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问题 The CDS sequences do not match the gene sequences.

文章 R语言宽型与长型数据转换tidyr包

...l) > data <- read_excel('data.xlsx') > data # A tibble: 8 × 2 type num <chr> <dbl> 1 a 75 2 b 72 3 <NA> 66 4 a NA 5 c 69 6 b 65 7 a 72 8 c NA 从上面的数据中,我们可以看到类型与数值都存在...

文章 TCGA数据下载

...oject <- "TCGA-STAD" data_category <- "Transcriptome Profiling" data_type <- "Gene Expression Quantification" workflow_type <- "HTSeq - Counts" legacy <- FALSE # 设置工作目录 setwd(work_dir) # 下载基因表达量,count数格式的结果 DataDirectory <- paste0(work_dir...

文章 抗体生产的三个阶段-重组抗体的几种形式详解

...原结合片段(Fab)、纳米抗体 (VHH) 和抗体融合蛋白 (antibody-fusion proteins)等。基于优化的哺乳动物蛋白平台,义翘神州可在HEK293或CHO细胞中的表达和生产Fab抗体片段。 利用此技术生产的Fab片段较酶切全长抗体获得的Fab片段具有更好...

文章 饼图中添加文字的位置控制-ggplot2(非公式)

..._text(postion)控制饼图文字的添加过程; 譬如: ###数据 type=c("A","B","C","D","E")Num=c(90,34,56,99,15)dat=data.frame(type,Num)dat ###创建有序因子,方便颜色填充 dat$type=factor(dat$type,levels = dat$type,order=T)dat$type###画图,柱状图 position_stack(reverse...

文章 biom格式的文件如何转化

... biom convert -i feature_table_tax.txt -o feature_table_tax.biom --table-type="OTU table" --to-hdf5 --header-key taxonomy Traceback (most recent call last): File "/share/work/biosoft/python/Python-v2.7.11/bin/biom", line 9, in <module> load_entry_point('biom-format==2.1.5', 'console_sc...

文章 melt函数对数据进行整合

...方法如下:加载R包以及案例数据 library('reshape2') dat  type  sample1  sample2  sample1  sample21    A 6.332968 5.367671 5.171107 5.5337542    A 9.368328 7.286253 6.232718 6.1523933    B 6.674348 5.217053 5.320568 6.1136184    B 4.127901 3.87552...

文章 基因编辑RAW264.7细胞系—助力炎症以及破骨细胞生成相关研究-源井生物

...Lu Z, Luo Y, et al. Targeting of NLRP3 inflammasome with gene editing for the amelioration of inflammatory diseases.[J]. Nature Communications, 2018, 9(1). https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6484317/ 作者 | Dr. ASAD UZZAMAN 注明 | 文章是源井生物原创,转载请注...

文章 MUSCLE软件介绍

...Robert C. Edgar http://www.drive5.com/muscle This software is donated to the public domain. Please cite: Edgar, R.C. Nucleic Acids Res 32(5), 1792-97. 1 2 seqs, max length 19, avg  length 15 00:00:00    11 MB(-1%)  Iter   1  100.00%  K-mer dist pass 1 00:00:00    11 MB(-1%)  Iter   ...

文章 Plant Communications | 浙大团队解析比克氏棉全基因组进化规律及其色素腺体和棉酚形成机制

...发表了题为“A reference-grade genome assembly for Gossypium bickii and insights into its genome evolution and formation of pigment gland and gossypol”的研究论文。该文解析了具有“子叶色素腺体延缓形成”性状的野生棉种比克氏棉(Gossypium bickii,G1)的全...

问题 SNP分析软件SNPT最小SNP分析结果疑问

...析时最终会产生两个结果对应两个txt文件,软件左侧Sets of MinimumSNPs found应该对应使用标记的个数和鉴别效率。然后总共32个标记却产生了35和44的结果。txt结果文件表明使用7个标记时鉴别效率高达99.4%,然而实际分析KASP标记分型...

文章 avereps相同ID取均值(limma包函数)

...介绍如何针对matrix数据进行处理。 指定数据如下:相同type取均值 > dat   type Num1 Num21     A   90   892     B   34   323     C   56   534     D   99   955     E   15   106     A   50   447     B...

问题 运行docker时出现了以下错误(The system cannot find the file specified... ,重装了一遍)

第一遍装时应该是正常的,重装之后出现了以下错误,怎么破?

问题 运行docker时出现了以下错误(The system cannot find the file specified... ,重装了一遍)

第一遍装时应该是正常的,重装之后出现了以下错误,怎么破?

文章 遗传图绘制:

...col = "lightblue1")## draw tickmarks at each cM from 0 to largest position of linkage groups to be drawnmaxpos <- floor(max(carrot$position))at.axis <- seq(0, maxpos)## put labels on ruler at every 10 cMaxlab <- vector()for (lab in 0:maxpos) {  if (!lab %% 10) {    axlab <- c(axlab, l...