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文章 Illumina microarray未标准化数据分布

...于lumi包: boxplot-method density-method(或者hist) affy包可以利用boxplot,不过密度图利用hist,此处就展示一些lumi包针对Illumina microarray绘图过程(GSE63229): 基于lumiR.batch获取LumiBatch对象,直接基于对象画图: > n.sample = length(Lu...

文章 构建遗传图谱---作图群体如何选择?

...应尽量选用纯度高的材料作为亲本,如果材料纯度不够,可以通过自交进一步纯化; 4、杂交后代的可育性:杂交后代可育性低会影响分离群体的构建,会导致严重的偏分离现象,降低图谱的准确性。 分离群体类型 根据群体...

文章 endnote 插入文献 变成临时 大括号{} 不自动更新文献

...需要选好style,再更新一下Update Citations and Bibliography,就可以了如下 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路...

文章 如何看懂微生物多样性分析当中三元相图ternary

... 比如,如果要查看day42中淡蓝色的属的丰度大小,需要以这个点(属)为中心,绘制与day42对面的底边相平行的平行线,平行线与day42颜色一样的边相交的点,箭头处即为该属在day42中的相对丰度大小,标尺为百分数,如下图所示...

文章 circos改变某两条染色体之间的距离

...。具体的就是通过radius参数进行定义。 在circos中,关于这个参数的值,提供了两种定义的方式; 绝对值定义 绝对值的是通过像素定义,对应的后缀为p,代表pixels。比如radius  = 1000p 相对值定义 相对值对应的后缀为r,代表relati...

文章 论文“挑错”哪家强?中国学者64字diss柳叶刀论文,过于霸气!

...,并且初产妇报告的疼痛比多产妇女更多。我们认为解决这个问题可以进一步提高他们的研究价值。我们宣布没有竞争利益。” 真的就只有这么短! 一篇IF=59 的文章就这么完成了! 除了羡慕嫉妒恨之外,你是不是蠢蠢欲动...

文章 转录组扫盲系列--转录组如何建库?

...间转录组分析,做更牛的个性化分析,绘更漂亮的图,点这个链接:单细胞/空间转录组分析实操  2. 2区文章发文新思路,0实验就能发文章,省钱省时间,套路化内容好写易发表,0基础学习最新版基因家族分析/泛基因家族分析...

问题 老师,您好!在构建进化树时MEGA7中出现了如图的提示,但是可以构建完整的进化树,只是美化进化树时,将nwk 文件提交网站并不能形成进化树,让我验证进化树,这是怎么回事呢?

问题 老师,您好,我想问一下,公开的RNA-seq数据还有基因组重测序的数据,上传NCBI的都是原始数据么?如果我对某些感兴趣可以自己学着分析么?有课程么?

文章 R报错:incompatible dimensions

... dimensionsCalls: corr.test -> cor 脚本里看发现报错出现在这个函数里: cor.result <- corr.test(A,B,method = method,adjust = adjust) 原因调查: 查资料发现原因如下: 解决办法: 检查A和B文件,发现是由于A、B文件的行数不一致导致...

问题 老师您好,我在fasttree构建系统发育树这一步,程序会被kill掉,看不报错,前面的程序运行的都没有问题,唯一的一处报错出现在给vcf文件排序这里,但是这一步生成文件了 而且下一步转换格式没有问题,这个该怎么解决呀

文章 miRNA合成以及miRNA命名

...的小RNA,其在细胞内具有多种重要的调节作用。每个miRNA可以有多个靶基因,而几个miRNA可以调节同一个基因。这种复杂的调节网络既可以通过一个miRNA来调控多个基因的表达,可以通过几个miRNA的组合来精细调控某个基因的...

问题 请问老师,我看基因家族分析视频中基因定位染色体用的拟南芥的DNA文件,我做的植物,没有DNA这个文件,可以用其他文件做吗?

或者有什么软件可以跳过DAN文件做定位?

文章 ggplot2图片保存

R语言中可以将图片结果保存成pdf、png、tiff等等,具体涉及方法: pdf()、png()、tiff()、svg()..... 以pdf和png进行保存代码如下: 以ggplot2绘图结果 https://www.omicsclass.com/article/92   的图片保存为例 pdf(file = "p.pdf",width =12,height =...

问题 请问老师,我这个perl处理文本的代码中第25行的搜索替换可以那样写吗,其中可以替换整个变量吗,一直运行不出来,谢谢您啦。目的是使下面的blast结果中出现两个菌种的部分一行拆成两行,实现规整化。