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文章 blast 中的e-value值如何理解?

...行序列检索的时候,有两个比较重要的评价标准,即Max score和e-value: score值很好理解,即根据不同的打分矩阵,对序列间的匹配程度进行打分,得分矩阵比如PAM和BLOSUM(氨基酸): e-value值的概念看起来就相对的比较模糊了...

问题 做psmc的时候,显示没有这个get_fa_by_id.pl

[root@cbc85a3c34bd  16:09:30 /work/3.map/psmc]# export PATH=/work/3.map/scripts/:$PATH [root@cbc85a3c34bd  16:10:01 /work/3.map/psmc]# get_fa_by_id.pl chr1.list HH14_2.psmc.fa HH14_2.Chr.psmc.fa bash: /work/3.map/scripts/get_fa_by_id.pl: /biosoft/miniconda/bin/perl: bad interpreter: No such file...

文章 SNP检测Massarray法怎么样?中高通量大样本适用吗?

SNP(全称Single Nucleotide Polymorphisms)即单核苷酸多态性,主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异引起的DNA序列多态性,包括单个碱基的转换、颠换等。 SNP作为第三代遗传标记,分布非常广泛,在遗传分析,疾病诊治,分子育...

文章 immune_box_plot.r 免疫侵润box分布图

...                       fill palette in ggsci : eg npg lancet... for more                        info:https://nanx.me/ggsci/articles/ggsci.html                        [default lancet]  -G geom [geom ...], --geom geom [geom ...]                        se...

文章 全外显子测序疾病相关基因变异位点过滤标准及参考文献

...N 2578-5281 【3】Richards, S., et al. (2015). "Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology." Genet Med 17(5): 405-424. 【4】Kalia, S. ...

文章 braker软件运行报错

...   重新安装以后还有如下类系错误 再继续安装包   error while loading shared libraries: libstdc++.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory yum install libstdc++.so.6 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解...

问题 R gsl 报错

...2.2/lib64/R/etc/Makeconf:169: ellint.o] Error 1 ERROR: compilation failed for package ‘gsl’ * removing ‘/share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/library/gsl’ The downloaded source packages are in ‘/tmp/RtmpSMiwnl/downloaded_packages’ Updating HTML index of packages in '.Library' Ma...

文章 pheatmap NA/NaN/Inf 聚类错误

...er")[1] 1attr(,"scaled:scale")[1] 0> hclust(scale(A))Error in if (is.na(n) || n > 65536L) stop("size cannot be NA nor exceed 65536") :   missing value where TRUE/FALSE needed 此时检查数据是否存在此类问题即可 更多生物信息课程:https://stud...

文章 rockes7 共享目录设置

... 2.4 修改/etc/idmapd.conf 文件 注释掉: # absolute search base for (people) accounts#LDAP_people_base = <LDAP_base># absolute search base for groups#LDAP_group_base = <LDAP_base> 2.5 重启 autofs: systemctl restart autofssystemctl restart rpcidmapd 重启nfs  sy...

问题 用Docker进行单细胞测序数据合并时,执行合并代码时候,报错。

...测序数据合并时,执行合并代码时候,出现这个问题:Error in gzfile(file, "rb") : cannot open the connection Calls: MergeObject -> lapply -> FUN -> readRDS -> gzfile In addition: Warning message: In gzfile(file, "rb") :   cannot open compressed file ' -p', probable ...

问题 蛋白三维结构预测遇到问题:当在swiss-model中选择使用模板的方法时,在上传模板的时候发现因为以下问题没法上传

...bers must occur in ascending order. That way, the structure does not apply for modelling 个人感觉是PDB文件是不是出现不标准,残基的排序有问题,需要重新排序,这样的话,应该怎么弄 Chains A, B of the uploaded template do not start with residue no. 1. Will be r...

问题 关于cd-hit这个去冗余工具参数的一些疑惑

我看网上大部分小伙伴用cd-hit 都没有用到-t这个参数 查看了他的帮助文档 意思是:tolerance for redundance, default 2. 没理解这是什么意思,请前辈们有空解一下惑,谢谢!

问题 安装了最新版本的eclipse之后,Eclipse Marketplace搜索不到perl插件

老师您好,下载了最新版的Eclipse IDE for Eclipse Committers包之后,Perl插件与它不兼容,请问这个应该怎么解决呢?

问题 SNP过滤问题

..... After filtering, kept 0 out of a possible 26630017 Sites No data left for analysis! Run Time = 433.00 seconds。就没有了 。请问老师为啥会显示没有数据可控分析呢?代码是课上的代码:vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout \    ...

文章 比较基因组单拷贝直系同源基因构建进化树基因数量

文献1 : 20 个 Hu, G., Feng, J., Xiang, X. et al. Two divergent haplotypes from a highly heterozygous lychee genome suggest independent domestication events for early and late-maturing cultivars. Nat Genet 54, 73–83 (2022). https://doi.org/10.1038/s41588-021-00971-3