文章 全基因组加倍/复制介绍（whole genome duplication, WGD）

...。与植物相比，动物的多倍化现象相对稀少，但仍有上百个已知的昆虫和脊椎动物为多倍体，且多倍体化的脊椎动物主要为两栖动物、鱼类和昆虫。全基因组复制使基因组内的所有序列都发生重复，重复为生物进化提供了原始的...

文章 tsne_analysis.r 表达聚类分析

使用说明： $ Rscript $scriptdir/tsne_analysis.r -h usage: /work/my_stad_immu/scripts/tsne_analysis.r [-h] -i filepath -m metadata [-d dims] [-p perplexity] [--theta theta] ...

文章 ssgsea_enrich_diff.r GSVA富集分析

使用方法: Rscript ../scripts/ssgsea_enrich_diff.r -h usage: ../scripts/ssgsea_enrich_diff.r [-h] -g GMTFILE -i EXPR -m META [-n GROUP_NAME] [--log2] [-t method] [-k kcdf] [--group1 GROUP1] ...

问题 16S扩增子分析中聚类分析出现问题。

...解答： ## 热图展示物种丰度：选择相对丰度最高的前35个物种进行展示 #heatmap plot  Phylum, Class, Order, Family, Genus, Species Rscript $scriptdir/abundance_heatmap.r --outdir abundance_heatmap_plot -T 35 -i ../05.export_data/taxa_summary/relative_abundance/feature_tabl...

问题 单倍型分析中最后一步失败，麻烦老师

Rscript $scriptsdir/hap_analysis.r -v site.recode.vcf -g $datadir/Chr6.gff3 -p $datadir/trait.txt -G $datadir/group.txt -c Chr6 -s 281569 -e 533955 WARNING: ignoring environment value of R_HOME --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R begin...

文章 Rtsne包降维聚类分析

...空间分布的技术。t-SNE，通过数据的非线性可视化，能够更好地解析生物分子肿瘤内异质性。 2、 人脸识别 人脸识别技术已经取得巨大进展，很多诸如PCA之类的算法也已经在该领域被研究过。但是由于降维和分类的困难，人脸...

问题 老师您好，如何将TCGA中下载的CNV数据：GDC_Aliquot转为Hugo_Symbol, Segment_Mean转变为拷贝数变异的5个离散值（0：无变化 1：拷贝数增加 2：高水平扩增 -2：纯合性缺失 -1：半合子缺失）。如下图所示

转成下面形式

问题 WGCNA问题

老师，做WGCNA时，样品聚类出来的结果是clust 0   15，而过滤后的结果是包含了16个变量，16254个基因的。请问出现这种情况是什么问题呢？谢谢

文章 群体遗传进化分析用MEGA

...蛋白质序列进行分析。只有在进行这一步分析之后才可以更好进行后续的分析。这一步分析之后需要将分析的结果导出保存。之后的分析在保存文件的基础上进行即可。 第二步：Stastictics 导入上一步分析的结果文件，可以...

问题 我做有参转录组数据分析，一共有30个样，每个样有3个重复。在做比对这一步时，我发现30个样中，有两个样，它们各有一个重复的比对率只有50％，而其他的样比对率均有80％以上，请问这样会对实验结果有影响吗？

文章 Braker 有转录组数据预测基因 多样本转录组

...#####################################cd $workdir#链接基因组ln -s 01.Repeat/08.RepeatMasker/genome.softmasked.fa .ln -s 01.Repeat/08.RepeatMasker/genome.hardmasked.fa .ln -s $datadir/genome.fasta  genome.fa#拆分基因组不同染色体，方便后续软件使用多线程加快注释速度##se...

文章 饼图中添加文字的位置控制-ggplot2（非公式）

前面给大家讲过怎么去画饼图 https://www.omicsclass.com/article/376  也讲过堆叠柱状图 https://www.omicsclass.com/article/369  pie图讲解主要是针对图片中文字的添加位置公式进行了解释，这里结合堆叠柱状图内容 介绍不利用公式，而利用ge...

文章 删除linux文件行尾^M符号

...次点击v和m键，而不是数字6上的^符号。    sed ’s/^M//g’ filename > tmp_filename 在修改完之后，记得用 vi -b 再次检查^M是否被删除成功。

问题 pip install RSeQC安装时候报错，是不是底层的库不全？怎么解决呢

...没安装； 分别是bx-python、python-lzo；代码如下，找了好几个版本的答案，没能解决 root@iZbp10cjxe9c7ip0m4hzhwZ:/bioapp# pip install RseQC Looking in indexes: http://mirrors.cloud.aliyuncs.com/pypi/simple/ Collecting RseQC   Downloading http://mirrors.cloud.aliyuncs....

文章 HPA：人类蛋白图谱数据库

...时空分布的高分辨率洞察。全基因组的mRNA表达是通过对69个细胞系进行深度RNA测序来确定的，这些细胞系代表了人体不同器官和组织中的不同细胞群。 以CCNB1为例