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文章 muscle软件介绍

... by Robert C. Edgarhttp://www.drive5.com/muscleThis software is donated to the public domain.Please cite: Edgar, R.C. Nucleic Acids Res 32(5), 1792-97.1 2 seqs, max length 19, avg  length 1500:00:00    11 MB(-1%)  Iter   1  100.00%  K-mer dist pass 100:00:00    11 MB(-1%)  Iter   1  ...

问题 进行bugbase运行时候老报错

...t  -c loc -o bugbase_loc --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: www.omicsclass.com --> Recommended to learn R language:  --> https://study.163.com/course/introduction/1209073807.htm?share=1&shareId=1030291076 [1] "Loading Inputs..." [1] "16S copy number normali...

文章 GEO数据芯片数据挖掘-在线工具分析GDS数据

...步,选择差异对比组,点击Select which Samples to put in Group A and Group B,出现样品处理信息,据此设定A组样品和B组样品(见下图B);第三步,针对A组和B组,进行差异分析(见下图C) 例如:针对Two-tailed t-test,阈值为0.01,对照组...

文章 xargs一些常用的小技巧

...数限制,超过了就会报错,这个时候可以用xargs find ./ -type f -name "*.log" -print0 | xargs -0 rm -f 3,删除空文件 find ./ -name "*" -type f -size 0c | xargs -n 1 rm -f 4,批量改名,如全加上txt后缀, ls | xargs -t -i mv {} {}.txt 这里通过调整ls参数...

文章 TCGA 拷贝数变异下载 CNA

...  data.category = "Copy Number Variation",                  data.type = "Gene Level Copy Number",   #  Gene Level Copy Number , Masked Copy Number Segment,Copy Number Segment                  #workflow.type = "STAR - Counts",  # 数据已经合并 可以直接提取       ...

问题 NGS数据分析时,使用ANNOVAR的table_annovar.pl报错。

...out o -remove -protocol refGene -operation gx  -nastring . -csvoutNOTICE: the --polish argument is set ON automatically (use --nopolish to change this behavior)-----------------------------------------------------------------NOTICE: Processing operation=gx protocol=refGeneWARNING: the 'g' rather th...

文章 18年上半年,利用GEO/TCGA数据库发表文章超过1000+

...数据库发表的SCI论文:如: 1:An integrated lncRNA, microRNA and mRNA signature to improve prognosis prediction of colorectal cancer ,该文采用TCGA数据库中结直肠癌及癌旁组织的mRNA,lncRNA,miRNA进行差异表达,获得显著变化的分子,用于构建生存分...

文章 IF=4.9 | 多倍体割手密IAA基因家族分析鉴定

...al of Molecular Sciences)发表了一篇题为“ Genome-Wide Analysis of the Auxin/Indoleacetic Acid(Aux/IAA) Gene Family in Autopolyploid Sugarcane(Saccharum spontaneum)”的文章,文章鉴定了甘蔗野生种割手密(Saccharum spontaneum)基因组的生长素(IAA)基因家族,揭示了...

问题 The CDS sequences do not match the gene sequences.

问题 老师,构建泛基因列表使用的vcf文件,是下面图中的sv数据吗,下面表格包括了CHROM,POS,REF,ALT,TYPE,MAF,MIS,ANN,将这些数据整理成vcf吗?

网站为http://111.203.21.71:8000/multi-omics/variation.html    ,老师您可以帮忙看一下吗?另外,这个表格是不可以下载的,需要手动复制,麻烦您

文章 R语言宽型与长型数据转换tidyr包

...l) > data <- read_excel('data.xlsx') > data # A tibble: 8 × 2 type num <chr> <dbl> 1 a 75 2 b 72 3 <NA> 66 4 a NA 5 c 69 6 b 65 7 a 72 8 c NA 从上面的数据中,我们可以看到类型与数值都存在...

文章 TCGA数据下载

...oject <- "TCGA-STAD" data_category <- "Transcriptome Profiling" data_type <- "Gene Expression Quantification" workflow_type <- "HTSeq - Counts" legacy <- FALSE # 设置工作目录 setwd(work_dir) # 下载基因表达量,count数格式的结果 DataDirectory <- paste0(work_dir...

文章 biom格式的文件如何转化

... biom convert -i feature_table_tax.txt -o feature_table_tax.biom --table-type="OTU table" --to-hdf5 --header-key taxonomy Traceback (most recent call last): File "/share/work/biosoft/python/Python-v2.7.11/bin/biom", line 9, in <module> load_entry_point('biom-format==2.1.5', 'console_sc...

文章 基因编辑RAW264.7细胞系—助力炎症以及破骨细胞生成相关研究-源井生物

...Lu Z, Luo Y, et al. Targeting of NLRP3 inflammasome with gene editing for the amelioration of inflammatory diseases.[J]. Nature Communications, 2018, 9(1). https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6484317/ 作者 | Dr. ASAD UZZAMAN 注明 | 文章是源井生物原创,转载请注...

文章 饼图中添加文字的位置控制-ggplot2(非公式)

..._text(postion)控制饼图文字的添加过程; 譬如: ###数据 type=c("A","B","C","D","E")Num=c(90,34,56,99,15)dat=data.frame(type,Num)dat ###创建有序因子,方便颜色填充 dat$type=factor(dat$type,levels = dat$type,order=T)dat$type###画图,柱状图 position_stack(reverse...