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文章 做韦恩图?自己搞定!

...系统生成的图片文字位置可能会不太合适,我们可以自己调整一下)。生成图片后会在最下方显示统计的数据,点击数字会显示基因列表。 好了,今天编就先给大家介绍这三款简单易用的韦恩图绘图工具,希望对您的科研能...

文章 R语言-文件读写

...nknown", text, skipNul = FALSE) 每个参数都有自己的意义,其中比较常用的有header,sep等. file是我们读入的文件名称;header,设置为T或F,是否把第一行定义为header;sep是设置文件内的分隔符。我们看个例子: mydata <- read.table("read.table")...

文章 零假设与备择假设

...会犯“有病看成无病”或者“无病看成有病’的错误,相比较而言,“无病看成有病“的错误更严重,故应将“问诊人有病”作为原假设。而在某项疾病普查中,将“被检查人有病’作为原假设就不恰当了。 假设检验是统计分...

问题 从NCBI上下载的注释文件在进行叶绿体比较基因组分析,例如IR边界分析时,是否需要先人工校正

老师您好,叶绿体基因组分析实操视频课程中,有几处地方提到下载的注释文件需要人工校正。在进行IR边界分析时候,从NCBI上下载的同属物种GB文件,有些物种的部分基因没有注释出来,与其他同属物种之间差异较大。所以我...

文章 群体遗传进化分析用MEGA

...?MEGA能满足这一分析的绝大部需求。 MEGA是已经大家都比较了解的一个分子进化遗传分析的软件,所以今天其实是来卖安利的。告诉大家利用它能干群体遗传进化相关的哪些事儿。 第一步:Align 建立一个align是进行多序列...

文章 GOrilla-一个在线GO富集分析的网站

...站 GOrilla: http://cbl-gorilla.cs.technion.ac.il/   可以针对几种比较常见的动植物进行GO富集分析。 1、第一步是选定物种,下拉列表中的物种涉及了以下几种: Arabidopsis thaliana            拟南芥Saccharomyces cerevisiae        酿酒...

问题 请问在比较基因组学中,怎么区分由祖先染色体加倍还是物种分化后独自加倍而形成的同源基因?比如下面的玉米A和B基因组

问题 老师您好,我在做比较基因组学时遇到下面的问题是什么原因呢,我已经再三确认过AT.bed和 AT.cds文件时能对上ID号的

文章 生物专业由冷转热?你还敢选生物专业吗?

...等这都是客观事实。 国内甚至名校念到博士出路选择也比较,虽然国家重视生物科学领域的研究,但是目前国内并没有很成熟的大型生物企业,所以工作选择非常的少, 即使找到了,薪资待遇往往也不是很理想。 那么,问...

文章 快速查找电脑中目标文件的方法

...索“box”,找注释信息搜索“annotation”,找两组样品间比较搜索“VS”,找CDS序列搜索“CDS”,总之只要输入一个对应的英文关键词即可。 在指定文件夹内搜索: 虽然在整个电脑里搜索的速度也很快,但是有时候名字相似的...

问题 老师你好,我想问一下亚基因家族没有pfam号的话,使用blastall,那比对率要设置多少合适呢?

我现在打算做大基因家族里面的几个家族,家族没有pfam号,结构域也是整个大家族共有的,现在用blastall(e-5,没筛比对率)找到了三百多个基因,去查大家族的结构域,最终筛到两百多个。但我查了一下在有研究过的物种...

问题 老师好!做比较基因组分析时/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog ATH OEH --cscore=0.7 报错

问题 不同组扩增子数据长度差距太大,如果一起分析是不是结果不太好,分别分析然后编程整理是不是比较好一点,还是舍弃差距过大的数据呢?

问题 老师您好,做比较基因组分析时,单拷贝同源基因的这个文件是空的Orthogroups_SingleCopyOrthologues,并且orthofinder文件夹也是空的,是什么原因造成的

文章 细胞肺癌 (GSE139555)

数据下载与整理: wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE139nnn/GSE139555/suppl/GSE139555%5Fall%5Fmetadata.txt.gzwget -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE139555&format=file" -O GSE139555_RAW.tartar xvf GSE139555_RAW.tarcat map.txt|while read g s p;do  m...