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文章 IF=4.1|玉米ARF基因家族的泛基因组分析和表达验证

...表了一篇题为“ Pan-genome analysis and expression verification of the maize ARF gene family”的泛基因家族文章。” 本研究基于玉米泛基因组数据，全面鉴定了ZmARF家族成员，分析了其基因结构、染色体分布、进化关系及变异特征。结合不同...

文章 aggregate对数据分组处理

...处理，例如有数据如下： > dat ID sample1 sample2 sample3 type1 A 1 2 2 12 A 2 4 9 23 A 4 3 1 34 C 5 5 8 15 C 6 9 7 26 C 3 1 3 37 D 9 10 ...

文章 linux用户管理命令介绍

...：sudo 是通过另一个用户来执行命令（execute a command as another user），su 是用来切换用户，然后通过切换到的用户来完成相应的任务，但sudo 能后面直接执行命令，比如sudo 不需要root 密码就可以执行root 赋与的执行只有root才能执行...

文章 如何鉴定长距离运输的mRNA?

...题为“Identification of Long-Distance Transmissible mRNA between Scion and Rootstock in Cucurbit Seedling Heterografts”的研究论文，该文章也是通过重测序矫正基因组与转录组reads比对方式相结合去除假阳性来鉴定黄瓜-南瓜嫁接体中mRNA 的长距离运输。...

问题 RNAseq有参转录组分析差异表达分析免疫亚型之间差异表达这一环节出现以下问题

...  --case tumor --control  normal -p normal_vs_tumor.edger   Warning: The system is configured to read the RTC time in the local time zone.          This mode cannot be fully supported. It will create various problems          with time zone changes and daylight saving time adjustmen...

问题 安装github上的包报错：

...set()` and unset GITHUB_PAT in .Renviron (or elsewhere) if you want to use the more secure git credential store instead. Error: Failed to install 'unknown package' from GitHub:   HTTP error 401.   Bad credentials   Rate limit remaining: 57/60   Rate limit reset at: 2024-07-30 14:13:41 UTC

文章 基因家族共线性分析，利用python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性

...#将gff压缩文件转换成bed格式python3-m jcvi.formats.gff bed --type=gene Arabidopsis_thaliana.gff3 -o Arabidopsis_thaliana.bedpython3 -m jcvi.formats.gff bed --type=gene  Brassica_rapa.gff3 -o baicai.bedpython3 -m jcvi.formats.gff bed --type=gene  Brassica oleracea.gff3 ...

文章 R语言统计数据范围并用ggplot2绘制饼图

...(ran1)]=">40%"  ran1=paste(ran1," (",y,")",sep="")    ran1} # use the base hist() function to calculate BINs ，超过40%的统计到一起； data[data>40]=41MassStatC <- with(hist(data, breaks=seq(0, 45, by = 5), plot=FALSE), data.frame(N=counts, Mass=pairjoinC(breaks,counts), PCT=c...

文章 HTML 转 PDF

...ing pages (1/6) Counting pages (2/6) Resolving links (4/6) Loading headers and footers (5/6) Printing pages (6/6) Done 当你看到类似上面的内容时，说转换已经完成了，去打开转换好的pdf文档慢慢研究吧。 把一个 url 指向的网页转换成PDF 命令格式 ： wkhtml...

问题 急求gene pattern的submap教学

...谢谢！ 图来自文献Metabolism-associated molecular classification of hepatocellular carcinoma（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7138397/#mol212639-sup-0002）FigS3.

问题 ggplot，超过12种颜色，scale_color_brewer(type="seq",palette="Paired", direction=-1)+ 颜色不够用

...],shape=dat[,1],color=dat[,1]))+  geom_line(size=1)+  scale_color_brewer(type="seq",palette="Paired", direction=-1)+  scale_shape_manual(values=seq(0,19))+  geom_point(size=2)+

文章 饼图pie-ggplot2

...照aes(fill）的因子顺序确定的。譬如数据如下 > dat  type Num1    A  902    B  343    C  564    D  995    E  15 必须根据数据先确定mapping 中aes(fill)的因子顺序，譬如这里会按照dat$type 填充，这种非有序因子会基...

文章 IF=13.8 | 甘油/二醇脱水酶是后肠发酵食肉动物肠道微生物群的关键功能

...Trait-based study predicts glycerol/diol dehydratases as a key function of the gut microbiota of hindgut-fermenting carnivores(Saccharum spontaneum)”的文章，文章将pdu 基因簇作为一种多功能性状与环境条件和微生物群落组成联系起来，发现利用甘油/1,2-PD 的能...

文章 44家机构联合破解巨型鱿鱼基因组！

...献：Brejova B, Albertin C B, Silva F, et al. A draft genome sequence of the elusive giant squid, Architeuthis dux[J]. 2019. 延伸阅读： 1. 国宝吃竹子并非发自内心 2. 龙的基因组公布啦！ 生物信息专业培训点击进入

文章 下载TCGA临床信息中的用药信息

...数据类型 project <- "TCGA-GBM" data_category <- "Clinical" data_type <- "Clinical Supplement" legacy <- FALSE file_type = "xml" # 设置工作目录 setwd(work_dir) # 下载临床数据的结果 DataDirectory <- paste0(work_dir,"/GDC/",gsub("-","_",project)) # 查询可以下...