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问题 为什么找不到如下路径呢？？CAFE软件如何安装？

为什么组学服务器上找不到如下路径呢？？/share/work/biosoft/CAFE/CAFE5/tutorial/clade_and_size_filter.py CAFE软件如何安装？ 谢谢

文章 rainbow函数取色

...参数start和 end进行设置： With rainbow, the parameters start and end can be used to specify particular subranges of hues. The following values can be used when generating such a subrange: red = 0, yellow = 1/6, green = 2/6, cyan = 3/6, blue = 4/6 and magenta = 5/6. 譬如取色...

文章 ggplot2控制坐标轴截距交点位置（原点）

...是起始于0 调整坐标起始位点可以利用scale_y_continuous(expand = c(0, 0))或者scale_x_continuous(expand = c(0, 0)) expand的解释如下 expandA numeric vector of length two giving multiplicative and additive expansion constants. These constants ensure that the data is placed som...

文章 感兴趣的蛋白，如何研究它的结构-Phyre2工具使用介绍

...本次任务(Job)命名，再粘入蛋白序列，建模方法一般默认Modelling mode，最后一项任务用途默认other即可，最后点击Pryre Search开始预测任务。 一般情况下建模比较耗费时间，一般需要30min-2小时不等，不过此时，我们可以关闭此页面...

文章 MFP - Molecular Functional Portrait

....com/BostonGene/MFP # Python3.7import pandas as pdfrom portraits.clustering import clustering_profile_metrics, clustering_profile_metrics_plotfrom portraits.utils import read_gene_sets, ssgsea_formula, median_scale# Example script# Read signaturesgmt = read_gene_sets('signatures.gmt')  # GMT for...

文章 GFF中提取所有转录本的位置信息，以及对应的基因ID信息；

...，以及转录本对应的基因的ID： perl代码如下： #!/usr/bin/perl -wuse strict;use Cwd qw(abs_path getcwd);use Getopt::Long;use Data::Dumper;die "perl $0 <gff> <outfile>" unless(@ARGV==2);my$gff=$ARGV[0];my%gene=();my%gene_region=();my%mRNA2Gene=();open IN,"$gff" or die "...

问题 GEO2R三组之间怎么比较呢?

请教老师，看了一些GEO2R的教学视频，都是分两组进行比较（normal and tumor），想问下三组之间怎么比较呢? 正常对照组、疾病组、治疗组，然后想看看药物对疾病的靶点

问题 转录组富集到的通路，在代谢组没有富集到

我是想重点关注糖代谢的，转录组数据显示starch and source显著富集，但在做转录代谢联合分析时，发现与糖代谢有关的kegg通路代谢物有变化的只有一个，请问这该怎么办

文章 遗传图谱中各种作图群体介绍

...nt Breeding: Novel Powerful Next-Generation Resources for Genetic Analysis and Selection of Recombinant Elite Material. Biology 2020, 9, 229. https://doi.org/10.3390/biology9080229 更多生信课程：

文章 blast比对软件使用

...需要的版本进行安装即可 二、使用 1. 建库 makeblastdb -in genome.cds.fa -dbtype nucl -title genome.cds.fa #DNA序列makeblastdb -in genome.pep.fa -dbtype prot -title genome.pep.fa #蛋白质序列 说明： -in：建库序列 -dbtype：数据库类型 以蛋白质...

文章 linux中查找包含指定内容的文件

...扩展名为.log的文本文件，并找出包含”ERROR”的行  find / -type f -name “*.log” | xargs grep “ERROR”  例子：从当前目录开始查找所有扩展名为.in的文本文件，并找出包含”thermcontact”的行 find . -name “*.in” | xargs grep “thermcontac...

文章 提取miRNA前后500bp序列

...比对，获取前体序列的位置信息，比对方法： makeblastdb -in Donkey_Hic_genome.20180408.fa -dbtype nucl -title Donkey_Hic_genome.20180408.fablastall -i miRNA_Pre.fa -d Donkey_Hic_genome.20180408.fa -p blastn -e 0.01 -b 5 -v 5 -m 8 -o blast.out #Donkey_Hic_genome.20180408.fa 参考...

文章 LASSO 回归分析原理与R语言实现

 Lasso(Least absolute shrinkage and selection operator)一种数据挖掘方法，可以在模型参数估计的同时实现变量（因素）的选择，较好的解决回归分析中的多重共线性问题，并且能够很好的解释结果。 一、LASSO简要介绍        随着科...

问题 在运行core_pan_gene_curve.r的时候报错

...pan_gene_curve.r -i Orthogroups_PAV.tsv   --pre fix core_pan_curve WARNING: ignoring environment value of R_HOME --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/in...

问题 16S Picrust2

...了两个，出现了下面的问题 问题： --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index Failed to create bus connection: No such file or directory ...