NBS基因家族进化树构建的时候，为什么有些同类（具有相同的结构域）如具有RPW8结构域的基因不是都聚在附近的一个分支上？

比如，NBS基因按照含有的结构域分类，CC-NBS-LRR，RPW8-NBS-LRR，TIR-NBS-LRR, 或者CC-NBS,RPW8-NBS, TIR-NBS，为什么我看别人文献里做的能够很好的将这些基因分类到一起。但是用我们的方法做的就聚不到一起，而且有些基因在我们的鉴定过程中没有鉴定到？我看他们也只是用的HMM搜索，但是确实有些基因不存在于我们的HMM搜索的基因中，哪怕是建立特异模型后。请问这是什么原因。怎么才能将这些同类的基因聚到一起