问题 GEO下载报错

...set = getGEO(GSE, GSEMatrix =TRUE, AnnotGPL=TRUE,destdir=workdir) Found 1 file(s) GSE58919_series_matrix.txt.gz Using locally cached version: E:/MSC,ossu-9.1/GSE58919_series_matrix.txt.gz Parsed with column specification: cols(   .default = col_double(),   ID_REF = col_integer() ) See spe...

文章 win10系统docker 重装提示 Exising installation is up to date 解决方法

...CAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\Docker Desktop 将整个Docker Desktop组点击右键删除之后，重启，再次安装即可。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快...

文章 癌症缺氧相关基因查找，以及样本分类方法 ，免疫微环境

...ps://doi.org/10.1186/s12967-020-02366-0    doi:10.1002/1878-0261.12747 To deduce the hypoxia status, an algorithm of t-distributed Stochastic Neighbor Embedding (t-SNE) was applied [19]. t-SNE, a nonparametric, unsupervised method, can divide or condense patients into several distinct cluste...

文章 vscode更新导致低版本系统无法登陆的问题

...preter ./node patchelf --print-rpath ./node 改完以后还需要改一下check文件,在这里 ~/.vscode-server/bin/<remote-id>/bin/helpers/check-requirements.sh 在前面加一个exit 0 跳过检查 然后就能进去了

问题 我在用snpeff进行snp注释的时候，发现出现如下错误java.lang.RuntimeException: Error reading file '/home

我在用snpeff进行snp注释的时候，已经将snpeff.log文件中data.dir的值由"./data"改为"."，在最后一行添加自己基因组的信息：ath.chr1.genome=。。出现不能读取或者不能genes文件的错误，不能够建库生成snpEffectPredictor.bin文件，请问是除了什...

问题 共线性分析做组间时，anchors文件只有以下内容，进行后续筛选和绘图时，报错为“need more values to unpack"，请问是何种状况？mcscanx分析有物种和同源性要求吗？

问题 Error in UseMethod("groupOTU") : no applicable method for 'groupOTU' applied to an object of class "NULL" Calls: groupOTU Execution halted

各位老师，我在绘制进化树的过程中，使用命令ggtree.r -t fasttree.nwk -f $GROUP -g Group -n fasttree，运行后报错，出现下图报错，请问老师，我应该怎么处理呢？

问题 MCsanX运行报错ZeroDivisionError: float division by zero

Traceback (most recent call last):   File "/biosoft/miniconda/miniconda2/lib/python2.7/runpy.py", line 174, in _run_module_as_main     "__main__", fname, loader, pkg_name)   File "/biosoft/miniconda/miniconda2/lib/python2.7/runpy.py", line 72, in _run_code     exec code in run_globals   ...

文章 ncbi基因组数据格式转换

...。 用法如下： UsageForced parameter:-gff        genoma gff file           <infile> must be given-fa genoma fasta file   <infile> must be given-o output gff file   <outfile> must be given-out output fasta file   ...

问题 基因家族分析Ka/Ks时，在把aln文件转换成axt文件时，运行Linux命令遇到no such file or directory该怎么解决

问题 请问安装docker时出现installation failed:one prerequisite is not fullfilled,Docker Desktop requires Windows10 Pro or Enterprise version 15063 to run是怎么回事啊…

问题 双通道平台数据标准化，scan protocol。

在Agilent双通道芯片标准化课程中有如下代码： files = list.files(workdir, pattern = "GSM") files RawData=read.maimages(files=files,source="genepix") show(RawData) 我用的GSE8205的 Scan protocol 为 Axon 4000B scanner. Both the 635nm (red, Cy5) and 532nm (green, Cy3) chan...

问题 重复序列注释问题

...c library 'libcuda.so.1'; dlerror: libcuda.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory; LD_LIBRARY_PATH: /share/work/biosoft/mpich/mpich//lib:/share/work/biosoft/SQLite/latest/lib:/share/work/biosoft/samtools/htslib:/share/work/biosoft/R/latest/lib64/R/lib::/share/work/biosoft/R/...

文章 正选择分析之 Site Models

...的正选择影响。 在进行Site Models分析时，需要设置control file中的Model=0。Site Models中有多个不同的模型，可由Nssites参数指定，根据不同Model的选择设置不同的值。值得注意的是，以此可以选择多个Site Models。如Nssites=0 1 2 3 7 8。 不...

问题 我的Conda 根本安装不成功软件，比如UMI tools ，怎么办

File "/disk2/user/yizhsu/biosoft/anaconda3/bin/umi_tools", line 5, in <module>     from pkg_resources import load_entry_point   File "/disk2/user/yizhsu/biosoft/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 3260, in <module>     def _initialize_master_wor...