gatgatk硬过滤的时候 --filter-expression "QD < 2.0 || MQ < 40.0 || FS > 60.0 || SOR > 3.0 || MQRankSum < -12.5 || ReadPosRankSum < -8.0" --filter-name 'SNP_filter' -O all.filter.snp.vcf.gz --cluster-window-size 5 --cluster-size - 组学大讲堂问答社区

gatgatk硬过滤的时候 --filter-expression "QD < 2.0 || MQ < 40.0 || FS > 60.0 || SOR > 3.0 || MQRankSum < -12.5 || ReadPosRankSum < -8.0" --filter-name 'SNP_filter' -O all.filter.snp.vcf.gz --cluster-window-size 5 --cluster-size

出现这样的提示，有问题嘛？

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2 个回答

omicsgene - 生物信息 2024-01-07 21:35

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你这个vcf有的行没有这个参数，所以有提示，你看VCF文件吧；

红红火火 2024-01-08 14:53

那需要怎么解决它呢？

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红红火火提出于 2024-01-07 20:05