGA构建进化树遇到报错信息

...with this analysis:Some pairwise distances could not be estimated.For example,between sequences 23 and 11.  这是因为你的序列差异太大，无法构建进化树，应当将序列差异较大的gap给删除掉，再进行进化树分析，如下图所示： 当然手动删除...

文章 Linux单行命令

...列进行数字排序。 常用的命令 awk '{ count[$1] += $2 } END { for (key in count) { print key, count[key] } }' myfile       #根据特定列进行分组计算 比如我生成一个实例文件myfile 执行上面的命令

文章 一些常见R代码的报错和解决办法

...able），或在硬件上增加内存。 Error: package ‘XYZ’ 1.2.3 is required by ‘somePackage’ but will not be installed R的生态系统包含大量的扩展包，这些包彼此之间可能有依赖关系。有时，一个包需要的依赖包版本与另一个包需要的版本不...

文章 碰到奇葩审稿人怎么办？这位作者靠怒怼审稿人登上SCI期刊！

...感谢一下， 或者口是心非的来个The authors thank the reviewer for xx， 照着人家的要求来就是，比较，发表最重要。 情况2：实在超出自己文章的能力范围的问题让你去修改： 一定要和颜悦色的解释： 受当时条件限制，xx没有做，...

问题 网易云课堂WGCNA-加权基因共表达网络分析问题

...: will use block size 2938.  pickSoftThreshold: calculating connectivity for given powers...    ..working on genes 1 through 2938 of 2938 Error in datk[c(startG:endG), ] <- foreach(t = actualThreads, .combine = rbind) %dopar%  :    被替换的项目不是替换值长度的倍数 谢...

问题 基因家族分析文章：筛选时为什么选用基因组数据库的编码蛋白，而不是蛋白组数据库？

各位老师，我基因家族分析的文章被审稿人问道：It is not clear to me why authors search protein from the genome, not proteome. Moreover, the authors should underline that their results report the finding of candidate genes encoding protein and not ...

问题 R安装包报错ERROR: failed to lock directory

ERROR: failed to lock directory ‘/home/huangls/biosoft/miniconda3/envs/rna-seq/lib/R/library’ for modifying Try removing ‘/home/huangls/biosoft/miniconda3/envs/rna-seq/lib/R/library/00LOCK-stringi’

问题 RepeatMasker输出没有.divsum文件

...代码 RepeatMasker -e rmblast -gff -xsmall -html -norna   -source  -no_is -pa ${threads} -s -lib allRepeats.final.lib contig.fa# -e rmblast 指定搜索引擎为rmblast，还可以选择crossmatch、abblast或者hmmer# -species "Danio rerio" 指定物种为斑马鱼，物种名必须在NCBI物...