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文章 mysql 查询select语句汇总

... -- 查询名字 不是黄蓉的信息。 4.2 逻辑运算符: and or not select * from students where id > 3 and gender = 0; -- 在students表中 查询id比3大的 并且 性别是第一个枚举对象的。 4.3 模糊查询: like、rlike % 表示任意...

文章 bioperl同时读取双端的fastq文件

...取两个文件,方法如下: while ( my $obj1=$fq1->next_seq() and my $obj2=$fq2->next_seq() ) {     my ($id1,$id2)=($obj1->id,$obj2->id);     .... } 这样就可以同时读取read1、read2中的对应序列。 更多perl语言知识可学习 Perl语言高级编程 ...

文章 blast XML结果解析,获得更多blast比对信息 perl

...denticalHSPfrac_conserved0.923076923076923fraction conserved (conservative and identical replacements aka “fraction similar”)HSPgaps2number of gapsHSPquery_stringDMGRCSSG ..query string from alignmentHSPhit_stringDIVQNSS …hit string from alignmentHSPthomology_stringD+ + SSGCN …string from al...

文章 topGO报错

...                                     "('", ontology, "') AND go_id IN (", qTerms, ");",                                     sep = ""))                    termsNames <- retVal$term          names(termsNames) <- retVal$go_id            ...

问题 用Tassel转vcf为hapmap格式文件

...1B  Pos:711831      Name:S1B_711831 Variants:C/T    MAF:NaN Ref:C and Position      Chr:7A  Pos:736691630   Name:S7A_736691630  Variants:T/C     MAF:NaN Ref:T out of order.

问题 安装github上的包报错:

...) Using github PAT from envvar GITHUB_PAT. Use `gitcreds::gitcreds_set()` and unset GITHUB_PAT in .Renviron (or elsewhere) if you want to use the more secure git credential store instead. Error: Failed to install 'unknown package' from GitHub:   HTTP error 401.   Bad credentials   Rate lim...

问题 这个脚本如果直接从ensamble下载cds和pep还需要去提取吗,是不是可以直接转换格式

for species in Anser_brachyrhynchus Equus_caballus Homo_sapiens Mus_musculus Oryctolagus_cuniculus Ovis_aries_rambouillet Sus_scrofa.Sscrofa;do      genome=$datadir/$species.genome.fa.gz   gff=$datadir/$species.gff.gz   #保留蛋白编码基因   agat_sp_filter_feature_by_attribute_value...

文章 小麦TCP基因家族分析文献解读及原文献下载

...家族分析原文献下载(点此链接):Genome-Wide Identification and Expression Profiling of the TCP Family Genes in Spike and Grain Development of Wheat (Triticum aestivum L.).pdf 小麦TCP基因家族分析文献解读 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表,不会挖...

问题 用linux系统做gwas时运行脚本报错[Thread-9] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - 0

...ific BLAS/LAPACK not found. Using system-independent EJML for DoubleMatrix operations. [Thread-9] INFO net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin -  Usage: FixedEffectLMPlugin <options> -phenoOnly <true | false> : Should the phenotype be analyzed with no markers and BLUEs generated?...

文章 比较基因组单拷贝直系同源基因构建进化树基因数量

文献1 : 20 个 Hu, G., Feng, J., Xiang, X. et al. Two divergent haplotypes from a highly heterozygous lychee genome suggest independent domestication events for early and late-maturing cultivars. Nat Genet 54, 73–83 (2022). https://doi.org/10.1038/s41588-021-00971-3

文章 TCGA数据库介绍

...腺癌CHOLcholangiocarcinoma胆管癌CESCcervical squamous cell carcinoma and  endocervical adenocarcinoma宫颈鳞癌与宫颈腺癌LUADlung adenocarcinoma肺腺癌LIHCliver hepatocellular carcinoma肝细胞癌ACCadrenocortical carcinoma肾上腺皮质癌只有01样本KICHkidney chromophobe肾嫌...

问题 动植物基因组组装课,脚本文件中sed命令的含义

注释部分,01.Repeat.sh脚本文件84行: #修改分类名字 sed -i '/>/s$\s.*$#DNA/MITE$' MITE.lib 这里sed是用了替换的功能吗?sed替换的格式:sed 's/原字符串/替换字符串/',这句命令的s后面没有“/”。

问题 微生物16S分析时候,两端测序数据拼接

...行16S微生物组数据双端合并的时候,执行这项代码:  qiime vsearch merge-pairs \     --i-demultiplexed-seqs primer-trimmed-demux.qza \     --p-threads  7 \     --o-merged-sequences demux-joined.qza后,查看合并结果,发现合并前后数据少了特别多。例...

问题 如何用荧光定量数据绘制热图?

...n different tissues as determined by qRT-PCR. There were three biological and three technicalreplicates performed for each sample. The relative expression levelswere evaluated by 2-ΔΔCT. GraphPad software was used for the statistical analyses. 作者是用的2-ΔΔCT的方法做的数据分析...

文章 保姆式教程!手把手教你使用Simplot,绘制高大上的序列相似性图片

...很美观!!! 参考文献: 《Monsavirus in monkey rectal swab and throat swab specimens in China: Proposal for Posaliviridae as a new family in Picornavirales》; Han Z, Song Y, Xiao J, Zhao X, Lu H, Zhang K, Jia S, Zhou J, Li J, Si F, Sun Q, Zhu S, Wang D, Yan D, Xu W, Fu X, Zhang Y. ...