文章 箱线图与分面--ggplot2

加载相应的R包与数据设置 library('ggplot2')########################画图library('reshape2')########################meltlibrary('grid') ########################分面A =rep( c("A","B","C","D"),each=2)B = c(6.332968,9.368328,6.674348,4.127901,5.192845,6.652865,7.829350,6.995062)C = c(5.3...

文章 univariate_cox.r 临床数据单因素cox回归分析

...： 指定单个变量做cox回归分析，可以是临床数据 $Rscript $scriptdir/univariate_cox.r -h usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/univariate_cox.r [-h] -i data -t time -e event -v variate [variate ...] [-b blocksize] [-o outdir] [-p prefix] unvariate cox reg...

文章 共线性分析绘图报错

...息是从文件互传上传服务器的，所有生成文件核对了少了个后缀是tandem的文件，请问是哪里出错了 获取的基因对应的蛋白序列信息是通过文件互传上传的，文件与视频教学少了个后缀是.tandem的文件。绘图时候出现报错是哪里的...

问题 老师你好，关于基因家族成员的鉴定

...不一样呢，就比如拟南芥WRKY基因，有的人鉴定出来的是72个，有的人鉴定出来的是74个，这个是怎么回事呀，同样水稻也是不同。是E值筛选的时候设置小了吗？具体发文章影响吗？请老师指导。

文章 计算lncRNA 与基因的表达相关性

... 0.00 > dim(lncRNA) [1] 100 5 从lncRNA 的表达数据来看，是5个lncRNA 在100个样本中的表达量矩阵。 2. 获得 gene 的表达矩阵 > head(gene) gene 1 gene 2 gene 3 gene 4 sam1 7.66 7.19 7.30 6.98 sam2 1.34 0.29 1.77 1.61 sam3 0.00 0.00 0.00 ...

问题 对宏基因组数据进行αβ多样性分析时，进行抽平处理是不是会更好，然后进行微生物组成功能的差异分析时，需要做抽平处理后再求相对丰度吗

文章 synteny collinearity 区别

在比较基因组学的时候，经常会听到“共线性”这个词，但是与其对应的有两个不同的概念，即 (1) synteny ： 同线性(synteny): 两个物种的几个同源基因分布在同一条染色体上，不需要考虑到基因之间的排布 (2) collinear   共线性...

问题 比较基因组学分析时报错，无法生成 anchors文件

老师您好！附图是报错的截图和报错后生成的几个文件 生成了几个文件 请老师指点！感谢！！

问题 同一物种批量注释基因组

已经用组学大讲堂的注释流程完成了一个物种的基因组注释 但是还有同一个物种的8个个体的基因组需要注释，请问怎样才能简化流程，快速注释呢?后面的PASA_assembly得到的结果是gff3文件，包括训练集都是gff3文件，与8个基因组...

文章 cytoscape插件BinGO安装以及GO富集分析和网络可视化

...为例： http://geneontology.org/page/downloads 找到拟南芥，这个注释文件包含的两列对这里的分析是有用的，分别是Gene ID和GO 功能注释。但文件还包含了其他信息，如symbol，基因的物理坐标信息，UniProt ID等： 将刚刚下载的gene_associa...

文章 R语言如何绘制MA图

...比组之间基因表达变化log2FC。 A可以利用差异对比组的FPKM进行计算，以R和G来表示差异对比组的话，可以取R组基因的平均FPKM和G组基因的平均FPKM进行计算。 MA图绘制 首先准备如下数据： 第一列为基因ID，*_FPKM为样品FPKM值（...

文章 遗传进化英文方法参考

Library preparation and Illumina sequencing Genomic DNA from each sample was prepared for libraries construction. The library preparations were sequenced by using an Illumina HiSeqX platform and 150bp paired-end reads were generated. Data filtering and alignment The recently released genome...

文章 重测序遗传图无验证刊发在《GIGA SCIENCE》上

...株进行重测序 3. 测序深度：共得到140Gb clean data，平均每个样品约2× 4. 观测性状：旗叶长度/宽度、叶片颜色、刺毛颜色、花药颜色、株高、穗位高、抽穗期、穗硬度、烯禾啶（一种除草剂）抗性，所有性状记录两年的数据。 ...

问题 使用Launch_PASA_pipeline.pl 脚本报错

...ASA_pipeline.pl 脚本报错 报错信息： (base) admin1@admin1-PowerEdge-R730xd:/mnt/6aa0485e-9dc6-4840-b61a-0798134475bf/jiegou$  /usr/local/src/PASApipeline/Launch_PASA_pipeline.pl  -c alignAssembly.config -C -R -t Trinity-GG.fasta --ALIGNERS minimap2 -g ./genome.fasta --CPU 68 1>pasa.lo...

文章 Linux磁盘配额

...户组在指定的分区或目录中占用磁盘的容量大小或者文件个数的限制。 要想正常使用磁盘配额之前，有几个前提条件要满足： 1、内核必须支持磁盘配额。 可以看到，内核已经支持磁盘配额功能，现在的版本都是默认支持的...