问题 基因数目较少，做wgcna是否有意义?

老师您好，我的表达量数据只有193个基因，且都属于同一基因家族，但有23个样本。请问用这样的数据做wgcna，能得到有生物学意义的模块么？

文章 R数据集合并

在进行数据集处理时，经常会合并两个数据集，这里说一下合并数据集常用的2个函数： 合并列：cbind 合并行：rbind 1.cbind cbind使用非常直观简单。当我们需要直接合并2个矩阵或数据框，不需要指定任何公共索引时，可以采用c...

文章 基因家族分析课程更新-批量进行kaks计算

...就可以快速批量的进行kaks计算，其中用到的重要工具为Para AT，文献如下： ParaAT工具介绍 ParaAT是中科院基因组所的张章教授课题组开发的工具，该工具可以批量并行的做基因对的比对，并把比对的结果转换成KaKs_Calculator需要...

文章 100个接收基因家族分析类论文的期刊汇总！速领！

...的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决： 1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，做更牛的个性化分析，绘更漂亮的图...

问题 筛选不到串联重复基因

...的长度大于长序列的75%长度，请问这合理吗？主要是第二个标准达不到要求，请问能否将第二个标准降低，比如50%长度，有没有什么金标准？ 望老师回复，感谢万分！ 祝好！

问题 老师，您好，最近做的bHLH转录因子的文章，我做序列比对的时候需要先知道它有几个亚家族吗是要从亚家族里边找出来几个氨基酸序列进行比对，怎么确认水稻和拟南芥属于这个亚家族，还是把物种的所有序列都比对，比如，拟南芥有二百多条，水稻有一百多条等，谢谢您

文章 堆叠柱状图-ggplot2

绘制堆叠柱状图，重点重点在于geom_bar中postion="stack"， 数据参考：https://www.omicsclass.com/article/92 dat   type  Sample Num1     A sample1  902     B sample1  343     C sample1  564     D sample1  995     E sample1  156    ...

文章 绘制venn图，2-7维

library(ggVennDiagram)#&gt; Warning: package 'ggVennDiagram' was built under R version 4.2.3genes <- paste("gene",1:1000,sep="")set.seed(20210419)x <- list(A=sample(genes,300),          B=sample(genes,525),          C=sample(genes,440),          D=sample(genes,440),    ...

文章 TCGA数据发表5分文章

...找一些跟治疗，生存预后相关的biomarker。我们曾介绍了一个癌症相关的数据库TCGA，其中含有33多种癌症，11000多个病例，包含多组学数据和临床数据。今天就跟大家介绍一篇发表在Gynecologic Oncology(IF:4.95)上的挖掘TCGA数据的文章“A...

文章 NCBI中SRA数据库简介

...e Read Archive 的缩写。主要存储高通量测序的数据，来自四个测序平台，分别为： Roche_LS454，Illumina，ABI_SOLID和HELICOS。 SRA 数据库的组织架构  首先是项目编号，通常以PRJ开头，会记录该项目的一些背景信息，包括，研究的目的...

问题 用string网站预测蛋白质互作网络，为什么相隔两个月预测的两次结果不一致？

...六月底进行了一次，hide disconnected nodes in the network后有40个节点，隐藏了20个节点；八月低在string进行了同样的操作，hide disconnected nodes in the network后有63个节点，节点数没有减少；这两次使用的是同一个蛋白序列fasta文件，选择的...

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下：Segmentation fault

...类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下： pick_de_novo_otus.py -i qiime.fasta -f -o pick_de_novo_otus \ &gt;     -p otu_params_de_novo.txt /biosoft/min...

文章 批量下载多个链接的文件

...ncentcos.cn/具体的目录/文件的名字?q-sign-algorithm=sha1&amp;q-ak=个人信息&amp;q-sign-time=1708406379%3B1709011179&amp;q-key-time=个人信息&amp;q-header-list=host&amp;q-url-param-list=&amp;q-signature=个人信息 假设我们有20个这样的链接都在这个singlelink.txt 里...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 需要测序多少合适？

...要想覆盖大部分的基因， 需要测序数多少才合适呢？ 这个问题可以采用数据来说话。 以人类的Universal Human Reference RNA（来自10个细胞系，增加样本内基因的多样性）为例，分别统计在不同测序量1cell 到 10个cell的情况下，基因和...

文章 转录组扫盲系列--reads如何比对到参考基因组上？

...程少了解一点对于理解转录组数据影响不是很大，下面有个视频，大家可以了解一下小小的测序芯片方寸之地的波澜壮阔的工程之美：illumina测序原理-组学生物翻译（点此链接观看）。 数据下机后就是数据分析，在整个分析流...