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文章 BLAST+使用方法

...bles/blast+/LATEST/ 使用方法如下： 格式化数据库makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname参数说明:-in：待格式化的序列文件-dbtype：数据库类型，prot或nucl-out：数据库名 蛋白序列比对蛋白数据库（blastp）blastp -query seq.fast...

问题 用string网站预测蛋白质互作网络，为什么相隔两个月预测的两次结果不一致？

用string网站预测蛋白质互作网络，六月底进行了一次，hide disconnected nodes in the network后有40个节点，隐藏了20个节点；八月低在string进行了同样的操作，hide disconnected nodes in the network后有63个节点，节点数没有减少；这两次使用的...

问题 重测序遗传变异过滤

...师请教下，在对群体的变异进行过滤的时候，为什么min and max-alleles都是2，在群体中，一个位点的变异很可能大于2呀，这样的设置不会导致过滤掉丰富变异的位点吗？vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout --maf 0...

问题 建立共享文件夹失败错误提示wrong fs type, bad option, bad superblock on bioshare

...nt: wrong fs type, bad option, bad superblock on bioshare,       missing codepage or helper program, or other error       (for several filesystems (e.g. nfs, cifs) you might       need a /sbin/mount.<type> helper program)       In some cases useful info is found in sysl...

问题 genome-annotation缺失tantan

在用omicsclass/genome-annotation镜像进行注释时报错，代码如下“funannotate mask -i pilon_polished2.fasta -o tz-mask.fasta”，提交后显示“Missing Dependencies: tantan.  Please install missing dependencies and re-run script”。请问老师如何解决依赖项缺失问题

文章 地球上物种总数到底有多少？？

...Mora C, Tittensor D P, Adl S, et al. How Many Species Are There on Earth and in the Ocean?[J]. Plos Biology, 2011, 9(8):e1001127.Locey K J, Lennon J T. Scaling laws predict global microbial diversity[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2016, 113(21):5...

文章 科研小白：生物实验做不出来是种什么体验？

...he arginine methyltransferase CARM1 represses p300•ACT•CREMτ activity and is required for spermiogenesis 期刊：Nucleic Acids Research IF：10.162 产品名称：p300 Polyclonal Antibody 这两篇10分以上的文献，所使用的的抗体均来自同一家公司——Elabscience！ 相...

问题 GEOquery 下载不了数据

... > if( !file.exists(workdir) ){ +   if( !dir.create(workdir, showWarnings = FALSE, recursive = TRUE) ){ +     stop(paste("dir.create failed: workdir=",workdir,sep="")) +   } + } > #设置工作路径 > setwd(workdir) > ###获取数据 > gset = getGEO(GSE, GSEMatrix =TRU...

文章 抗体生产的三个阶段-重组抗体的几种形式详解

...链双特异性抗体。这些双特异性抗体有多种形式，包括tandem scFvs、单链双抗体、TandAbs、DART、 dock-and-lock（DNL）以及纳米抗体等。   更多重组抗体详情可以关注：https://cn.sinobiological.com/resource/antibody-technical/recombinant-antibody-overvie...

问题 重测序分析

...r $tmpdir  -R $REF --batch-size 5  \ #   --reader-threads 5 --max-num-intervals-to-import-in-parallel 5 \ #   --genomicsdb-workspace-path db -V p1.g.vcf.gz -V p2.g.vcf.gz -V pool1.g.vcf.gz -V pool2.g.vcf.gz #样本太多,可以输入列表 cd $workdir/4.snp_indel/GATK #生成列表 ls *g...

问题 补充细节： 运行WGCNA代码后，12_Network heatmap plot_all gene.pdf 这个文件总显示文件大小为0

...感谢 老师，我刚重新运行后，看到错误提示是：Error in dev.off(): internal read in PDF_endpage   请问该怎么解决呢？

问题 NGS数据分析时，使用ANNOVAR的table_annovar.pl报错。

...]$ perl ../tessDSS/annovar/annotate_variation.pl -geneanno -buildver HP ./bin/M5-31.avinput HPdb/NOTICE: Output files are written to ./bin/M5-31.avinput.variant_function, ./bin/M5-31.avinput.exonic_variant_functionNOTICE: Reading gene annotation from HPdb/HP_refGene.txt ... Done with 1609 transcript...

问题 请教GEMMA安装报错怎么解决？

...://github.com/genetics-statistics/GEMMA/releases/tag/v0.98.5/gemma-0.98.5-linux-static-AMD64.gz --2023-09-13 09:57:03--  https://github.com/genetics-statistics/GEMMA/releases/tag/v0.98.5/gemma-0.98.5-linux-static-AMD64.gz Resolving github.com (github.com)... 20.205.243.166 Connecting to github.c...

文章 简单科普：2019诺贝尔生理学或医学奖为啥颁给“细胞感受氧气”？

...ult in science is the one you were hoping for, because you declare victory and get lazy.” ——科学中最危险的结果就是你所希望的结果，因为你会宣布胜利并变得懒惰。 大佬们永远不会止步于当前的胜利，也不会就此停住脚步，他们都在致力于...

文章 GWAS模型描述方法

... naive: y= x + e, fixed: y = x + q + e, kinship: y=x+z+e (Pariseaux and Bernardo, 2004), QK: y = x + q + z + e (Yu et al., 2006), eigenstrat: y = x + q + e (Price et al., 2006; Malosetti et al., 2007).   参考： https://mran.microsoft.com/snapshot/2018-04-07/web/packages/lmem.g...