从pfam找到基因家族的HMM模型，搜索物种的蛋白质数据库，得到了10个该基因家族的基因， 但是拿到ncbi和pfam去做蛋白质结构域检测，发现，这10个基因的结构域除了都只含有同一个结构域，没有包含其他的结构域了，这正常吗？...
...基酸比对图： 1. 获得蛋白质序列 这里我直接在NCBI上搜索一下WRKY基因家族基因的蛋白质序列来进行后续的分析演示，获取方法如下图所示，搜索之后随机勾选几个基因，然后把序列下载下来，下载方法如下图所示： 2. 多序...
...当年仅有900人录取。 如今，据教育部门统计，这个数字已飞升至82565(2017年)， 近38年来，博士累计招生只有115万人。 注意，是累计， 而考研人数是多少呢?仅2019年一年，报考人数是——285万。 所以，够小众了吧。 至于为什...
老师好，GWAS教程最后一章提到了LD热图的做法以及候选基因的筛选，但“优势单倍型”结果的统计并没有提及。想问一下老师，有没有这部分的教程？
...文章标题： 摘要： 分析的主要内容： 1、通过HMM搜索然后确定包含ACD domain的序列，并且分子量在15–42kDa范围之内，鉴定到48个马铃薯Hsp20基因家族成员。 2、分析了Hsp20基因家族成员在进化上的关系，构建进化树时添...
...需要将结果保存在array中： 这样就可以返回两次匹配的搜索结果。
...-843c-0cb1940f8a91} 被召者:IVirtualBox {c28be65f-1a8f-43b4-81f1-eb60cb516e66} 产生原因： 以前建立过相同名字的虚拟机，删除时选择的是“Remove only”，而不是“Delete all files” 。 因为VirtualBox 建立虚拟机时，会在 C:\Us...
...bp）的滑动窗口 以5bp 的步长扫描基因组。多态性窗口的筛选标准为DP指标： DP= t / c ( N ,2)，其中c ( N ,2) 是N 个品种中任意两种的品种组合对数， t是每对品种在窗口内至少有两个分散的 SNP 的数量。之后使用misa[2]软件在全基因组...
...靠前的展示，但是里面涉及的基因均有上调和下调，怎么筛选有用的信息？还是将差异基因对应的GO term选定出来，再去查看对应GO term的基因呢?KEGG分析也有类似的疑惑，谢谢！
....nih.gov:/blast/db/FASTA/nr.gz ./ sra数据库可以利用ascp ENA网站搜索下载： ENA主页ENA搜索SRR号，SRR9169172 命令： /share/work/biosoft/aspera/latest/cli/bin/ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR916/002/SR...
...ID=LOC3C026830T1.cds2；……；ID=LOC3C026830T1.cds25；等等，我用搜索替换来修改，命令为： sed 's/.cds[0-9];/;/' 这里面只能把cds1到cds9去掉，而cds10以后的名称不能去掉， 请问应该怎么做？
转录组分析时，差异表达基因的筛选标准一般为：Fold Change 大于等于2且FDR小于等于0.01，如果差异表达基因数量太少可以适当降低标准，差异表达基因数量太多适当调整。还有那些因素会影响差异表达基因的数量呢？ 第...
...均距离。它基于排列方法来检验数据中组间和组内的方差分配是否有显著差异。或许是最泛用的用于计算多元数据差异R函数之一的adonis就是PERMANOVA •特点： •适用性广：可以使用任何形式的距离度量，包括欧氏距离、曼哈顿...
... 想问下，这种情况下，我是否可以在ncbi的proetin数据库搜索该物种并下载所有属于该物种的蛋白质，输入orthofinder进行分析。