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文章 TCGA临床数据各列含义

...ots[] List of barcodes of aliquots taken from this participant. clinical_data The clinical data about the participant. ParticipantBarcode Participant barcode. Project Project name, .eg. “TCGA”. Study Tumor type abbreviation, e.g. “BRCA”. age_at_initial_pathologic_diagnosis A...

文章 可变剪切绘图 | rmats2sashimiplot

... A text file containing a comma separated list of the BAM files for sample_1. (Only if using BAM)  --b2 B2               A text file containing a comma separated list of the BAM files for sample_2. (Only if using BAM)  --s1 S1               A text file containing a comma separated...

问题 老师们好，在生成gvcf文件合并vcf文件时，出现这种警告信息，请问是什么原因，如何处理啊？

Sample/Callset 99( TileDB row idx 173) at Chromosome hic_scaffold_1 position 9583478 (TileDB column 9583477) has too many genotypes in the combined VCF record : 1081 : current limit : 1024 (num_alleles, ploidy) = (46, 2). Fields, such as  PL, with length equal to the number of genotypes will NOT be...

文章 dcaps标记设计软件——SNP_Primer_Pipeline

...找到网站版的软件，后来发现一个不错的脚本软件——SNP_Primer_Pipeline 脚本代码：https://github.com/pinbo/SNP_Primer_Pipeline 利用其中的 getCAPS-with-user-input.py 可以同时做caps和dcaps标记引物设计，用法如下： python getCAPS-with-user-input.py -i...

文章 压缩或解压软链接文件，gzip或gunzip报错Too many levels of symbolic links

...#-c 标准输出到别的文件 参考：https://blog.csdn.net/weixin_43151909/article/details/105564852

文章 电脑连接了无线网却显示无internet连接的解决

...(zhihu.com) 子网掩码详细解释： 子网掩码是干什么用的？_子网源码是什么-CSDN博客

文章 contig or scaffold GFF 文件通过AGP文件转换成 染色体 gff文件

... 再用 liftover转换：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver liftOver -gff contig.gff3 genome.final.chain genome.gff3 unmapped The arguments are: contig.gff3: scaffold annotations (INPUT)contig_to_genome.chain: translations (INPUT)genome.gff3: genome annotations (OU...

文章 seurat_sc_cluster.r 使用帮助：

$Rscript scripts/seurat_sc_cluster.r -husage: scripts/seurat_sc_cluster.r [-h] -i filepath [-d dim]                                   [--resolution resolution [resolution ...]]                                   [--umap.method umap.method]                 ...

文章 Windows下安装安装 python/pip/numpy/matplotlib下出现的一些问题

...mple/ --trusted-host pypi.douban.com 链接：https://blog.csdn.net/weixin_42840933/article/details/85308265

问题 您好，我在用qiime2进行扩增子测序分析但是导入数据时会一直出现改错误，请问有什么合适的解决办法吗?

There was a problem importing manifest:   manifest is not a(n) PairedEndFastqManifestPhred33V2 file:   Filepath on line 1 and column "forward-absolute-filepath" could not be found ($PWD/home/qiime2/Public/data/dyj/HS15_1.fq.gz) for sample "HS15".

文章 命令行 光标移动技巧

...位置。Alt + . ：使用上一条命令的最后一个参数。Ctrl – _ ：回复之前的状态。撤销操作。 除了一些较为复杂的，有几个命令在不冲突的情况下可以用于外置的文本编辑场所，甚至qq和wechat，比如ctrl+h代替删除键，ctrl+d代替del...

文章 相关系数小结

...1表示完全负相关，如下面在wikipedia上拔下来的图。 Paste_Image.png Pearson相关系数的计算方式是这样的： }{\sigma_X\sigma_Y}) 也就是协方差除以标准差之积。 从网上找的一个相关系数的...

文章 java 安装以及环境变量配置

...gt;用户变量中单击[新建(N)]添加以下环境变量 1.配置JAVA_HOME 新建JAVA_HOME 变量名        JAVA_HOME 变量值        C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_152  你的jdk安装地址 2.配置PATH                               变量名  Path 变量...

文章 python操作大文件删除某行

...代码为： #输入你需要删除的行数，例如这里是第六行del_numb=6with open('file.txt', 'r') as old_file:with open('file.txt', 'r+') as new_file: current_line = 0# 定位到需要删除的行while current_line < (del_numb-1): old_file.readline() curren...

问题 电脑内存不能升级，运行Rstudio内存一直上升，请问还有其他方法解决这个问题吗。

 # 读取输入的参数 > work_dir <- "/Volume/TCGA-LUAD/lab" > # 设置程序参数 > tcga_project <- "TCGA-LUAD" > data_category <- "DNA Methylation" > platform <- "Illumina Human Methylation 450" > sample_type <- "Primary solid Tumor"    > legacy <...