把准备的几个文件都放在circos目录下，几个文件如下 gff文件CM.gff： list文件CM_WRKY.collinear.pairs： colline文件CM.collinearity： 生成配置文件的命令如下： perl ../script/colline_v2.pl -gff CM.gff -list CM_WRKY.collinear.pairs -colline CM.colline...
各位老师： 请问WGCNA可以将来自不同组织的表达量数据放在一起计算吗？ 我有四个不同组织的表达量，每个组织三个重复，可以当作12个样本将表达量进行WGCNA分析吗
library(dplyr)library(ggplot2)library(RColorBrewer)#library(GWAScFDR) #library(condFDR)library(cfdr)mycol=c(brewer.pal(7,"Set2"),rev(brewer.pal(8,"Set1")),brewer.pal(8,"Set3"),brewer.pal(12,"Paired"),brewer.pal(8,"Dark2"),brewer.pal(7,"Accent"))stratifiedQQplot = function(p1,p2, ...
...，但是具体怎么操作，很多同学还是不清楚。今天就用一个完全用公共数据库资源进行分析发文的例子来和大家分享下这方面的思路。 读前准备知识点 1. NBS-LRR是最大的抗性基因家族之一 ； 2. 根据N端的Domains不同NBS-LRR分为...
...推断出同源基因集合（Orthogroup）； 1.2 （b）基于每个同源基因集合（Orthogroup）进行构建基因的进化树(Unrooted gene trees)； 1.3 （c/d）基于所有的同源基因的进化树的情况，推断物种的有根树（Rooted species tree）。基于STAG...
...累的机制。 1、实验材料： T.media、T.mairei、T.cuspidata三个品种，每个品种准备了5棵独立的树。 2、使用HPLC-MS/MS测定紫杉醇含量，检测发现，T.cuspidata的紫杉醇含量最高，T.mairei的紫杉醇含量最低。 3、每个品种3个生物学重复...
...导新合成的蛋白质向分泌通路转移的短肽链，长度约5-30个氨基酸；对应的mRNA序列，在起始密码子后，有一段编码疏水性氨基酸序列的RNA区域，该氨基酸序列就被称为信号肽序列，它负责把蛋白质引导到细胞含不同膜结构的亚细...
老师您好，我在fasttree建树时遇到了这样的问题，一共是566个个体，之前用其中的328个个体建树时是成功的，增加后就不可以了，用我们的服务器试过了，报了同样的错 请问是什么原因呀？
...进行了4种测序，将ul ONT、HiFi、和Hi-C数据投入到hifiasm这个软件中进行初步的组装。删除细胞器基因组和一些可能存在的污染情况。用3D-DNA和 JUICER借助hi-c数据将基因组挂载到染色体水平，之后发现两个单倍型分别存在14个gaps，然...
... -k $k ## Extract CLM file and counts of restriction sites #(HindIII: AAGCTT; MboI: GATC) allhic extract sample.clean.bam draft.asm.fasta --RE GATC ## 排序和方向优化 for K in `seq 1 $k`; do allhic optimize sample.clean.counts_GATC.${k}g${K}.txt sample.clean.clm done 报错...
...进行基因加倍与串联重复分析时，输入该命令：blastall -i pep.fa -d pep.fa -e 1e-10 -p blastp -b 5 -v 5 -m 8 -o mcscan/AT.blast，运行结束后，MCScanX出现如下问题： 打开pep.fa查看序列为： 在AT.blast文件中没有查找到K5AEM0的结果，应该是报...
...起因果作用。 01 — 实验设计和结果 该研究从中国18个省份收集了688个公开的肠道微生物组数据集，包含了参与者的基本信息、疾病状态、饮食习惯和生活方式等。在这些样本中，有263个低海拔汉族样本（LH）、105个高海拔...
...的mysql备份mysql_user="root"#数据库密码，注意自行修改mysql_password="JZTeya0!"mysql_host="192.168.1.43"mysql_port="3306"mysql_charset="utf8mb4"#备份文件存放的目录，自己创建位置mkdir -p /home/backup/mysql/backup_location=/home/backup/mysql/expire_backup_delete="ON"#备...
老师您好，我的snp数据有两个性状差异比较大的群体，每个群体有30个个体，现在我想算snp-index，问题是测序的时候是单个测序的，也就是说一共测了60个个体的重测序，我想使用BSA类似的方法可是BSA都是要求混池测序，请问怎...
老师您好，想请问一个问题。我根据HMM和blast方法鉴定出基因，也经过NCBI CDD，interpro证明含有所需要的结构域。根据文献，该基因家族基本都有保守序列 HDEIDFEFLG，但是在多序列比对和motif分析时，发现几个基因并没有文献提到...