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文章 人工智能(AI)在微生物组中的应用-随机森林分类与回归预测

...程称之为:bootstrap aggregating(bagging)。 (4)利用Out-Of-Bag(OOB)方法检验所有决策树投票权重及评估决策树的准确度。oob error = 被分类错误数 / 总数 (5)对于测试数据集,用所有的树对其进行分类,其类别由多数决定原则...

文章 TCGA数据库介绍

...r Institute ( NCI, 美国国家癌症研究所) 和 National Human Genome Research Institute (NHGRI, 国家人类基因组研究所) 合作建立的癌症研究项目(Cancer Genome Atlas,TCGA),通过收集整理癌症相关的各种组学数据,提供了一个大型的,免费的癌症...

文章 ggplot2图例位置legend.position调整

...n)参数 该参数对应的设置如下: legend.positionthe position of legends ("none", "left", "right", "bottom", "top", or two-element numeric vector) 其中none 表示隐藏图例,可参考 https://www.omicsclass.com/article/383 其他类型表示控制具体位置,包括 "left" ...

文章 二倍体杂合基因组组装策略

...ing | BMC Bioinformatics | Full Text (biomedcentral.com) De novo assembly of haplotype-resolved genomes with trio binning | Nature Biotechnology

文章 pip报错

出现报错WARNING: Running pip as the 'root' user can result in broken permissions and conflicting behaviour with the system package manager. It is recommended to use a virtual environment instead: https://pip.pypa.io/warnings/venv 以“root”用户运行pip可能导致权限中断,可以尝...

问题 maxquant蛋白组数据搜库报错

...件,结果报错如下maxquantImpl has stopped working.A problem caused the program to stop working correctly, Windows wil close the program and notify you if a solution is available,不知为何,希望老师可以赐教,先谢过您。 另外想请教下您。maxquant可以用服务器搜库...

文章 IF=8.7 | T2T康乃馨基因组揭示了相同基因在不同单倍型基因组中的表达差异

2024年1月 Horticulture Research杂志在线发表了一篇题为“The haplotype-resolved telomere-to-telomere carnation (Dianthus caryophyllus) genome reveals the correlation between genome architecture and gene expression”的基因组组装+基因表达水平相关性分析的文章 研究背...

问题 prefetch报错

...3:05 prefetch.2.8.0 sys: mbedtls_ssl_get_verify_result returned 0x8 (  !! The certificate is not correctly signed by the trusted CA  ) 2022-09-27T11:33:05 prefetch.2.8.0 err: path not found while resolving tree within virtual file system module - 'SRR8956151' cannot be found.

问题 RNAseq有参转录组分析差异表达分析免疫亚型之间差异表达这一环节出现以下问题

...  --case tumor --control  normal -p normal_vs_tumor.edger   Warning: The system is configured to read the RTC time in the local time zone.          This mode cannot be fully supported. It will create various problems          with time zone changes and daylight saving time adjustmen...

问题 蛋白质全长多序列比对

...,第一次粗暴的将WRKY中间一条横杠去掉,结果报错ERROR: The sequences in the input alignment should be aligned in order to us,第二次将结构域中阶所有横杠去掉了没有报错,但是WRKYGQK结构域只显示R且前移了位置,如图,请问如何修改才能将...

文章 ggplot中用字符窜传递变量名称列名等

...column, group=column ) ) } Another option (ggplot2 > 3.0.0) is to use the tidy evaluation pronoun .data to slice the chosen variable/column from the rates.by.groups data frame. library(ggplot2) theme_set(theme_classic(base_size = 14)) # created b...

文章 Windows Terminal 安装与配置指南

... 可以复制以下内容直接配置文件profiles.json: // To view the default settings, hold "alt" while clicking on the "Settings" button. // For documentation on these settings, see: https://aka.ms/terminal-documentation { "$schema": "https://aka.ms/terminal-profiles-schema", "de...

文章 基因家族分析后续试验怎么做?

...;IF=3.678)题为Genome-Wide Identification and Expression Profiling of the TCP Family Genes in Spike and Grain Development of Wheat (Triticum aestivum L.)的文章,一起来学习下基因家族分析后续实验该怎么做! 背景介绍 TCP基因家族是植物中特有的一类转录因...

文章 IF=5 | 健康犬的肠道微生物组和代谢组对膳食纤维的反应

“ 2024年12月《mSystems》发表了一篇题为“Response of the gut microbiome and metabolome to dietary fiber in healthy dogs”的文章。” 这项研究探讨了膳食纤维与肠道微生物群及其功能之间的相互作用。通过分析健康犬只摄入不同纤维来源和数量...

文章 NCBI 中如何将GI号转换成Accession version

...这里:https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2016/12/23/converting-lots-of-gi-numbers-to-accession-version/ 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家...