找到约 15 条结果

文章 blast 建库报错：blast options error: *.fa does not exist

使用blast通过如下指令建库的时候遇到报错： makeblastdb -in *.fa -dbtype prot -title *.fa 解决方法，在库文件前面加上文件的绝对路径 建库成功。

问题 T2T基因组组装，去除自冗余，发现是minimap2 -D -cx asm5 -t 10 tmp1.fa tmp1.fa > tmp1.self.paf 命令产生的tmp1.self.pa文件中有各别行输出结果有问题（17[M::worker_pipeline::1636.730*6.86] mapped 12 sequences），后续awk命令报错。如下图

minimap2 -D -cx asm5  -t 10 tmp1.fa tmp1.fa  > tmp1.self.paf

文章 皮尔逊相关系数，并计算其p value 值

...，采用皮尔逊相关性相关系数。但是其实还可以就相关性的大小计算一个显著性的p_value，看一下相关性是否是由于随机导致的 。 采用R中的cor.test进行计算： cors <- cor.test(x,y) # 获得p_value pvalue <- cors$p.value # 获得相关系数 e...

问题 老师您好，我在运行4个物种共性性关系时出现以下报错，请问该怎么解决

下面是我的输入的两个配置文件

问题 生成gene_exon_info.gff文件后不能得到基因结构图

gff文件如下： 按照命令获得的gene_exon_info.gff如下： 结果不能得到基因的结构， 请问是哪步出错了？

问题 blast建库,DNA序列,all vs all 比对后输出文件0kb

老师您好，我在做blast方法查找复制基因的时候，建完库后BLAST得到的结果是空的，请问会是什么原因呢，非常感谢老师！！！

文章 安装R包ggpubr 报错

... for package ‘tidyr’ 这个是因为R更新4版本以后的报错，而你的R版本是3.* 所以报错，建议安装老板版本的tidyr 之后再安装ggpubr

问题 老师 您看一下 我分别用两种酶做的 一样做不出来

这种是mboI做出来的错误 这个是我用Dnpⅱ做出来的错误 老师  我想说的是两种酶都跑啦一遍都不能做出来  您看一下这两种错误 希望这次老师能给我解决 谢谢

问题 物种内共线性对数太少调节哪个数值可以多一些？

我这里有204个基因，用mcscan X做出来的物种内共线性只有四对，可以调节某个数值来增加对数吗？我反复观看了课程视频只看到了在blast比对那里有调节参数的地方，是需要修改默认参数e-10那里吗？要是修改e值是调大还是调小呢...

文章 R-对NA 数据进行处理

针对存在NA 值的数据进行处理 > dat sample1 sample2 sample2.1A 1 5 8B 2 NA NAC NA 7 10D 4 9 1 将所有空值用0代替 > for(i in 1:ncol(dat)){+ dat[is.na(dat[,i]),i]=0+}> dat sample1 sample2 sample...

问题 GATK报错Caused by: java.io.IOException: Input/Output error

...gvcf文件时，报错，想麻烦老师帮忙看看是什么原因导致的呢？命令：/opt/biosoft/gatk-4.4.0.0/gatk HaplotypeCaller -R genome.fasta -I LSL1.MD.bam -ERC GVCF -O LSL1_test.g.vcf --pcr-indel-model CONSERVATIVE --sample-ploidy 2 --min-base-quality-score 10 --kmer-size 10 --kmer-siz...

问题 用4d位点跑mcmctree报错Error: strange calibration?.

老师好，我的工作文件是 12.time_tree_4d日志文件报错显示： ——————————————————输入文件如下 序列文件： 标记两个分化节点的树文件： （树文件来源 ln -s ../03.Phylo_Tree/raxml.4d.raxml.support species.tre） （分...

问题 blast建库,DNA序列,all vs all 比对后输出文件0kb

老师您好，我在做blast方法查找复制基因的时候，建完库后BLAST得到的结果是空的，请问会是什么原因呢，麻烦老师解答一下，非常感谢老师

问题 vegan包问题请教

老师，您好，请问按照vegan包绘制物种累积曲线的时候，最后得不到图的结果，而得出以下内容： require(vegan)> otu <- read.table("C:/Users/CHEN/Desktop/otu_table.txt", header = T,+                   sep = "\t",row.names=1)> all <- specaccum(ot...

问题 基因组组装没有染色体水平情况下能否做串联重复基因筛选和圈图

我现在正在从事研究的物种基因组组装只到scaffold，没有染色体水平，请问这种情况下能否进行串联重复基因筛选及其圈图的绘制