问题 hmm文件搜索问题

...选得到的Terpene_synth_C_removed_redundant_and_confirmed_IDlist.txt这个文件的基因是141个，运行下面的命令，得到的Terpene_synth_C_domain_new_out_removed_redundant.txt这个文件怎么是147个？谢谢老师 ！ manager@bl8vbox[gene_family_my]  perl script/get_data_by_id.pl...

问题 TCGA基因差异性表达分析结果的AveExpr等值

我在学习了TCGA基因差异性表达的课程后，想用r包goplot绘图，但是发现有几个值好像在结果中没有，请问这些值怎么在分析中得出来呢？AveExpr t adj.p.Val B这几个值

问题 老师，关于PASApipeline配置的问题

运行/ldata/xiongmei/ceshi/PASApipeline.v2.4.1/Launch_PASA_pipeline.pl -c pasa.annotationCompare.Template.txt -g wjsy_rm_adj.fa -t transcripts.fa -A -L --annots evm.out.gff3，总是报错DBI connect('database=wjsy11;host=localhost','shehb',...) failed: Access denied for user 'shehb'@'localhost' (u...

问题 关于16S去噪的问题

...前序步骤merged reads还有一半以上（如下图）。且能得到357个特征序列。 然后我联系了公司技术人员，用他们建议的参数和步骤（省去去接头，直接用dada2）得到了2万的非嵌合序列，但也很明显他们这个过程里merged reads少了（...

问题 R 语言做lncRNA-mRNA皮尔森相关性分析correlation

两组共6个样本，上千个差异lncRNA 、mRNA，表中数据是RPKM值，如何用R语言做lncRNA-mRNA皮尔森相关性分析？cor函数输入文件是什么格式？

问题 请问老师我同学做简化基因组做物种鉴定，遇到这种问题。

我同学测了一个属的5个品种，扩增失败了10次，成功一次，公司给了五个物种各一条序列，做物种鉴定，但是发现每个物种需要3条序列，请问可以基于公司给的序列上改一些核苷酸编码筹够另外2条吗？老师急着要结果  同学急...

文章 MNP标记设计

...P标记概念 MNP 是一组长度小于 300 bp 的基因组片段内的多个分散的 SNP。MNPs标记的开发目的是针对目标物种进行品种鉴别，鉴别力的大小取决于标记的多态性、标记的数量和基因分型的准确性。 2. MNP标记设计方法 使用重测序...

文章 GFF3格式说明

GFF3每一行代表一个序列元件（以#为开头的注释行除外），每一行有且只有9列（也就是每个序列元件有9个属性），列与列只能必须使用tab键来分割，如果某个序列元件的某个属性为空那么必须使用“.”来代替，格式如下： 2L ...

问题 老师，Blastall 报错的问题

...这一步报错如图： 具体： manager@bl8vbox[mcsanX] blastall -i pep.fa -d pep.fa -e 1e-10  -p blastp  -b 5 -v 5 -m 8 -o mcscan/AT.blast                    [11:41AM] [blastall] WARNING: Unable to open output file mcscan/AT.blast: [blastall] FATAL ERROR: BlastFormattingInfoNew...

问题 我想用BRIG做5个菌株的基因圈图合并图(五个圈图合并成一个圈的图)我下载了java, blast+和BRIG。关于环境配置我也弄了，在cmd运行中可以查看java和blastn的版本。问题是当我用java.exe打开BRIG.jar文件时，出现一个黑框，然后就自动关闭了，也就是闪退。我现在找不到问题在哪里。希望您能指导。 我的操作主要参考 基因学苑35专题

文章 不均等坐标系绘制

...些区间在y轴上所占的距离将会相等，从而使得数据在各个数量级上的分布更加均匀，便于观察和分析。 结果如下： 2. 特定尺度变化——自己写一些简单函数进行转换 原始数据： 代码： # 自定义正向变换函数custom_transform...

文章 环境因子分析

...底我是使用CCA还是RDA呢？ DCA分析可判别使用哪个方法更好: RDA还是CCA： - 根据看分析结果中Axis Lengths的第一轴的大小 - 如果大于4.0,就应选CCA（基于单峰模型，典范对应分析） - 如果在3.0-4.0之间，选RDA和CCA均可 - 如果小于3...

文章 O2PLS-DA分析

...Partial Least Square with Discriminant Analysis ） O2PLS 模型用于两个数据组间的整合分析，包括系统生物学组学间关联、分子调控机制-表型间关联等各种大数据组的内在联系都可通过此模型进行整合分析。该模型一方面可反映不同数据...

文章 宏基因组结果解读和个性化分析课程上架

...同组别或样本的Alpha多样性指数（如Shannon、Simpson、Chao1、ACE指数）差异，结合P值校正（如FDR）确保结果可靠性 第六节：Beta多样性散点图和箱图 课程目标：掌握绘制Beta多样性散点图和箱图，展示微生物群落间差异内容包括：Be...

文章 不会用管理工具,怎么做项目经理?

...之后，身边的朋友建议我找一些项目管理工具，来帮助我更好地管理手中的项目。 虽然朋友的建议很有道理，但是一旦真正开始寻找，很快我就意识到选择合适的项目管理软件可能与管理项目一样困难。 市面上的项目管理...