问题 基因组注释Braker里面的报错

...xpired or not present file ~/.gm_key!” 更新了gm_key文件还是同样的报错

问题 conet作图问题

...师，我照着视频教程用示例数据作图没问题，但用我自己的数据总是出问题，能不能帮我看一下数据有什么问题。 OTU_count_even_depth50k.txt    OTU_count_even_depth50k6.txt 前面这个是原始数据，后面这个是对照示例数据我感觉可能有错...

文章 Bioconductor安装软件比较慢

在采用Bioconductor安装一些软件包的时候，经常遇到下载速度较慢，容易中断等情况。  针对这个问题，可以采用国内的Bioconductor 镜像加速来解决。 我们采用清华大学的开源镜像。 使用方法如下： source("http://bioconductor.org/biocL...

问题 做亚细胞定位，请问老师cyto_nucl这个说的是哪个位置；后面的数字又如何理解；cyto是说细胞质还是细胞骨架，因为开头字母都一样

FaMATE38  cyto: 4.5, chlo: 3, cyto_nucl: 3, vacu: 2, mito: 1, plas: 1, extr: 1, E.R.: 1 

问题 做亚细胞定位，请问老师cyto_nucl这个说的是哪个位置；后面的数字又如何理解；cyto是说细胞质还是细胞骨架，因为开头字母都一样

FaMATE38  cyto: 4.5, chlo: 3, cyto_nucl: 3, vacu: 2, mito: 1, plas: 1, extr: 1, E.R.: 1 

问题 做亚细胞定位，请问老师cyto_nucl这个说的是哪个位置；后面的数字又如何理解；cyto是说细胞质还是细胞骨架，因为开头字母都一样

 FaMATE38  cyto: 4.5, chlo: 3, cyto_nucl: 3, vacu: 2, mito: 1, plas: 1, extr: 1, E.R.: 1 

文章 linux 常用的解压命令

解压文件命令有：1、tar，语法“tar xvf 压缩文件名.tar”；2、gzip，语法“gunzip 压缩文件名.gz”；3、bzip2，语法“bzip2 -d 压缩文件名.bz2”；4、rar，语法“rar x 压缩文件名.rar”。 Linux解压文件命令： 1、.tar 解包：tar xvf FileName....

问题 老师，关于PASApipeline配置的问题

运行/ldata/xiongmei/ceshi/PASApipeline.v2.4.1/Launch_PASA_pipeline.pl -c pasa.annotationCompare.Template.txt -g wjsy_rm_adj.fa -t transcripts.fa -A -L --annots evm.out.gff3，总是报错DBI connect('database=wjsy11;host=localhost','shehb',...) failed: Access denied for user 'shehb'@'localhost' (u...

文章 linux 从文件中随机抽取部分数据

...某一个文本文件中随机抽取一部分数据。譬如右下方这样的基因表达量数据的统计文件ref_trans_full_table.xls目标是由此文件中随机抽取一部分数据。 1、可以利用shuf获取随机数据，譬如随机选出其中的10个基因：（先获取表头再...

问题 对转录组测序结果进行验证，如何选定基因？

转录组测序得到大量差异表达的基因，现在要对差异表达的基因做实时定量PCR验证，那么多差异表达的基因应该怎么选呢？

问题 gtf文件如何提取FPKM TPM

请问在Windows系统怎么从转录组的gtf文件（如图）提取FPKM TPM的数据？咱们课程的R一直下载不了BALLGOWN的R包，这个方法可以吗？具体该怎么操作？

问题 samtools sort 时候报错

您好，我是用bwa 比对二代双端测序数据到draft genome.fa，得到的sam文件用samtools sort的时候报错，fail to read the header from "assembly_illumina.sam" 不知道是什么原因？SAM文件这样的，谢谢！

问题 参考基因组比对，sam为空

老师我在建立好索引之后，与参考基因组比对失败了，sam文件都是空的，summe我的命令是这样的： --rna-strandness RF这个链特异性参数有没有都是一样的结果，请求老师帮助。

问题 TCGA的RNA-seq count annotation过滤，有些不知道是否需要删除

比如 * platform：NA 1. patient_annotation：Observation:General:This subject was duplicated by TCGA-24-0981; 0981 was redacted and this one retained 2. patient_annotation：Notification:Item in special subset:This is part of the ovarian triplet set. 3. aliquot_annotation：CenterNotification...

问题 WGCNA一个模块中找hub基因 我把cytoScapeinput-edges文件输入cytoscape中 用cytohubba计算 但是每次出来的结果都不一样 试了很多遍也不行 求解答 谢谢！