问题 提取转录本信息时得到空白文件

老师，我用get_gtf.pl提取转录本结构信息，得到的文件是空白的，是为什么啊？蛋白ID在gtf文件中也能找到，而且gtf文件中的第9列无transcript:

问题 比较基因组共线性作图疑问

老师我在学习了咱们课程后可以做出两个物种的共线性图，但是我在看文献都是这种多个物种放在一起的图，我自己琢磨不明白是怎么做的，希望老师帮我解答

问题 PopLDdecay总是显示command option error

vcf文件和popid文件路径都是对的，这是在PopLDdecay文件夹下面运行的，PopLDdecay显示是安装成功的

问题 测序数据比对

1.测序后获的是cleandata，*-1.fq的压缩文件，这和课程中相比没有.gz后缀是否有区别？ 2.利用cleandata可以直接bwa比对吗，不再做课程中讲的质控/ 3.由于是120个样本，所以数据是120个文件夹名为（W1A-W120A），每个文件夹里面包含了...

问题 R怎样读取下载好了的TCGA数据

TCGA数据是用R包下载的，但是整理的时候出错，显示不能找到全部文件

问题 isoseq3 cluster 跑不出unpolished.bam

下面使用isoseq3 最新更新的版本的命令：第一步到第三步都整成输出，但是做第四步时，一直运行，且得不到结果，本地日志文件也没有报错信息，cluster.log没有信息。 1.ccs m062922.subreads.bam movie.ccs.bam --noPolish --minPasses 1 -j 24 2.lim...

问题 氨基酸序列比对图可以做彩图吗？

除了传统的黑白两种颜色的氨基酸序列比对图以外，有没有其它方式可以让氨基酸序列比对图更丰富一些？

问题 snp-index算法具体是怎么算的

BSA实验的snp-index具体是怎么计算的呢？

问题 如何用荧光定量验证转录组结果

 问大家一个比较小白的问题，用荧光定量2-△△CT法验证转录组log2FoldChange值，合格的标准必须是倍数一样吗，还是大小趋势相同就可以 我验证了六个差异基因，请大神帮我解答一下，谢谢

问题 获得共线性圈图时出错

上面是我在获得画图所需四个文件后进行绘图的命令操作过程，我用pwd确认了绝对路径，检查了多次觉得没有写错文件路径，但运行命令后还是出现错误提示，请黄老师帮我看看是哪里的问题？谢谢

问题 用stringtie组装gtf文件以后，estimate abundance后生成的gtf文件包含新的geneid和transcriptid，而基因组原有部分gene-id会被新的MSTRG.1取代，也会有很多原gtf文件中没有的mstrg 号，即使鉴定出表达差异基因也是很多基因也是mstrg的geneid，这种情况如何解决？

问题 您好，请问这个data_list里面的genenames（head(meanFpkm) meanFpkm=as.data.frame(meanFpkm) data_list=list(A=geneNames[meanFpkm$A>0.5],A1=geneNames[meanFpkm$A1>0.5],A2=geneNames[meanFpkm$A2>0.5],A3=geneNames[meanFpkm$A3>0.5])是需要自己匹配得出来吗？

问题 在做hic挂载时，运行juicer时出现这三个问题，请问是什么原因以及该怎么解决呢？运行的命令是bash ../juicer/CPU/juicer.sh -d ~/data/hicassembly/hic -s MboI -t 48 -y genome_MboI.txt -z genome.fasta -p genome.chrom.sizes -D ../juicer/CPU

文章 根据fastq ID列表，输出指定ID对应的双端或单端fastq文件

如果某fq_clean文件的其中一端出现了错误，我们手里还持有他的原始数据，那我们就可以用以下方法处理1，首先提取clean文件另一端的id，我用了python脚本 import gzipimport argparsedef extract_gene_names(input_fastq_gz, output_file):    with gzip.op...

问题 agilent双通道芯片数据标准化

请问一下老师，为什么根据课程进行芯片数据标准化之后，他的表格数据没有对应上，而且有的数据很大是怎么回事？看了一下您课程里获得的表达数据也是这种情况。希望老师可以帮忙解答