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文章 BWA mem比对报错 paired reads have different names 解决

...采用bbmap进行fastq文件的修复 1.软件安装 conda安装 conda install -c bioconda bbmap 或直接安装 wget https://nchc.dl.sourceforge.net/project/bbmap/BBMap_39.01.tar.gz 2.fq文件修复 sh ./repair.sh in=r1.fq in2=r2.fq out=r1.repair.fq out2=r2.repair.fq 参考：https://...

文章 clusterProfiler非模式物种 KEGG与GO富集分析

...//www.genome.jp/kegg/pathway.html pathway DESC  ko00440 Phosphonate and phosphinate metabolism ko00450 Selenocompound metabolism ko00460 Cyanoamino acid metabolism ko00471 D-Glutamine and D-glutamate metabolism ko00472 D-Arginine and D-ornithine metabolism ko00473 D-Alanine met...

问题 使用get_gene_length_from_gtf.py脚本统计基因长度时报错

... recent call last):   File "../script_new/get_gene_length_from_gtf.py", line 48, in <module>     kvs=get_value(tmp[8])   File "../script_new/get_gene_length_from_gtf.py", line 36, in get_value     k,v=re.split(r'\s+',i) ValueError: too many values to unpack

文章 R语言-文件行名重复，对行名重命名

...名： d<-read.table("test.xls", header = T, check.names = F) > uniname <- unique(d[,1]) > rowname <- d[,1] > for (i in 1:length(uniname)) { + count = -1 + for (j in 1:length(rowname)) { + if (rowname[j] == uniname[i]) { + count = count + 1 + ...

文章 linux 重定向

...脚本时。用一个简单的python脚本说明： 脚本如下： # coding: utf-8 if __name__ == '__main__': print 'Hello' int('Hello') 该脚本先输出"Hello"，这一步是正常的，然后将"Hello"转换为int类型，这里会报错。直接运行： $python test.py > txt ...

问题 运行WGCNA代码后，12_Network heatmap plot_all gene.pdf 这个文件总显示文件大小为0

...感谢 老师，我刚重新运行后，看到错误提示是：Error in dev.off(): internal read in PDF_endpage   请问该怎么解决呢？

问题 用string网站预测蛋白质互作网络，为什么相隔两个月预测的两次结果不一致？

用string网站预测蛋白质互作网络，六月底进行了一次，hide disconnected nodes in the network后有40个节点，隐藏了20个节点；八月低在string进行了同样的操作，hide disconnected nodes in the network后有63个节点，节点数没有减少；这两次使用的...

文章 BLAST+使用方法

...bles/blast+/LATEST/ 使用方法如下： 格式化数据库makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname参数说明:-in：待格式化的序列文件-dbtype：数据库类型，prot或nucl-out：数据库名 蛋白序列比对蛋白数据库（blastp）blastp -query seq.fast...

问题 建立共享文件夹失败错误提示wrong fs type, bad option, bad superblock on bioshare

...nt: wrong fs type, bad option, bad superblock on bioshare,       missing codepage or helper program, or other error       (for several filesystems (e.g. nfs, cifs) you might       need a /sbin/mount.<type> helper program)       In some cases useful info is found in sysl...

问题 重测序遗传变异过滤

...师请教下，在对群体的变异进行过滤的时候，为什么min and max-alleles都是2，在群体中，一个位点的变异很可能大于2呀，这样的设置不会导致过滤掉丰富变异的位点吗？vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout --maf 0...

文章 地球上物种总数到底有多少？？

...Mora C, Tittensor D P, Adl S, et al. How Many Species Are There on Earth and in the Ocean?[J]. Plos Biology, 2011, 9(8):e1001127.Locey K J, Lennon J T. Scaling laws predict global microbial diversity[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2016, 113(21):5...

文章 科研小白：生物实验做不出来是种什么体验？

...he arginine methyltransferase CARM1 represses p300•ACT•CREMτ activity and is required for spermiogenesis 期刊：Nucleic Acids Research IF：10.162 产品名称：p300 Polyclonal Antibody 这两篇10分以上的文献，所使用的的抗体均来自同一家公司——Elabscience！ 相...

问题 genome-annotation缺失tantan

在用omicsclass/genome-annotation镜像进行注释时报错，代码如下“funannotate mask -i pilon_polished2.fasta -o tz-mask.fasta”，提交后显示“Missing Dependencies: tantan.  Please install missing dependencies and re-run script”。请问老师如何解决依赖项缺失问题

文章 抗体生产的三个阶段-重组抗体的几种形式详解

...链双特异性抗体。这些双特异性抗体有多种形式，包括tandem scFvs、单链双抗体、TandAbs、DART、 dock-and-lock（DNL）以及纳米抗体等。   更多重组抗体详情可以关注：https://cn.sinobiological.com/resource/antibody-technical/recombinant-antibody-overvie...

问题 GEOquery 下载不了数据

... > if( !file.exists(workdir) ){ +   if( !dir.create(workdir, showWarnings = FALSE, recursive = TRUE) ){ +     stop(paste("dir.create failed: workdir=",workdir,sep="")) +   } + } > #设置工作路径 > setwd(workdir) > ###获取数据 > gset = getGEO(GSE, GSEMatrix =TRU...