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问题 mirdeep2预测miRNA时-k的接头序列,如何是双端测序怎么办?

miRNA测序遇到两个问题: 1.mibase数据库小鼠的前提和成熟miRNA参考基因组怎么找?是直接查找下载里边的吗?搜小鼠的该怎么搜索 2.代码中-k 接头序列,如果是Illumina双端测序样本选择P5还是P7,或者是样本的R1R2分开测

文章 淡黄的长裙,蓬松的头发?拿什么拯救你,我的项目

...,就可以开始立项了。 二、进行精细化的任务拆解和分配 ![image.png](https://img-blog.csdnimg.cn/2020033014214139.png?x-oss-process=image/watermark,type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk,shadow_10,text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L3FxXzQxMTM3NDkz,size_16,color_FFFFFF,t_70) 当你在...

文章 IF=3.47|非肿瘤-眼部老年黄斑变性ceRNA文章思路

...   主要结果: 1.两个数据集,分别以患者和对照为分组筛选差异基因: 2. 共有的差异表达基因(107个)表达热图展示: 3.差异表达基因GO富集分析,展示前10个最富集的GOterm: 4. mRNA-miRNA-circRNA的互作关系查找通过miRNAWalk工...

问题 请问三倍体重测序数据可否用于2n配子形成机制的研究

...成的配子保留亲本33%~35%的杂合性。 母本是参考基因组,发表。 若把父本和三倍体子代送样重测序,看母本的杂合度传递给子代的比率,以此来推断2n配子形成的机制是FDR还是SDR。请问可以实现吗?

问题 无参三代转录组怎么定位到二代转录组中的同一个基因??

因为所做的物种没有基因组,我们做了三代转录组和二代转录组,但是在筛选基因的时候,二代转录组中的基因号和三代中的基因号是不同的,我要用什么手段把两个数据中的基因匹配呢?希望各位大神指教,感激不尽!!!

文章 TCGAbiolinks 下载临床数据,警惕有多次随访数据

...致的查看临床数据的记录,做分析前,一定要做好数据的筛选工作。不然分析结果可能会存在问题。  如果您对TCGA数据挖掘感兴趣,请学习我的TCGA系列课程: 《TCGA-生存分析》《TCGA-基因差异表达分析》《TCGA-转录因子调...

文章 漫威英雄人物的基因改造,离我们还远吗?

...发关于基因编辑的文章,还是有可能的! crispr/cas9文库筛选服务—高分论文利器! 巴菲尔crispr/cas9文库筛选服务可以完成精准sgRNA序列的设计并精确人工合成,在基因敲除成功后,对测序结果进行基因表达谱分析、染色体DNA拷贝...

文章 蛋白纯化过程中的七大常见问题详解

...用其他金属离子进行纯化而非Ni2+。可以通过Hitrap IMACHP来筛选不同的金属离子。   6. 蛋白挂在柱子上洗脱不下来,怎么解决?   ①洗脱条件太温和: 如果洗脱条件过于温和,可能导致组氨酸标记的蛋白质仍然与柱子结合,因...

问题 如何查找某一种功能基因,比如所有的热激蛋白基因,并确定基因数目?

...转录组数据,菜鸟一枚。我用hsp和heat shock protein这两个词搜索过我的注释的差异基因数据,得到了一些热激蛋白基因。但是许多gene-id都注释为同一个基因名称,而且gene-id比对到同一个NR ID,那请问在分析转录组数据中这算是一...

问题 老师,请问在STRING数据库中没有丹参,怎么把互作网络中的拟南芥名称改成丹参的呢?

由于STRING数据库中没有丹参,所以搜索的时候选择了拟南芥。

问题 老师您好,请问一下这种保守结构展示图是怎么画出来的?(图中的C图部分)

...,它是从motif命名转化而来的吗?如果是,我怎么知道MEME搜索出来的每个motif是什么名字和功能?如果不是,这样的保守结构域展示图是怎么画出来的?

问题 老师你好,我想问几个关于无参转录组的问题

我现在研究的昆虫在NCBI上还没有完整的基因组,搜索我所研究的昆虫也几乎没有什么基因,但是同一个目 的昆虫有比较深入的研究了。这是前提。正在着手测基因组,但前期测了一个无参的转录组,从中挑选并得到一段序列,...

问题 运行WGCNA代码后,12_Network heatmap plot_all gene.pdf 这个文件总显示文件大小为0

...件总是显示 文件大小为0,打开时显示“格式错误,文件损坏”。请问这该怎么解决呢?非常感谢 老师,我刚重新运行后,看到错误提示是:Error in dev.off(): internal read in PDF_endpage   请问该怎么解决呢?

问题 老师,请问在STRING数据库中没有丹参,怎么把互作网络中的拟南芥名称改成丹参的呢?

由于STRING数据库中没有丹参这个物种,所以我在搜索的时候选择了拟南芥。

问题 单倍型分析中优势单倍型这个柱状图是怎么统计出来的?

老师好,GWAS教程最后一章提到了LD热图的做法以及候选基因的筛选,但“优势单倍型”结果的统计并没有提及。想问一下老师,有没有这部分的教程或者代码?(ps:有没有实操性强一点的教程,针对没有R语言基础的小白)