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问题 NBS基因家族进化树构建的时候，为什么有些同类（具有相同的结构域）如具有RPW8结构域的基因不是都聚在附近的一个分支上？

...在我们的鉴定过程中没有鉴定到？我看他们也只是用的HMM搜索，但是确实有些基因不存在于我们的HMM搜索的基因中，哪怕是建立特异模型后。请问这是什么原因。怎么才能将这些同类的基因聚到一起

问题 FileZilla Client出错

...持 FTP over TLS。 状态:服务器不支持非 ASCII 字符。 状态:已登录 状态:读取目录列表... 命令:PWD 响应:257 "/" is the current directory 命令:TYPE I 响应:200 Type set to I 命令:PASV 响应:227 Entering Passive Mode (130,14,29,30,195,87). 命令:MLSD 响应:5...

问题 想获得某个染色体序列，命令是啥？

因为我想根据基因在染色体上位置获得基因序列，但是发现有一个基因搜索不到序列。其它都可以搜到。 但是这个基因的CDS序列又能通过命令获得。

文章 NCBI高通量测序数据SRA数据库下载新方法

...址，不能直接用wget下载   所以通过在NCBI官网，直接在SRA搜索栏里输入paper的title关键词NIFTY BGI 搜索结果：   选一个文件点击进去  进去之后，再点击SRP 然后： 出现如下内容： 然后选择所有SRR文件： 下载Accession list之后得...

问题 TCGA数据下载

TCGA数据下载时，像HNSC这种癌症，我只需要口腔鳞状细胞癌这个部分，数据下载的时候，不能够增加一个“primary site”这个参数进行筛选吗？不行的话要怎么改写R代码才能够完成这个目的，如果可以的话，为什么会报错呢？

问题 同源基因查找E值如何选择

请问查找同源基因家族的时候，E值取多大为宜？或者查找同源基因家族时有什么筛选依据吗？

问题 基因家族成员鉴定

...，请问如果能在蛋白网站上能找到的话还有必要用hmmsearch搜索吗？ 另外，用这58个序列做进化树，失败了，其中两个序列明显与其它不同（图中12和25号），请问我应该怎么筛掉呢（写到文章里）？我手动把E-value卡在0.00000001以...

文章 Rstuido相关快捷键

... Ctrl - Shift - C 取消注释或注释当前选定区域 Ctrl - f 查找搜索 Ctrl - d 删除行 Ctrl - s 保存 Ctrl - z 撤销 Ctrl - 1 将光标定位到代码编辑器 Ctrl - 2 将光标定位到控制台 Ctrl - 3 将焦点定位到帮助 Ctrl - 4 显示历史 Ctrl - 5 显示文...

文章 环境因子分析

...以将某些环境因子作为控制矩阵，计算微生物群落矩阵与剩余目标环境因子矩阵的相关性。即排除不关注的环境因子，研究关注的环境因子与微生物之间的关系。 ```{r} #otutable转换成bray 矩阵 otu_bray<-vegdist(otu, method="bray") ...

文章 mysql 查询select语句汇总

... select * from students where id = 1; -- 在students表中搜索id是1的。 select * from students where id >5 ; -- 在students表中查询id比5大的。 select * from students where name != "黄蓉"; -- 查询名字 不是黄蓉的信息。 ...

文章 GFF文件格式不标准，第三列只有GENE处理方法

先把gene 搜索替换成mRNA，再参考这里修改一下： 可以参考这里：https://www.omicsclass.com/article/816

问题 基因家族结构域及基因家族长度问题

...此类基因家族的典型结构域有2个比如说A,B，我看文献上已鉴定出来的此类家族一般成员同时含A，B;或者含A;或者B就说明是属于这个基因家族的，但是鉴定的时候有时候会出现A，B，C这种情况应该怎么办呢，因为出现了别的结构...

问题 HGMD数据库

...HGMD数据库下载的百度网盘链接，可能是时间太久了链接已经失效。 我的需求是这样的，我正在进行一个单基因遗传病的突变位点和表型关系的研究，这个基因不是什么热点基因，遗传病发病率也不高，所以就要求尽可能的掌握...

文章 R语言文件目录操作

...ive为TRUE时可以新建多级子目录。 值得注意的是，当目录已存在时不会新建目录覆盖原先的目录，此时如果showWarnings为TRUE，则会提醒该目录已存在，为FALSE时不会提醒。 另外，参数mode是个Unix-alike参数。 4、复制 file.copy用于...

问题 bio-linux中用hmmsearch遇到问题

用NB-ARC.hmm搜索拟南芥的蛋白质保守结构域时，运行显示fatal exception(source file fwdback.c, line 459)；foeward score is NaN。再次运行显示segmentation fault