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问题 在学习基因组重测序过程中,执行变异结果统计与绘图展示的命令报错

执行命令:perl $scriptdir/vcf_stat.pl -vcf snp.unknown_multianno.vcf -type snp perl $scriptdir/vcf_stat.pl -vcf indel.unknown_multianno.vcf -type indel 报错:2024-03-26 10:56:32:    Rscript /work/my_reseq/scripts/barplot.r -i /work/my_reseq/5.var_ann/SNP_gene_ann.stat -o /work/my_reseq/5...

问题 WGCNA分析内存的问题

...因进行分析时,在计算TOM值时总出现“cannot allocate vector of size 1.6GB.”这是为什么呢?样品数和基因数变少却无法计算。(实验室服务器64位操作系统,16GBRAM)有什么解决方法么?

问题 GSEA基因表达数据文件报错

<Error Details> ---- Full Error Message ---- There were errors: ERROR(S) #:1 Parsing trouble edu.mit.broad.genome.parsers.Par ... ---- Stack Trace ---- # of exceptions: 1 ------Bad rowname - cant be empty at: 0 >

文章 linux命令之AWK

...上数字/[0-9][0-9]*/    一个或一个以上数字FILENAME 文件名OFS      输出字段分隔符, 默认也是空格,可以改为制表符等ORS        输出的记录分隔符,默认为换行符,即处理结果也是一行一行输出到屏幕-F'[:#/]'   定义三个分隔符...

问题 xpclr报错AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'keys'

...9, in load_vcf_wrapper     assert "samples" in callset.keys(), "None of the samples provided in {0!r} are found in {1!r}".format( AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'keys'

问题 无法链接到docker守护进程

docker 容器自动退出,再连就报错:Cannot connect to the Docker daemon at unix:///var/run/docker.sock. Is the docker daemon running? 我检查docker运行状态显示正在运行: docker.service - Docker Application Container Engine Loaded: loaded (/lib/systemd/system/docker.servic...

问题 无法链接到docker守护进程

docker 容器自动退出,再连就报错:Cannot connect to the Docker daemon at unix:///var/run/docker.sock. Is the docker daemon running? 我检查docker运行状态显示正在运行: docker.service - Docker Application Container Engine Loaded: loaded (/lib/systemd/system/docker.servic...

问题 解压基因组文件和gff3遇到问题

老师 您好 我在Bio-Linux中解压谷子基因组文件和gff3文件时遇到了以下问题,都显示 unexpected end of file

文章 二倍体杂合基因组组装策略

...n approach for removing secondary haplotigs during diploid genome assembly and scaffolding | BMC Bioinformatics | Full Text (biomedcentral.com) De novo assembly of haplotype-resolved genomes with trio binning | Nature Biotechnology

文章 cactus下载

...组的时候需要用到Progressive Cactus 参考文章:Dense sampling of bird diversity increases power of comparative genomic 下载: 软件github:https://github.com/ComparativeGenomicsToolkit/cactus 选择的是Pre-compiled Binaries Linux Tarball这个版本: wget https://github.com...

问题 建立共享文件夹失败错误提示wrong fs type, bad option, bad superblock on bioshare

mount: wrong fs type, bad option, bad superblock on bioshare,       missing codepage or helper program, or other error       (for several filesystems (e.g. nfs, cifs) you might       need a /sbin/mount.<type> helper program)       In some cases useful info is found in s...

文章 机器学习文章套路-预测土壤枯萎病-ISME IF=9

...农业土壤微生物中的应用并发表高水平文章的例子: The ISME Journal, [IF 9.49]  2020-07-17DOI:https://doi.org/10.1038/s41396-020-0720-5 实验背景 镰刀菌枯萎病作为土传病害的典型代表,在世界范围内的多种作物频繁爆发。在过去的几十年...

文章 GeMoMa-1.9.jar 报错mbol: g_settings_backend_get_type

...ules/libgsettingsgconfbackend.so: undefined symbol: g_settings_backend_get_type glib 版本报错: 解决办法,重新安装glib  首先获取glib源码http://ftp.gnome.org/pub/gnome/sources/glib/ export LD_LIBRARY_PATH=/share/work/biosoft/glib/glib-v2.55.2/lib/:$LD_LIBRARY_PATH

文章 最尬论文造假:某作者对不存在的基因进行实验,还成功发表SCI!

...后还成功发表了! 如下: 这篇文章发布在了Biochemical and Biophysical Research Communications上, 也就是我们熟知的BBRC,中文名:生物化学和生物物理研究通讯, 这本杂志大家应该都比较熟悉吧, 最新影响因子2.705分,虽然不是很...

问题 基因家族分析时获取基因与mRNA的对应关系

错误提示:Use of uninitialized value $pid in exists at script/mRNAid_to_geneid.pl line 40, <IN> line 188156 gff文件内容有什么问题