基因组组装没有染色体水平情况下能否做串联重复基因筛选和圈图

我现在正在从事研究的物种基因组组装只到scaffold,没有染色体水平,请问这种情况下能否进行串联重复基因筛选及其圈图的绘制

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

没有组装到染色体,可以把scaffold看成染色体来做,但是通常scaffold很多,如果做共线性绘图的话显示的片段太多,不好看;如果非要做的话,你可以选一些片段比较长的scaffold做一下,但是结果肯定是不完整的;

生物学意义:由于scaffold不知道哪些是在一条染色体上的,无法准确的发现基因祖上的大片段的到位复制事件,串联重复一般两个基因挨得很近,由于不知道完整基因组,所以只能发现scaffold上挨得很近的基因,基因组碎片化,会丢失很多信息;

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