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文章 使用grep函数判断数组元素的有无

grep函数的使用: grep (/EXPR/, @array) #其中EXPR表示需要匹配内容的正则表达式,@array表示待匹配的数组,反向匹配使用grep (!/EXPR/,@array) 若使用标量接收返回结果,返回值为匹配的次数,使用数组接收,则返回值为匹配到的数组元...

文章 胃癌免疫侵润预后Signature数据挖掘-4.8分SCI思路解析

...局和临床治疗敏感性。免疫浸润也是近几年肿瘤研究的一重要方向。 解读文献: 研究背景: 随着人类基因测序的发展,基于基因的生物标志物预测患者的预后变得越来越流行。随着免疫疗法的凯歌不断奏响,如何快速...

文章 网络概念以及Cytoscape导入数据格式理解(ceRNA等多元关系网络数据)

... A B C D E   F G 可获得基础初始网络如下(E独立出现): 如果单纯从Cytoscape识别的数据文件去理解,很多人以为这样两列格式的对应关系,显示的是一二元关系网络? 三元...

文章 手把手教你使用GSEA分析!

...选择表达数据探针对应的探针注释文件 点击上图第一Show会出现下图界面,可以设置更多参数: 第一箭头:可以设置结果文件名称 第二箭头:计算差异度量时采用的算发,默认Signal2Noise 第三箭头和第四箭头是过...

问题 老师,为什么我找的家族在本物种里的结构域会这么少呢?换了物种也是一样的情况,甚至更少了,一原因是事实情况就是如此,只能换家族,另一会不会是我操作有问题呢?第二张图是我的历史代码,麻烦老师帮忙看看

问题 在T2T基因组直播课程中基因组hic挂载染色体部分,老师说对于高杂合基因组还需要用一软件过滤等位基因假信号,是什么软件,我没听清;还有问题如果只用nextdenevo进行数据校正不组装,那么校正后的数据在哪文件夹?

问题 老师 我想问一下就是这snp的统计是哪里呀 我视频里面看啦 说是SNP_gene_ann.stat里面的最后一列total ,但是我统计出来有一千五百多万,才36体 会不会太多了呀,还是直接wc -l对vcf文件进行统计呀

文章 WGCNA分析要求

...我整理一些大家常问的问题,供大家参考: 1. 需要多少样本?     1.1 至少需要15样本,推荐20以上的样本。     1.2 样本越少,网络的噪音就越大,样本越多,网络就更加的稳健。 2. 基因是否需要进行筛选?    ...

文章 三代全长转录组鉴定红花黄酮类次代物合成相关相关基因-附原文献下载!

...rthamus_tinctorius_L_via_Whole_Genome_Re-sequencing),该草图仅建一小片段文库,测序深度21×,参考价值较差;红花主要有效成分为黄酮类次生代谢物。所以本文作者利用三代全长转录组主要是鉴定与红花黄酮类次生代谢物合成相关的...

文章 利用单拷贝直系同源基因蛋白序列做分歧时间树mcmctree

...k"  exit fi mkdir 04.time_tree_pep cd 04.time_tree_pep #选择一满意的树 ln -s ../03.Phylo_Tree/raxml.cds.raxml.support species.tre #准备数据 ln -s ../03.Phylo_Tree/single_copy.cds_msa.4d.fasta . ln -s ../03.Phylo_Tree/single_copy.cds_msa.fasta . ln -s ../03.Phylo_Tree...

文章 Perl数组排序--sort()函数

Perl有内置函数叫做sort毫无疑问的可以排序一数组。 其最简单的形式是传递一数组,它会返回排序后的元素组成的数组。@sorted = sort @original。 基于ASCII码排序 #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; use 5.010; use Data::Dumper qw(Dumper)...

问题 老师您好,我在运行megahit对200多环境微生物宏基因组数据进行组装时,megahit报错Exit code -9

...-9 应该是运行内存不够,目前是1T运存,是否可以分成几批次组装,然后合并各批次组装后的final.contigs文件,再去冗余,之后再进行基因预测或者分箱的操作这样可行吗

问题 老师 ,您好,我想请问一下qiime2双端拆分barcode的事情,如果您回复,将感激不尽

 老师您好,我用qiime2的双端拆分工具 明明有20样本 但是拆分完之后只剩10样本了 如下图  样本的情况是 有一重复组   一重复组内有10样本,重复组内的forward 的 barcode不同 重复组间的 reverse 的barcode不同 

文章 sort按科学计数法排序

在使用linux中的sort命令排序时,免不了有p值是科学计数法的情况 可以使用-g参数来对科学记数法的值进行排序,而且默认是从小到大排序。 以下是其他常用参数:

问题 老师好,有文章中的基因家族成员列表中的Genomic locus的 BAC/PAC name与注释文件中 的基因ID名称不一致 ,我想知道这些BAC/PAC name与基因ID的区别以及怎样通过这些 BAC/PAC name找到注释文件中的对应ID名称。