找到约 15 条结果

问题 基因流分析时，treemix.r报错

...8:21 /work/3.map/vcf]# Rscript treemix.r -i treemix -o ./ -e 1 -r pop WARNING: ignoring environment value of R_HOME --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/in...

问题 单细胞测序使用subset脚本提出子集，再进行拟时分析报错plot_genes_by_group

Error in plot genes by group(cds, top specific marker ids, group cells by = "partition", Only one type in group_cells by. To use plot genes by group, please specify a group with more than one type

文章 pheatmap NA/NaN/Inf 聚类错误

pheatmap 绘图出现报错信息类似： Error in hclust(d, method = method) : 外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg11) 出现此类错误多数情况是数据在绘图过程中进行处理后 出现NA/NaN/Inf导致无法进行聚类。 其一是原数据中本身存在NA等情况，...

问题 16S扩增子分析中聚类分析出现问题。

...oup -m $metadata -n Class_abundance_heatmap ###出现了如下问题 Warning message: In system("timedatectl", intern = TRUE) :   running command 'timedatectl' had status 1 Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :   line 50 did not have 5 elements Cal...

问题 利用GATK 分染色体call 变异时出现错误

我用如下命令：  for i in $(cat $workdir/data/data.txt) ; do  for Chr in Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7 Chr8 Chr9 Chr10 Chr11 Chr12; do   echo "gatk --java-options "-Xmx100g" HaplotypeCaller \     -R $REF \     -I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \   ...

问题 老师，我在用比较基因组学方法做两个物种之间的共线性分析时，是可以筛到某一种基因家族在两个物种中对应的共线性的，但是用下面这种方法做是做不出来某一基因家族在两物种之间的共线性关系的

...soft/MCScanX/MCScanX/MCScanX ST_AT 得到以下结果 Reading BLAST file and pre-processingGenerating BLAST list170 matches imported (1 discarded)44 pairwise comparisons0 alignments generatedPairwise collinear blocks written to ST_AT.collinearity [0.013 seconds elapsed]Writing multiple syntenic bl...

文章 相关性分析及热图绘制-脚本使用

...r_plot optional arguments: -h, --help show this help message and exit -l lnc_data, --lnc_data lnc_data input data file path[required] -g gene_data, --gene_data gene_data input data file path[required] -m method, --method method ...

问题 老师，分析基因的在染色体上的外显子，内含子，UTR位置信息时，

...idopsis_thaliana.TAIR10.41.gtf和perl ../script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt -in2 ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 -out gene_exon_info.gff，那么第一个叫脚本代表什么意思，生成的.gtf是什么作用，第二个脚本运行完，生成...

问题 老师您好，我在使用组学大讲堂docker镜像进行转录组分析时遇到问题

... raceback (most recent call last):  File "get_gene_length_from_gtf.py", line 50, in <module>    kvs=get_value(tmp[8])  File "get_gene_length_from_gtf.py", line 37, in get_value    k=g.group(1)AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'group' 无法生成gene_length文件，...

问题 tcga生存分析

...(OS,vital_status)~group,data=exprSet) 到sfit这一步报错了， Error in time[[i]] <- sort(unique(y[who, 1])) :    attempt to select less than one element in integerOneIndex 我导入的exprSet是， exprSet <- read.table("E:/TCGA/mirna-log2-2.txt",header = T,sep="\t",na ="NA") 不...

问题 请问各位老师，WGCNA分析中没有性状数据，但分析了两份基因表达数据，我想要得到Module-module relationships的图，应该怎样修改这部分打的代码呢？

...al triats###################################### # Define numbers of genes and samples nGenes = ncol(datExpr0) nSamples = nrow(datExpr0) moduleTraitCor = cor(MEs, datTraits, use = "p") moduleTraitPvalue = corPvalueStudent(moduleTraitCor, nSamples) sizeGrWindow(10,6) #pdf(file="8_Module-tra...

文章 boxplot绘图中的离群值Outliers 如何去除

...成： 得到离群值的索引： OutVals = boxplot(x)$out which(x %in% OutVals) 如果想删除离群值： x[! x %in% OutVals] 不想绘图，只想得到结果可以这样： OutVals = boxplot(x, plot=FALSE)$out 生物信息入门到精通必修基础课：linux系统使用、bi...

文章 利用单拷贝直系同源基因蛋白序列做分歧时间树mcmctree

... [ -f "./env.sh" ]; then  source ./env.sh else  echo "env.sh file not in current directory, please check"  exit fi mkdir 04.time_tree_pep cd 04.time_tree_pep #选择一个满意的树 ln -s ../03.Phylo_Tree/raxml.cds.raxml.support species.tre #准备数据 ln -s ../03.Phylo_Tre...

文章 bioperl 直接读取输出gz压缩格式的fasta序列

...ip", "$ARGV[1]" or die "$!";open $FO, ">:gzip", "$ARGV[2]" or die "$!";$in  = Bio::SeqIO->new(-fh => $FI ,                               -format => 'Fasta');$out = Bio::SeqIO->new(-fh => $FO ,                               -format => 'Fasta'); ...

问题 你好，能否向您请教一下rbsurv包在鲁棒性检验的问题

...max.n.genes=20, n.iter = 10,n.fold = 3,gene.ID =row.names(rust_test)) Warning messages: 1: In fitter(X, Y, strats, offset, init, control, weights = weights,  :   Loglik converged before variable  1 ; beta may be infinite.  2: In fitter(X, Y, strats, offset, init, control, weights = weights, ...