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文章 国宝吃竹子并非发自内心-比较基因组学分析揭示大熊猫“心路历程”

... 三个和赖氨酸、精氨酸的利用有关的基因(PRSS1, PRSS36, and CPB1)也突变了,这导致大、小熊猫不得不进一步放弃植物叶片作为主食,转而食用含赖氨酸和精氨酸较少的竹子。没想到熊猫宝宝在进化史上有如此遭遇,真是见者伤...

问题 植物线粒体组装unicycler软件里的spades报错

..., OS return value: -9 None ======= SPAdes pipeline finished abnormally and WITH WARNINGS! === Error correction and assembling warnings:  * 0:06:44.998  1783M / 18G   WARN    General                 (kmer_coverage_model.cpp   : 218)   Too many erroneous kmers, the estimates...

问题 基因家族分析课程中,get_gene_weizhi.pl脚本运行后导出文件为空

...势作用元件” 一课中,运行代码perl script/get_gene_weizhi.pl -in1 id.txt -in2 Cucumis_sativus.ASM407v2.41.gff3 -out gene_weizhi.txt后,导出文件为空。我检查了id文件和gff3文件的基因标签是一致的,以下为id文件、gff3文件、代码输入界面和空的导出...

文章 univariate_cox.r 临床数据单因素cox回归分析

...ession optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i data, --data data input data file path[required] -t time, --time time set suvival time column name [required] -e event, --event event set event column name must 0 or 1 code format ...

问题 在初次docker运行程序时发现问题

WARNING: The requested image's platform (linux/amd64) does not match the detected host platform (linux/arm64/v8) and no specific platform was requested

问题 在用gemma进行亲缘关系矩阵计算时,已经給fam文件添加表型但还是报错

命令:/data/soft/gemma/gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 -bfile /wtmp2/user049/yushiyan/prune_/alleledphwemafmissing_LDfiltered.snps -gk 2 -p /wtmp2/user049/yushiyan/-P/pheno.txt -o /wtmp2/user049/yushiyan/kinship/result.kinship_n21 ERROR: Enforce failed for number of analyzed individuals equals...

文章 R语言包安装方法,设置国内镜像加快安装速度

... Tsinghua Universityhttps://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/University of Science and Technology of Chinahttp://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/University of Science and Technology of Chinahttps://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/Lanzhou University Open Source Societyhttp://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/Lanzhou University Open So...

文章 Logistic回归模型介绍及使用(附脚本)

...e/1507 optional arguments: -h, --help show this help message and exit -m metadata, --metadata metadata input metadata file path with suvival time[required] -g expset, --expset expset input gene expression set file[required] -B by, -...

文章 perl输出基因的位置信息按照基因所在染色体,和位置信息排序

...及对应的多个转录本信息: perl代码如下: #!/usr/bin/perl -wuse strict;use Cwd qw(abs_path getcwd);use Getopt::Long;use Data::Dumper;die "perl $0 <gff> <outfile>" unless(@ARGV==2);my$gff=$ARGV[0];my%gene=();my%gene_region=();my%mRNA2Gene=();my%Gene2mRNA=();open IN,...

问题 基因流分析时,treemix.r报错

...8:21 /work/3.map/vcf]# Rscript treemix.r -i treemix -o ./ -e 1 -r pop WARNING: ignoring environment value of R_HOME --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/in...

问题 单细胞测序使用subset脚本提出子集,再进行拟时分析报错plot_genes_by_group

Error in plot genes by group(cds, top specific marker ids, group cells by = "partition", Only one type in group_cells by. To use plot genes by group, please specify a group with more than one type

文章 pheatmap NA/NaN/Inf 聚类错误

pheatmap 绘图出现报错信息类似: Error in hclust(d, method = method) : 外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg11) 出现此类错误多数情况是数据在绘图过程中进行处理后 出现NA/NaN/Inf导致无法进行聚类。 其一是原数据中本身存在NA等情况,...

问题 16S扩增子分析中聚类分析出现问题。

...oup -m $metadata -n Class_abundance_heatmap ###出现了如下问题 Warning message: In system("timedatectl", intern = TRUE) :   running command 'timedatectl' had status 1 Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :   line 50 did not have 5 elements Cal...

问题 利用GATK 分染色体call 变异时出现错误

我用如下命令:  for i in $(cat $workdir/data/data.txt) ; do  for Chr in Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7 Chr8 Chr9 Chr10 Chr11 Chr12; do   echo "gatk --java-options "-Xmx100g" HaplotypeCaller \     -R $REF \     -I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \   ...

问题 老师,我在用比较基因组学方法做两个物种之间的共线性分析时,是可以筛到某一种基因家族在两个物种中对应的共线性的,但是用下面这种方法做是做不出来某一基因家族在两物种之间的共线性关系的

...soft/MCScanX/MCScanX/MCScanX ST_AT 得到以下结果 Reading BLAST file and pre-processingGenerating BLAST list170 matches imported (1 discarded)44 pairwise comparisons0 alignments generatedPairwise collinear blocks written to ST_AT.collinearity [0.013 seconds elapsed]Writing multiple syntenic bl...