问题 SNP过滤de问题

你好同学，我想请问一下后来你是怎么解决你之前遇到的过滤后snp都没有了的问题？我遇到了类似的问题。  Parameters as interpreted:                --vcf ALL.snp.filter.vcf                --recode-INFO-all                --maf 0.05 ...

问题 gatgatk硬过滤的时候 --filter-expression "QD < 2.0 || MQ < 40.0 || FS > 60.0 || SOR > 3.0 || MQRankSum < -12.5 || ReadPosRankSum < -8.0" --filter-name 'SNP_filter' -O all.filter.snp.vcf.gz --cluster-window-size 5 --cluster-size

出现这样的提示，有问题嘛？

问题 老师 就是在计较基因组学哪里 请问一下下面这些物种的这些物种怎么下载它的genome.fasta和gff3啊 我在ensemble plant和jgi上都没找到，而且在ncbi上找到下载啦 打不开，，这种要怎么解决啊，

问题 老师想问一下，为什么我在myt2t文件下面创建，但是最后跑去了家目录下面呢，试了好几次了，而且我echo $workdir了确实也是指向的是myt2t这个文件

问题 蛋白质组学文章中差异倍数选择相差很大，有没有一个标准？

经常看蛋白质组学相关的文献发现里面选择的差异倍数经常有1.2倍，1.3倍，1.5倍，2倍的，这有没有一个统一的标准，有相关文献吗？

文章 让python pip安装python包下载速度更快

...ubuntu要求使用https源，要注意。 ·临时使用 可以在使用pip的时候加参数-i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 例如：pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple pyspider，这样就会从清华这边的镜像去安装pyspider库。 ·永久修改 Linux下，...

文章 MEGAN 分类学树状图 饼图说明

...mber of reads.  图中圆圈大小代表该物种在该水平所占的比重（取了log值），比重表示只比对到该物种（不能 比对到该级以下的水平）的序列数。

文章 linux中sed 替换

sed命令可以直接替换文件中的内容其用法如下： sed -i 's/A/a/g' file.txt 参数-i 会在源文件中直接替换，所以要确定后在使用此参数。 s表示替换，后通常跟正则表达式。 该命令会按行替换文件中所有的A，如果只想对文件中的某...

问题 在Method menu进行相关性、相似性以及距离计算时，我想设定pearson,spearman系数>0.6的边构建网络 在Method menu进行相关性、相似请问老师设置参数的时。是在进行permutation时设置，还是在进行Bootstrap时设置。

问题 使用ALLHIC流程只挂载出了一条染色体

您好，我按照流程处理自己的数据，在ALLHiC_partition -b sample.clean.bam -r draft.asm.fasta -e  DpnII -k 15这一步，因为测序的物种是15条染色体，但运行后只有1个group出现：sample.clean.counts_GATC.15g1.txt，没有出现预期的15个group,请问是什么问...

问题 mRNAid_to_geneid.pl出现错误，结果文件只有一行

老师，问答页面不能显示图片，我现在有个问题:gff文件是这样的：，运行命令perl script/mRNAid_to_geneid.pl Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 mRNA2geneID.txt得到的文件是这样的， ，请问怎么解决啊？

问题 虚拟机之前一直正常，刚刚卡了，关机后再打开就是这个样子，请问如何解决

 我在虚拟机正常使用的时候遇到卡机了，然后就把虚拟机关闭，结果再重新打开虚拟机后就遇到以下的情况，虚拟机显示不可使用的状态

问题 老师，我利用脚本得到对应基因的蛋白序列： perl script/get_fa_by_id.pl WRKY_removed_redundant_IDlist.txt Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pe p.all.fa WRKY_pep_need_to_confirm.fa 时，程序出现错误。 ，这是怎么回事啊？

这是输出的结果 这是脚本

问题 您好，请问在docker镜像中运行sed -i 's/transcript://' 文件名，报错sed: cannot rename ./sed2GGE7g: Input/output error是什么原因呢？在单位集群中同样的命令执行同一文件，没有报错。多谢！

问题 执行cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa.gz ./ ln -s ../data/${ind}.gff3.gz ./命令时，打开01.data_prepare文件里面的内容显示如下图所示