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文章 enrichGSEA_pip.r GSEA富集分析

使用说明： $Rscript $scriptdir/enrichGSEA_pip.r -husage: /work/my_stad_immu/scripts/enrichGSEA_pip.r [-h] -a all.deg.file -g                                                   gmtfile [-p pvalueCutoff]                                             ...

问题 GATK 将VCF文件导入db出现问题

...el 5 \   --genomicsdb-workspace-path db --sample-name-map cohort.sample_map。生成的db文件夹中有这几个文件： drwx------ 4 root root  4096 Aug  4 16:55 Chr1$1$48169259 -rwx------ 1 root root     0 Aug  4 16:55 __tiledb_workspace.tdb -rwx------ 1 root root 17408 Aug  4 16:5...

文章 BLINK（C版本） 进行 GWAS分析的教程

...，打开之后是这样子的 我们需要用到的主要就是blink_linux，还附带了实例数据，解压后即可查看。 unzip demo_data.zip #解压 使用BLINK进行GWAS分析主要使用的是vcf文件和表型数据。 示例数据（demo_data）可以用来核对...

问题 R语言绘制数据地图中使用tmap程序包绘制的时候，想对图例的字体格式进行修改，不知该用什么参数，求大神指教！

...# 删除所有对象 ## 我国不同省市根病材料的分布 disease_index   <- read.xlsx("distribution.xlsx") ## 读取地图 country      <- readOGR("bou1_4l.shp")             ## 国界 province     <- readOGR("province_polygon.shp")    ## 省界 province$ID...

文章 Clustal Omega多序列比对使用方法（命令行及在线网站）

...J和UPGMA两种建树方式。 参考： https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079224 https://www.sangon.com/class_clustalO_Align.html

文章 fasta格式文件介绍 What is FASTA format?

...n length. An example sequence in FASTA format is: >gi|186681228|ref|YP_001864424.1| phycoerythrobilin:ferredoxin oxidoreductase MNSERSDVTLYQPFLDYAIAYMRSRLDLEPYPIPTGFESNSAVVGKGKNQEEVVTTSYAFQTAKLRQIRA AHVQGGNSLQVLNFVIFPHLNYDLPFFGADLVTLPGGHLIALDMQPLFRDDSAYQAKYTEPILPIFHAHQ QHLSWGGDFPEEAQPFFSPAFLWTR...

问题 GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol。

...$singleName=$expArr[$i];$singleName=~s/\"//g;if($i==0){push(@sampleName,"ID_REF");}else{my @singleArr=split(/\_|\./,$singleName);push(@sampleName,$singleArr[0]);}}}else{my @expArr=split(/\t/,$exp);if($samp1e[4]>$p1){next;}for(my $i=0;$i<=$#sampleName;$i++){$expArr[$i]=~s/\"//g;if($samp1e[5]>...

文章 NCBI上传高通量测序数据到SRA数据库 aspera 支持续传

... 然后将解压的路径下的：C:\aspera-cli-3.7.7.608.927cce8-win-v140_xp-32-release\cli\bin  目录添加到windows的环境变量Path当中；具体方法和java添加环境变量相近：https://www.omicsclass.com/article/298 2.使用和linux类似： 注意输入的路径当中不要有...

问题 抱歉打扰，我在做circos时遇到了下面问题，看到了您也遇到相似问题，想知道您是如何解决的，期待您的回复。

...   To see where Circos looks for the file, use       circos -debug_flag io   To see how configuration files work, create the example image, whose   configuration and data are found in example/. From the Circos distribution   directory,       cd example       ../bin/circo...

文章 R 包 hdf5r 安装出错

...DLLpath = DLLpath, …):unable to load shared object ‘/home/caoyang/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.6/00LOCK-hdf5r/00new/hdf5r/libs/hdf5r.so’: libhdf5_hl.so.100: cannot open shared object file: No such file or directory.这表明加载包的时候不能识别 hdf5 的动态库,实际包已...

文章 肺癌细胞类型marker基因

...tent.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fs41467-024-48700-8/MediaObjects/41467_2024_48700_MOESM1_ESM.pdf

文章 GEO 数据介绍及在线下载

... Matrix File(s)所有样品表达矩阵数据文件TAR (of CEL, EXP)GSE3541_RAW.tar芯片原始数据（cel）文件 4 GEO数据其他编号下载方法： 如果一个GSE数据被NCBI工作人员整理过，会有相应的GDS数据，可到这个网址查询：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/G...

问题 关于使用nohup vcftools过滤vcf文件的问题

...到的normal.vcf.gz文件共120218行 ##fileformat=VCFv4.2##ALT=<ID=NON_REF,Description="Represents any possible alternative allele at this location">##FILTER=<ID=LowQual,Description="Low quality">##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt a...

文章 基于R实现统计中的检验方法---T检验

...差齐性。(参考：t检验和方差分析的前提条件及应用误区_百度文库（链接见文末）说的非常详细) 2.分类 单总T检验（单独样本T检验），双总T检验（一是独立样本T检验，另一是配对样本T检验） 备注：单独样本T检核与独立样本...

文章 科研汪最易犯的7种“精神病”，你“躺枪”了吗？

...的7项“精神病症”（其实是一系列常见的精神状态啦O(∩_∩)O），希望大家能合理调整自身情绪，保持阳光心情!同时也请朋友们多多关爱一下身边的“患者”，没事多给他们买些好吃的，有空的时候多溜溜“科研汪”，顺便介...