问题 老师，请问我在cytoscape中使用conet插件绘制互作网络图，我上传了两个文件，第一个文件是图一，第二个文件是图二，我不想用OTU的ID号做分析相，想做门水平的细菌，第二个表是抗性基因的数据，想观察抗性基因和门水平菌的共现性网络。但是总是显示报错，请问您知道大概有什么原因吗？

问题 如何修改perl脚本，利用id号抽提gff文件中的位置信息？

物种gff文件的信息格式如下：ID号是第二列的 si*G****** perl脚本信息如下： use Getopt::Long; my %opts; use Data::Dumper; GetOptions (\%opts,"in1=s","in2=s","out=s","h");  if (! defined($opts{in1}) ||! defined($opts{in2})||! defined($opts{out}) || defined($opts{h})){ &...

问题 使用GATK的GenomicsDBImport合并gvcf导入db时报错Unexpected compressed block length: 1 for /work/GATK/BN14.g.vcf.gz

...出可能是压缩文件的问题，建议对gvcf解压，但是我有560个样本，解压太大了，所以没有尝试，有没有什么其他解决方案呢？谢谢！

文章 Perl方法对文档全文进行字符串对应替换

举个例子：从数据库中下载基因组数据，基因组.gff文件中染色体ID较为复杂（第一列） 从全基因组序列.genome.fa文件中找到染色体ID对应简写 想将gff文档中染色体ID全部替换成第二列LC*命名 use Data::Dumper; use Getopt::Long; use strict;...

文章 论文作者署名：导师和学生之间的一场大战

...于为难的。 第一作者和通讯作者，谁作用更大，哪个更好呢? 在国内很多单位，会要求你的论文成果是第一作者而不是通讯作者。 比如某些人才计划，就要求填写你是否为第一作者。 再比如，如果你去评职称或者你硕士毕...

文章 520又又又到了，为啥科研汪不容易找对象？

...★★★ 从这则征婚启示来看，这位大龄剩女求嫁心切，个人条件绝对上乘，学历、工作单位自不必说，关键是这份嫁妆——10 篇 SCI 论文， 啧啧啧，下血本了，这嫁妆忒厚重了。 最后，如果你觉得以上表白形式都不够表达...

文章 推荐100个接收基因家族分析/泛基因家族分析文章的期刊，速领！

...的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决：1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，做更牛的个性化分析，绘更漂亮的图，...

文章 KM-plotter在线生存分析

KM-plotter（http://kmplot.com/analysis/index.php?p=service) 是一个在线进行生存分析的网站。目前网站可以针对54,675 个基因、18,674个癌症样本展开研究，涉及了乳腺癌、肺癌等等；数据类型有芯片数据、高通量测序数据，涉及mRNA和miRNA，并...

文章 PICRUSt2扩增子功能预测与差异比较分析

更好的阅读体验：https://mp.weixin.qq.com/s/-dvUrKd3gkENexF0SEP6Yg picrust 简介 PICRUSt预测软件在2013年推出后受广大研究者青睐，这款软件依赖Greengene数据库，对输入的OTU信息进行比对，输出样本/分组的功能count值信息（图3）。通过对比...

文章 linux sed命令，如何替换换行符“\n”

在一次sed使用中，执行命令： sed "s/\n//g" file 发现，没起到任何效果。 后来，经查sed官方用户手册，才得知，sed是按行处理文本数据的，每次处理一行数据后，都会在行尾自动添加trailing newline，其实就是行的分隔符即换行符...

文章 多图对比在腾讯、阿里、字节跳动的工作区别?

...讯：内部 BD 资源； 阿里：跟你谈梦想； 字节跳动：拉个群，谁行谁上。 当和 leader 意见不同时 腾讯：" 这是上面老板说的 "； 阿里：" 我们要拥抱变化 "； 字节跳动：跟你聊 ROI（投入产出比）。 职级体系 腾讯：分基...

问题 现在做基因组denovo还能发个啥水平的文章？

现在据说做个基因组只要十来万了，比之前便宜多了，那能发个什么水平的文章呢？

文章 你希望自己成为什么样的人？

...。 弱肉强食在任何时代都是真理。 为了生存下去，为了更好的生活，越来越多的人追逐权力和财富。 这一点错也没有，错的是有些人为了得到它们不惜违法乱纪，谋财害命。   03 关于规则：   一直以来自己都是规则的遵...

问题 老师请问一下，在用pheatmap做热图时，scale函数我有点不明白，这个函数可以对横行或者竖行标准化，即分别设置为row或者column，可是这样有个问题就是，如果我做横行标准化的话，就会出现横行某个基因的某个值明明比另一个基因的某个值大，但是颜色上确实值小的反而比值大的深，那这怎么办呢

文章 绘制简单圈图—RCircos包

...染色体，如c("chrX", "chrY") chr.exclude<-NULL #设置内部环形个数 tracks.inside<-3 #设置外部环形个数 tracks.outside<-0 #导入上面四个基本参数 RCircos.Set.Core.Components(cyto.info,chr.exclude,tracks.inside,tracks.outside) #列出所有绘图参数 RCircos.List.Pl...