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文章 Trinity报错“Error, not recognizing read name formatting”

...reads名称不符合要求,于是查看了一下: 通过查询报错信息,认为可能是当前的reads名称让软件无法鉴别双端测序序列,于是做了如下的处理: 处理过之后的fastq文件: fastq2: 然后就能跑通了:

问题 MEME motif 统计每条序列中motif的种类

...量操作? 在得到的结果文件中,有看到下图所示的motif信息。[ ]之间的括号以外的数字表示motif编号,但是不知道该如何批量提取。 非常期待老师的回复!

文章 从华为云的对象存储服务OBS下载测序数据

...非常方便的成熟测序数据,它们会给客户提供如下所示的信息: obsutil share-cp  "https://e-share.obs-website.cn-north-1.myhuaweicloud.com?token=Kd7334FTVKdTMcPievJeu4rZ6I1oiAA==" ./ -ac=250701 -f -r

文章 PICRUSt2扩增子功能预测与差异比较分析

...大研究者青睐,这款软件依赖Greengene数据库,对输入的OTU信息进行比对,输出样本/分组的功能count值信息(图3)。通过对比研究发现在肠道微生物、土壤菌群等常规类型样本中,这种功能预测分析的结果与宏基因组测序获得的...

文章 ggplot2点图geom_point中aes(shape)映射

...绘图技能,我们推荐:R语言绘图基础(ggplot2) 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不...

问题 非模式物种建立注释库问题

报错信息:ℹ Use `spec()` to retrieve the full column specification for this data. ℹ Specify the column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message. Error in file(file, "rt") : cannot open the connection Calls: read.table -> file In addition: Warning message: In file(...

文章 收藏贴-基因/蛋白功能注释、富集分析在线工具详解

...组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不...

文章 利用NCBI当中的CD-search工具预测基因的保守结构域

...果可点击download进行下载(记得勾选full,下载全部结构域信息),或者点击Browse results 进行详细的可视化浏览; 表格结果说明如下: Query输入的序列IDHit typeCD-Search results can include hit types that represent various confidence levels (...

文章 不同物种基因组之间的比对与可视化

基因组比对是生物信息学中非常重要的任务,对于研究物种的演化、基因的功能和结构以及疾病的发病机制都有很大的帮助。基因组比对的过程一般包括以下几个步骤: 1.序列获取: 首先需要获取需要比对的基因组序列,这可...

问题 基因家族分析提取启动子序列出现问题,望老师解答

...取启动子序列时,biolinux系统运行脚本失败。 基因位置信息如下 XP_016539240.1    NC_029984.1    140133542    140145037    +XP_016549783.1    NC_029988.1    2729089    2737473    +XP_016550150.1    NC_029988.1    148442883    148468095    +X...

问题 二次搜索时提示新建立的domain_new.hmm没有TC阈值

错误提示信息如下: Error: TC bit thresholds unavailable on model domain 可以用e值代替吗

文章 pROC包绘制ROC曲线

...课程:GEO芯片数据挖掘、GEO芯片数据标准化 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解...

文章 LENS:人的基因相互作用分析在线工具

...基因) 网络图下载可保存方式如下: 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不...

文章 NCBI下载物种叶绿体或线粒体基因组fasta,gff3,gtf,gb文件等

...件,获取线粒体所有基因名 以上漾濞槭例子中没有RefSeq信息,接下来以斑胸草雀为例,在斑胸草雀的参考基因组染色体详细表单中定位到Type列为MT的染色体(线粒体基因组),记下对应的RefSeq(Scaffold序列号)NC_007897.1          ...

文章 在BIOS中开启VT,BIOS开启VT虚拟化技术图文教程

...b51.net/diannaojichu/304437.html 有的AMD的BIOS: 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解...